More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1605 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  93.71 
 
 		 288 aa  553  1e-156  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  93.01 
 
 		 288 aa  550  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  62.46 
 
 		 294 aa  367  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  55.67 
 
 		 290 aa  324  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  55.67 
 
 		 290 aa  323  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  54.26 
 
 		 292 aa  318  9e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 291 aa  298  5e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 292 aa  284  1.0000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2788  RpiR family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 285 aa  264  1e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.293627 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 276 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  36.23 
 
 		 314 aa  183  4.0000000000000006e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  35.87 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  36.73 
 
 		 334 aa  176  6e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 293 aa  170  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 292 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  35.74 
 
 		 285 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  35.38 
 
 		 285 aa  152  8e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.207638 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0995  RpiR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 292 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  32.36 
 
 		 279 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 286 aa  130  3e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3194  RpiR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 303 aa  129  8.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0225  RpiR family transcriptional regulator  35 
 
 		 287 aa  128  9.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.139658 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0245  RpiR family transcriptional regulator  35 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0235  RpiR family transcriptional regulator  35 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0836166  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 284 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 291 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 291 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 289 aa  116  6e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  27.08 
 
 		 287 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 314 aa  105  7e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  25.44 
 
 		 282 aa  104  1e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 287 aa  95.9  6e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  27.56 
 
 		 288 aa  92.8  6e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  24.73 
 
 		 297 aa  90.9  3e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 303 aa  90.1  4e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 313 aa  88.6  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.84 
 
 		 284 aa  87  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 324 aa  86.7  4e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 314 aa  87  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 283 aa  86.7  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  32.44 
 
 		 314 aa  85.9  8e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 283 aa  85.5  9e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  32.55 
 
 		 320 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  31.56 
 
 		 321 aa  85.5  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 314 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1152  RpiR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 335 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.49 
 
 		 284 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 314 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  29.93 
 
 		 331 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  29.58 
 
 		 329 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 326 aa  82.8  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 317 aa  82.8  0.000000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2069  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.84 
 
 		 284 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000131353  hitchhiker  0.000414379 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 314 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 314 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.15 
 
 		 284 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  29.66 
 
 		 311 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  26.17 
 
 		 331 aa  79.7  0.00000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4885  putative transcriptional regulator, RpiR family  24.45 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.586943  normal  0.761042 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2080  transcriptional regulator, RpiR family  29.07 
 
 		 285 aa  77.8  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.62 
 
 		 284 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.46 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  25.56 
 
 		 288 aa  77  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.96 
 
 		 286 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.28 
 
 		 284 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3609  RpiR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.252965  normal  0.0456005 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  22.39 
 
 		 277 aa  75.9  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 280 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  23.97 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.94 
 
 		 284 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.94 
 
 		 284 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.94 
 
 		 284 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 286 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 286 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 286 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.6 
 
 		 308 aa  73.9  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1784  RpiR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 298 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.760228  hitchhiker  0.0000000136615 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 286 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 286 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.77 
 
 		 284 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.77 
 
 		 284 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.77 
 
 		 284 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  27.66 
 
 		 323 aa  72  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 292 aa  72  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.77 
 
 		 284 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  22.47 
 
 		 293 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.77 
 
 		 284 aa  72  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.77 
 
 		 284 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.46 
 
 		 289 aa  71.2  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  22.35 
 
 		 310 aa  70.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 305 aa  70.9  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>