221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_1368 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  632  1e-180  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  66.07 
 
 		 289 aa  360  2e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  26.62 
 
 		 297 aa  115  6.9999999999999995e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  27.6 
 
 		 287 aa  110  3e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 294 aa  109  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 287 aa  106  6e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 288 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 276 aa  104  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 291 aa  103  4e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 291 aa  103  4e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  25.95 
 
 		 314 aa  101  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 284 aa  100  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  31.32 
 
 		 334 aa  100  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 292 aa  100  4e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  25.57 
 
 		 314 aa  98.2  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  31.36 
 
 		 285 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  31.47 
 
 		 285 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  25.27 
 
 		 290 aa  90.5  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  25.27 
 
 		 290 aa  89  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2788  RpiR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 285 aa  84.7  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.293627 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  22.55 
 
 		 282 aa  80.1  0.00000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  29.47 
 
 		 279 aa  75.9  0.0000000000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0225  RpiR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 287 aa  73.6  0.000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.139658 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0235  RpiR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 287 aa  73.6  0.000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0836166  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 274 aa  73.6  0.000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0245  RpiR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 287 aa  73.6  0.000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 292 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0995  RpiR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 337 aa  73.2  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  29.04 
 
 		 331 aa  72.8  0.000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  27.82 
 
 		 302 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3194  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 303 aa  71.6  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 317 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 291 aa  70.5  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  32.29 
 
 		 332 aa  69.3  0.00000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  35.71 
 
 		 331 aa  69.3  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1136  transcriptional regulator, RpiR family  26.87 
 
 		 291 aa  67.8  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.902832 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 286 aa  68.2  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  28.81 
 
 		 288 aa  68.2  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 334 aa  67.8  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 324 aa  67.4  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  33.78 
 
 		 329 aa  67  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  29.36 
 
 		 290 aa  66.2  0.0000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 316 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  30.65 
 
 		 321 aa  64.7  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  25.09 
 
 		 285 aa  64.7  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0983  transcriptional regulator, RpiR family  26.49 
 
 		 291 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  normal  0.847459 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 326 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  33.61 
 
 		 327 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1152  RpiR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 335 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  35.37 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 285 aa  63.5  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 313 aa  63.2  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 293 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  24.31 
 
 		 310 aa  62.4  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 319 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1686  transcriptional regulator  23.57 
 
 		 272 aa  62  0.00000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0801516  hitchhiker  0.000000000302216 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 319 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 292 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 292 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  23.53 
 
 		 293 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 292 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.207638 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 296 aa  61.2  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 314 aa  60.5  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 315 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  30 
 
 		 312 aa  60.8  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34008 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 281 aa  60.1  0.00000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  24.21 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3832  RpiR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 294 aa  59.7  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.918154  normal  0.315184 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  25.09 
 
 		 256 aa  59.7  0.00000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  24.36 
 
 		 375 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  24.73 
 
 		 293 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 283 aa  59.3  0.00000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  25.95 
 
 		 283 aa  59.3  0.00000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 309 aa  59.3  0.00000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 305 aa  59.3  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 319 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 314 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  22.92 
 
 		 280 aa  58.5  0.0000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 294 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  30.12 
 
 		 320 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  24.36 
 
 		 303 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  30.12 
 
 		 314 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 277 aa  57.8  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1253  RpiR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 295 aa  58.2  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0224504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  26.75 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>