More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BURPS1710b_A0327 on replicon NC_007435
Organism: Burkholderia pseudomallei 1710b



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  100 
 
 
314 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  99.68 
 
 
314 aa  603  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  99.36 
 
 
314 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  99.36 
 
 
320 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  99.04 
 
 
314 aa  600  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  99.36 
 
 
314 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  99.04 
 
 
314 aa  600  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  94.9 
 
 
311 aa  566  1e-160  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  68.18 
 
 
316 aa  392  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  70.41 
 
 
316 aa  392  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  70.41 
 
 
316 aa  392  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1870  RpiR family transcriptional regulator  73.76 
 
 
338 aa  385  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0281509  normal  0.341017 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3356  RpiR family transcriptional regulator  69.01 
 
 
314 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0600613  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4429  RpiR family transcriptional regulator  71.76 
 
 
314 aa  383  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.882405  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4206  RpiR family transcriptional regulator  73.4 
 
 
314 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4160  RpiR family transcriptional regulator  73.4 
 
 
314 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  69.01 
 
 
327 aa  366  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0833  RpiR family transcriptional regulator  69.52 
 
 
327 aa  346  4e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.174249  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  57.29 
 
 
337 aa  312  3.9999999999999997e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  57.34 
 
 
331 aa  308  9e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  60.84 
 
 
358 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  54.81 
 
 
329 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  59.57 
 
 
332 aa  296  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  53.38 
 
 
317 aa  278  1e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  49.68 
 
 
319 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  50.35 
 
 
319 aa  265  8.999999999999999e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  47.33 
 
 
321 aa  237  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  45.33 
 
 
324 aa  235  7e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  46.08 
 
 
312 aa  230  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  42.86 
 
 
313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  39.15 
 
 
309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
310 aa  164  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  32.86 
 
 
325 aa  137  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0624  RpiR family transcriptional regulator  32.01 
 
 
297 aa  135  7.000000000000001e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.768777  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  28.21 
 
 
287 aa  129  7.000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  30.8 
 
 
291 aa  124  2e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  30.8 
 
 
291 aa  124  2e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  27.03 
 
 
287 aa  116  5e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  28.79 
 
 
299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  31.42 
 
 
282 aa  113  5e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  26.02 
 
 
297 aa  102  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
304 aa  98.6  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  32.82 
 
 
310 aa  97.1  3e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  31.97 
 
 
320 aa  96.3  6e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  30.12 
 
 
287 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  32.78 
 
 
333 aa  94.4  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  30.71 
 
 
288 aa  94  3e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  29.64 
 
 
302 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  29.12 
 
 
310 aa  92.4  9e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  26.69 
 
 
274 aa  91.3  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  32.77 
 
 
327 aa  90.9  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  27.88 
 
 
280 aa  90.1  5e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  27.97 
 
 
309 aa  88.6  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  30.25 
 
 
266 aa  87.4  3e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  32.44 
 
 
299 aa  86.7  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.74 
 
 
290 aa  85.9  8e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  31.49 
 
 
304 aa  84.7  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.6 
 
 
290 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  29.63 
 
 
290 aa  82.8  0.000000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  30.9 
 
 
315 aa  82.8  0.000000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.6 
 
 
290 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.6 
 
 
290 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  32.75 
 
 
322 aa  82.4  0.000000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.06 
 
 
290 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  29.62 
 
 
294 aa  82  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
288 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
266 aa  81.6  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
288 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  26.39 
 
 
280 aa  80.1  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  30.95 
 
 
298 aa  79.7  0.00000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  27.48 
 
 
307 aa  79.3  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.04 
 
 
286 aa  79  0.00000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
301 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.98 
 
 
289 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  29.12 
 
 
296 aa  78.2  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.27 
 
 
288 aa  78.2  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.97 
 
 
289 aa  77.4  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  29.13 
 
 
285 aa  76.3  0.0000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4058  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 
291 aa  75.9  0.0000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369796  normal  0.143797 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  28.74 
 
 
285 aa  75.9  0.0000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  25.27 
 
 
334 aa  75.9  0.0000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  26.3 
 
 
297 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
273 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.95 
 
 
301 aa  75.1  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  28.37 
 
 
292 aa  75.1  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.95 
 
 
301 aa  75.1  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.95 
 
 
289 aa  75.1  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.24 
 
 
290 aa  74.7  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.74 
 
 
289 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  25.9 
 
 
277 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  31.53 
 
 
288 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  29.18 
 
 
375 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  26.3 
 
 
292 aa  75.1  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  28.75 
 
 
306 aa  74.7  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  26.28 
 
 
291 aa  74.3  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.07 
 
 
282 aa  73.9  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.08 
 
 
288 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.53 
 
 
288 aa  73.9  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  25.84 
 
 
319 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  25.84 
 
 
319 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>