More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4066 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 
303 aa  605  9.999999999999999e-173  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  58.01 
 
 
283 aa  299  3e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  54.38 
 
 
283 aa  277  1e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  43.21 
 
 
313 aa  202  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
314 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
314 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
314 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
281 aa  132  6.999999999999999e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2981  RpiR family transcriptional regulator  31.52 
 
 
282 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  31.77 
 
 
280 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
277 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  32.13 
 
 
279 aa  129  7.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  31.05 
 
 
274 aa  125  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0906  transcriptional regulator, RpiR family  31.18 
 
 
279 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.505749  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2787  transcriptional regulator, RpiR family  35.74 
 
 
296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000772388 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  30.74 
 
 
280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
279 aa  115  6.9999999999999995e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2080  transcriptional regulator, RpiR family  33.45 
 
 
285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  25.86 
 
 
282 aa  108  9.000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  29.1 
 
 
278 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 
280 aa  107  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0876  transcriptional regulator, RpiR family  30.82 
 
 
279 aa  104  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.820056  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  21.82 
 
 
287 aa  102  8e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0959  transcriptional regulator  29.41 
 
 
281 aa  101  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.396174 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2057  RpiR family transcriptional regulator  27.4 
 
 
272 aa  96.7  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  29.05 
 
 
288 aa  97.1  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  29.05 
 
 
288 aa  96.3  5e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0450  RpiR family transcriptional regulator  29.3 
 
 
272 aa  96.3  6e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
299 aa  95.9  8e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  31.18 
 
 
286 aa  94  3e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  21.86 
 
 
287 aa  91.7  1e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  29.08 
 
 
293 aa  89.7  6e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  27.86 
 
 
279 aa  89  1e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  26.69 
 
 
375 aa  87.8  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  26.33 
 
 
303 aa  87.4  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  28.78 
 
 
276 aa  85.1  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  21.32 
 
 
291 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  21.32 
 
 
291 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  22.94 
 
 
299 aa  84.7  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2428  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  28.77 
 
 
272 aa  84  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.451037  normal  0.0398697 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  29.26 
 
 
310 aa  83.2  0.000000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2801  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 
284 aa  82.4  0.000000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  25.77 
 
 
293 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  25.77 
 
 
293 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  25.77 
 
 
293 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0235  RpiR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
287 aa  82  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0836166  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  25.77 
 
 
293 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  25.77 
 
 
293 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0245  RpiR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
287 aa  82  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  25.68 
 
 
324 aa  81.3  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  25.38 
 
 
293 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 
292 aa  80.5  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  28.17 
 
 
292 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0225  RpiR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
287 aa  80.9  0.00000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.139658 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  26.43 
 
 
302 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 
292 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 
292 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 
292 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.207638 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
294 aa  80.1  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  21.9 
 
 
297 aa  80.1  0.00000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  24.62 
 
 
291 aa  79.3  0.00000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  31.39 
 
 
318 aa  79.3  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  27.21 
 
 
310 aa  79  0.00000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  27.72 
 
 
292 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  29.69 
 
 
312 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.3 
 
 
334 aa  77.8  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  27.06 
 
 
309 aa  77.8  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3479  transcriptional regulator, RpiR family  28 
 
 
280 aa  77  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  25.09 
 
 
283 aa  77.4  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  28.86 
 
 
289 aa  76.3  0.0000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  24.19 
 
 
299 aa  75.9  0.0000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
338 aa  75.9  0.0000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  27 
 
 
314 aa  75.1  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  32.97 
 
 
331 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  27.44 
 
 
285 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  26.64 
 
 
285 aa  74.7  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  26.24 
 
 
285 aa  73.9  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  24.44 
 
 
293 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0995  RpiR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
292 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  28.94 
 
 
298 aa  73.9  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  24.37 
 
 
315 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  24.62 
 
 
278 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1414  hypothetical protein  26.53 
 
 
286 aa  73.2  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.983802  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3484  RpiR family transcriptional regulator  26.53 
 
 
286 aa  73.2  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  25.28 
 
 
311 aa  72.8  0.000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  22.43 
 
 
266 aa  72.8  0.000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  26.97 
 
 
285 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
277 aa  72.4  0.000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  26.07 
 
 
321 aa  72.4  0.000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  24.74 
 
 
288 aa  72.4  0.000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  26.62 
 
 
314 aa  72  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  26.94 
 
 
290 aa  72  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  28.63 
 
 
299 aa  72  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.34008 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  28.99 
 
 
316 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  27.84 
 
 
309 aa  71.2  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  28.37 
 
 
273 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  25.54 
 
 
309 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  25.28 
 
 
293 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  28.69 
 
 
332 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
292 aa  70.5  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.33776 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>