More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_23580 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  100 
 
 
310 aa  610  9.999999999999999e-175  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  64.91 
 
 
290 aa  379  1e-104  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  27.74 
 
 
291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  27.74 
 
 
291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  26.88 
 
 
297 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  27.6 
 
 
299 aa  139  6e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  28.57 
 
 
287 aa  139  7.999999999999999e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  30.32 
 
 
309 aa  132  9e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  30.07 
 
 
310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  32.25 
 
 
285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  29.03 
 
 
282 aa  127  3e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  31.34 
 
 
285 aa  126  5e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  25.18 
 
 
287 aa  126  5e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  30.22 
 
 
285 aa  123  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  32.01 
 
 
284 aa  123  4e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
284 aa  123  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
284 aa  123  5e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  30.45 
 
 
277 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
278 aa  120  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  29.14 
 
 
302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  25.86 
 
 
280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
286 aa  115  7.999999999999999e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  29.03 
 
 
287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  30.97 
 
 
285 aa  109  5e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  31.99 
 
 
326 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  31.37 
 
 
298 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
313 aa  106  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
286 aa  105  7e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
286 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  33.09 
 
 
311 aa  104  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  28.88 
 
 
292 aa  104  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
286 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
286 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  32 
 
 
311 aa  104  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  33.06 
 
 
286 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
286 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
286 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  27.04 
 
 
294 aa  99  8e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  26.52 
 
 
288 aa  99  9e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
334 aa  98.2  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
299 aa  98.6  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.34008 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  32.82 
 
 
314 aa  97.1  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
314 aa  97.4  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  27.04 
 
 
294 aa  96.7  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
314 aa  97.1  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  32.39 
 
 
332 aa  96.3  6e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  26.28 
 
 
375 aa  95.9  7e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
315 aa  96.3  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  27.37 
 
 
294 aa  95.5  9e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  30.82 
 
 
337 aa  95.5  9e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
314 aa  95.1  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  27.21 
 
 
319 aa  95.5  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  31.5 
 
 
286 aa  95.1  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  27.44 
 
 
277 aa  95.1  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  31.06 
 
 
279 aa  94.7  2e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  25.81 
 
 
302 aa  94.4  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  27.88 
 
 
331 aa  94.4  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  32.3 
 
 
320 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
301 aa  94.7  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  28.42 
 
 
309 aa  94.7  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1152  RpiR family transcriptional regulator  28.95 
 
 
335 aa  94  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  27.21 
 
 
319 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  27.02 
 
 
291 aa  93.6  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  31.23 
 
 
286 aa  94  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  27.21 
 
 
319 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  31.23 
 
 
286 aa  93.6  4e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  31.23 
 
 
286 aa  93.6  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  31.23 
 
 
286 aa  93.6  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  33.87 
 
 
312 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  31.23 
 
 
286 aa  93.6  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  31.23 
 
 
286 aa  93.6  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
293 aa  93.2  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  26.67 
 
 
303 aa  93.2  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
293 aa  93.2  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
293 aa  93.2  5e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
293 aa  93.2  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
293 aa  93.2  5e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0983  transcriptional regulator, RpiR family  28.83 
 
 
291 aa  92.8  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  normal  0.847459 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  28.63 
 
 
256 aa  92.4  8e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  31.91 
 
 
314 aa  92.4  9e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  31.91 
 
 
314 aa  92.4  9e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  26.56 
 
 
293 aa  92  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  31.45 
 
 
313 aa  92.4  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
301 aa  92  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  30.62 
 
 
329 aa  91.3  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  28.29 
 
 
297 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2326  RpiR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
314 aa  90.9  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  32.03 
 
 
284 aa  90.9  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  25.75 
 
 
293 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  27.07 
 
 
293 aa  90.9  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  26.28 
 
 
292 aa  90.5  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1136  transcriptional regulator, RpiR family  29.21 
 
 
291 aa  90.1  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.902832 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  26.28 
 
 
292 aa  90.5  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  27.07 
 
 
278 aa  90.1  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1033  RpiR family transcriptional regulator  31.42 
 
 
305 aa  90.1  5e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3563  RpiR family transcriptional regulator  26.3 
 
 
284 aa  89.7  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.123663 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  27.94 
 
 
307 aa  89.4  7e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  27.56 
 
 
276 aa  89.4  8e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  27.36 
 
 
296 aa  89  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  27.07 
 
 
292 aa  89  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>