More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_2326 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_2326  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  632  1e-180  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  71.29 
 
 		 311 aa  447  1.0000000000000001e-124  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 284 aa  166  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  37.89 
 
 		 285 aa  160  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 286 aa  159  8e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  35.55 
 
 		 285 aa  158  9e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  34.29 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  35.16 
 
 		 285 aa  157  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  33.21 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  36.26 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  32.87 
 
 		 310 aa  149  7e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 278 aa  146  4.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 334 aa  146  5e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  32.59 
 
 		 309 aa  143  5e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 292 aa  142  7e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 285 aa  142  8e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 319 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 319 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 294 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  31.75 
 
 		 293 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  32.42 
 
 		 280 aa  139  4.999999999999999e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  31.9 
 
 		 375 aa  139  6e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  31.9 
 
 		 303 aa  139  7e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  31.56 
 
 		 293 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 278 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 315 aa  135  8e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 293 aa  135  8e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3563  RpiR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 284 aa  135  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123663 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 319 aa  133  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1136  transcriptional regulator, RpiR family  31.32 
 
 		 291 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.902832 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  31.65 
 
 		 302 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0983  transcriptional regulator, RpiR family  31.46 
 
 		 291 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  normal  0.847459 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 277 aa  123  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 307 aa  119  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  30.95 
 
 		 256 aa  113  5e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34008 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 292 aa  108  9.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  28.36 
 
 		 285 aa  108  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  30.91 
 
 		 286 aa  107  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  29.89 
 
 		 288 aa  106  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 286 aa  106  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 299 aa  105  7e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 296 aa  105  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  30.91 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  30.91 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  30.91 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  30.91 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  30.91 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  30.91 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  28.08 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0075  transcriptional regulator RpiR family  29.92 
 
 		 277 aa  103  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 286 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 286 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  32.37 
 
 		 310 aa  103  5e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 286 aa  102  7e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 284 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3546  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 280 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 326 aa  99.8  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  28.3 
 
 		 297 aa  99.4  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  25.76 
 
 		 287 aa  97.4  3e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5469  transcriptional regulator, RpiR family  27.85 
 
 		 284 aa  96.3  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5218  RpiR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 286 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.398124 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 298 aa  92.8  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 291 aa  92  1e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 291 aa  92  1e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1152  RpiR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 335 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 		 297 aa  90.9  3e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  23.92 
 
 		 282 aa  88.2  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  22.69 
 
 		 287 aa  86.3  7e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 301 aa  85.5  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  28.21 
 
 		 290 aa  82.4  0.000000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  31.12 
 
 		 331 aa  79.3  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 301 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  30.5 
 
 		 329 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 282 aa  77.4  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  28.75 
 
 		 331 aa  77  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0175  RpiR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3346  transcriptional regulator, RpiR family  25.1 
 
 		 302 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1770  transcriptional regulator  25 
 
 		 283 aa  74.3  0.000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000030583  hitchhiker  0.000572207 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  30.5 
 
 		 311 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 		 302 aa  73.2  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 283 aa  72.8  0.000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 314 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 288 aa  71.2  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 305 aa  71.2  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>