218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_0175 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008254  Meso_0175  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  599  1e-170  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  51.4 
 
 		 296 aa  280  3e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  51.4 
 
 		 296 aa  278  9e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  48.43 
 
 		 296 aa  252  6e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3346  transcriptional regulator, RpiR family  34.69 
 
 		 302 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  34.07 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 301 aa  127  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  33.21 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0081  hypothetical protein  34.19 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0407866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 298 aa  116  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 286 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 286 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 286 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 286 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 286 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 286 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 284 aa  106  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 292 aa  105  7e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  32.47 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  32.47 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  32.47 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  32.47 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  32.47 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  32.47 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 286 aa  104  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  32.47 
 
 		 286 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5469  transcriptional regulator, RpiR family  31.9 
 
 		 284 aa  101  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5218  RpiR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 286 aa  98.2  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.398124 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3563  RpiR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 284 aa  97.8  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123663 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  29.57 
 
 		 309 aa  95.9  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  29.93 
 
 		 288 aa  95.9  8e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1033  RpiR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 286 aa  94  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  27.97 
 
 		 277 aa  93.2  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  30.42 
 
 		 331 aa  92.8  6e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 278 aa  92.4  8e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 285 aa  92.4  9e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  31.05 
 
 		 285 aa  91.3  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1253  RpiR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 295 aa  90.5  3e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0224504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  24.74 
 
 		 288 aa  89.4  7e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  29.77 
 
 		 293 aa  89.4  7e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 293 aa  88.6  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  30.08 
 
 		 303 aa  88.6  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1414  hypothetical protein  29.57 
 
 		 286 aa  88.6  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.983802  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 311 aa  88.6  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  25.19 
 
 		 280 aa  88.6  1e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 293 aa  88.6  1e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 293 aa  88.6  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3484  RpiR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 286 aa  88.6  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 293 aa  88.6  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 293 aa  88.6  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  30.08 
 
 		 375 aa  87.8  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 326 aa  87.4  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0075  transcriptional regulator RpiR family  29.17 
 
 		 277 aa  84.7  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  28.52 
 
 		 290 aa  84  0.000000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  26.95 
 
 		 285 aa  84  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 284 aa  82.8  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  25.65 
 
 		 282 aa  82.4  0.000000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3609  RpiR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.252965  normal  0.0456005 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 284 aa  82.4  0.000000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  27.51 
 
 		 285 aa  82.4  0.000000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  26.24 
 
 		 310 aa  82  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  27.34 
 
 		 285 aa  81.3  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0983  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  normal  0.847459 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1136  transcriptional regulator, RpiR family  24.57 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.902832 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 284 aa  79.7  0.00000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1101  RpiR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 145 aa  79.3  0.00000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1152  RpiR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 335 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  25.77 
 
 		 287 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 277 aa  78.6  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  26.77 
 
 		 309 aa  78.6  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  27.23 
 
 		 256 aa  78.2  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 293 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  21.9 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  26.27 
 
 		 293 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 278 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  22.42 
 
 		 291 aa  76.6  0.0000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  22.42 
 
 		 291 aa  76.6  0.0000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  24.62 
 
 		 302 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 315 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 294 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 294 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  29.15 
 
 		 310 aa  73.9  0.000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 334 aa  73.9  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2326  RpiR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 314 aa  71.2  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3546  RpiR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 280 aa  70.5  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  23.3 
 
 		 287 aa  69.7  0.00000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 320 aa  68.6  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 309 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  23.79 
 
 		 302 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.49 
 
 		 334 aa  67  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 289 aa  64.3  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>