More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_3832 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008009  Acid345_3832  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  606  9.999999999999999e-173  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.918154  normal  0.315184 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4058  RpiR family transcriptional regulator  50 
 
 		 291 aa  293  2e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369796  normal  0.143797 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  27.05 
 
 		 282 aa  116  3e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  26.84 
 
 		 287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 299 aa  114  3e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  28.87 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 291 aa  106  6e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 291 aa  106  6e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 287 aa  97.4  3e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 290 aa  88.6  1e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  26.59 
 
 		 302 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 301 aa  82.4  0.000000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3346  transcriptional regulator, RpiR family  25.79 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 266 aa  80.5  0.00000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  30.57 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  28.26 
 
 		 279 aa  79.3  0.00000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 296 aa  79  0.00000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 266 aa  78.2  0.0000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  27.95 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 278 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 284 aa  75.9  0.0000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  25.09 
 
 		 313 aa  75.9  0.0000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  29 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  24.01 
 
 		 288 aa  75.1  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 319 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 294 aa  74.3  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 319 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  27.23 
 
 		 321 aa  73.6  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 319 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 319 aa  73.9  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 334 aa  73.6  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 337 aa  73.2  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  27.23 
 
 		 309 aa  72.4  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  25.7 
 
 		 293 aa  72  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 319 aa  71.6  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2326  RpiR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 314 aa  71.6  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 315 aa  72  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  26.98 
 
 		 375 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  26.98 
 
 		 303 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 324 aa  70.5  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 		 329 aa  70.5  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  23.84 
 
 		 287 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  29.49 
 
 		 327 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  24.1 
 
 		 302 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  21.8 
 
 		 284 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 		 331 aa  69.7  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 286 aa  69.7  0.00000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 292 aa  69.3  0.00000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  24.71 
 
 		 327 aa  69.3  0.00000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  23.88 
 
 		 315 aa  68.9  0.00000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1033  RpiR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 305 aa  68.9  0.00000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  27.85 
 
 		 256 aa  68.6  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 314 aa  68.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1414  hypothetical protein  27.32 
 
 		 286 aa  68.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.983802  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 316 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  26.24 
 
 		 281 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 307 aa  68.6  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3484  RpiR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 286 aa  68.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  25.21 
 
 		 288 aa  67.8  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0070  RpiR family transcriptional regulator  20.87 
 
 		 269 aa  67.8  0.0000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 289 aa  67.4  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 273 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 278 aa  67.8  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 325 aa  67.8  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  26.25 
 
 		 332 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 277 aa  66.2  0.0000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  24.89 
 
 		 287 aa  66.2  0.0000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 292 aa  66.2  0.0000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 299 aa  65.9  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0075  transcriptional regulator RpiR family  25.86 
 
 		 277 aa  65.9  0.0000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0833  RpiR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 327 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.174249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 284 aa  65.9  0.0000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2753  transcriptional regulator, RpiR family  26.84 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 293 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  25.19 
 
 		 290 aa  65.1  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 292 aa  65.5  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  25.42 
 
 		 290 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  23.46 
 
 		 310 aa  64.7  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  23.05 
 
 		 309 aa  64.7  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 292 aa  64.7  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 299 aa  63.9  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  24.66 
 
 		 280 aa  63.9  0.000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 320 aa  63.9  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3318  iron transport system regulatory protein FitR  26.79 
 
 		 295 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0873687 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  21.12 
 
 		 280 aa  64.3  0.000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 284 aa  63.9  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>