128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1101 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1101  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 145 aa  293  5e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  95.9 
 
 		 305 aa  232  2.0000000000000002e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 296 aa  110  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  48.28 
 
 		 296 aa  103  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  43.44 
 
 		 296 aa  100  9e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0175  RpiR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  40 
 
 		 288 aa  75.1  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  38 
 
 		 297 aa  66.2  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 284 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 292 aa  65.9  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 334 aa  60.8  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 298 aa  60.5  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 286 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 286 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  37.37 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  37.37 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 286 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1253  RpiR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0224504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 286 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 286 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  37.37 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  37.37 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  37.37 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  37.37 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  37.37 
 
 		 286 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 286 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 286 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5469  transcriptional regulator, RpiR family  40.21 
 
 		 284 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  30.3 
 
 		 287 aa  58.5  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 309 aa  57  0.00000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  43.04 
 
 		 302 aa  56.2  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  33.96 
 
 		 331 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5218  RpiR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 286 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.398124 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3346  transcriptional regulator, RpiR family  30.93 
 
 		 302 aa  54.7  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  38.27 
 
 		 334 aa  54.7  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 294 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 319 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 319 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 315 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  32.43 
 
 		 302 aa  53.5  0.0000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 319 aa  53.1  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3832  RpiR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 294 aa  53.5  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.918154  normal  0.315184 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 294 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 294 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 324 aa  52.8  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 287 aa  52.4  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  33.93 
 
 		 331 aa  52  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 314 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 292 aa  52  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  31.33 
 
 		 280 aa  51.6  0.000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  31.46 
 
 		 282 aa  51.6  0.000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  33.04 
 
 		 329 aa  50.8  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 284 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  51.11 
 
 		 278 aa  50.4  0.000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  31.9 
 
 		 321 aa  50.4  0.000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 301 aa  50.1  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 299 aa  50.1  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34008 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0081  hypothetical protein  32.04 
 
 		 300 aa  49.3  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0407866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 319 aa  49.3  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  33.7 
 
 		 332 aa  48.5  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 289 aa  48.5  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  27.1 
 
 		 297 aa  48.5  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 317 aa  48.1  0.00004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 292 aa  48.1  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 292 aa  47.8  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  47.8  0.00005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 286 aa  47.4  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  31.78 
 
 		 285 aa  47  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  51.22 
 
 		 277 aa  47  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 326 aa  46.2  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 337 aa  46.2  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  30 
 
 		 294 aa  46.6  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  32.63 
 
 		 285 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 325 aa  46.6  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1152  RpiR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 335 aa  46.2  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  29.41 
 
 		 285 aa  45.8  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 301 aa  45.8  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  45.4  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  34.92 
 
 		 290 aa  45.8  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 277 aa  46.2  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 293 aa  45.8  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  33.85 
 
 		 256 aa  45.4  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 299 aa  45.4  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 276 aa  45.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 319 aa  44.7  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 316 aa  44.3  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 299 aa  44.3  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0983  transcriptional regulator, RpiR family  34.57 
 
 		 291 aa  44.7  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  normal  0.847459 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 358 aa  44.3  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1136  transcriptional regulator, RpiR family  34.52 
 
 		 291 aa  44.3  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.902832 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  33.68 
 
 		 309 aa  44.3  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 288 aa  43.9  0.0007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 288 aa  43.9  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4058  RpiR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 291 aa  43.9  0.0008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369796  normal  0.143797 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 292 aa  43.5  0.0009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 292 aa  43.5  0.0009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.207638 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 292 aa  43.5  0.0009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  30.69 
 
 		 314 aa  43.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 291 aa  43.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0075  transcriptional regulator RpiR family  46.34 
 
 		 277 aa  43.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>