More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_1500 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 283 aa  566  1e-160  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  80.57 
 
 		 283 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  58.01 
 
 		 303 aa  287  1e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 313 aa  189  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2080  transcriptional regulator, RpiR family  31.9 
 
 		 285 aa  132  9e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0906  transcriptional regulator, RpiR family  30.15 
 
 		 279 aa  130  3e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.505749  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 281 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 274 aa  123  3e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  28.31 
 
 		 280 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  28.68 
 
 		 279 aa  120  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2981  RpiR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 282 aa  120  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  29.78 
 
 		 278 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2787  transcriptional regulator, RpiR family  34.18 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000772388 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 314 aa  112  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 280 aa  108  9.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 280 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0876  transcriptional regulator, RpiR family  29.41 
 
 		 279 aa  103  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.820056  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  28.07 
 
 		 283 aa  100  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0450  RpiR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 272 aa  98.2  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0959  transcriptional regulator  29.75 
 
 		 281 aa  95.1  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.396174 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2057  RpiR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 272 aa  94.4  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  26.74 
 
 		 282 aa  94.4  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  26.69 
 
 		 277 aa  92.8  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 278 aa  90.9  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  24.81 
 
 		 280 aa  90.1  4e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  22.48 
 
 		 287 aa  88.2  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  31.56 
 
 		 279 aa  87.8  2e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 299 aa  87.4  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 288 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  23.64 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 292 aa  84.3  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 288 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  28.78 
 
 		 334 aa  80.9  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 286 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 266 aa  80.9  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2428  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  26.39 
 
 		 272 aa  81.3  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.451037  normal  0.0398697 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  25.49 
 
 		 285 aa  79.7  0.00000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 266 aa  79.3  0.00000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  27.8 
 
 		 293 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 299 aa  79  0.00000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  27.17 
 
 		 375 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  26.43 
 
 		 288 aa  79  0.00000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  25.1 
 
 		 285 aa  78.2  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  27.51 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 284 aa  77.4  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 284 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 278 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  27.78 
 
 		 310 aa  77.8  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 284 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  21.85 
 
 		 291 aa  75.9  0.0000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  21.85 
 
 		 291 aa  75.9  0.0000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.58 
 
 		 282 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.58 
 
 		 282 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.58 
 
 		 282 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  26.17 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.58 
 
 		 282 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.58 
 
 		 282 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  25.48 
 
 		 285 aa  73.6  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  26.39 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2801  RpiR family transcriptional regulator  22.76 
 
 		 284 aa  73.6  0.000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  25.77 
 
 		 309 aa  73.2  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 291 aa  73.2  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0235  RpiR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 287 aa  72.8  0.000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0836166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0245  RpiR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 287 aa  72.8  0.000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3479  transcriptional regulator, RpiR family  30.88 
 
 		 280 aa  72.4  0.000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0225  RpiR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 287 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.139658 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  24.64 
 
 		 297 aa  72  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 324 aa  71.6  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  20.79 
 
 		 302 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 319 aa  70.9  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 296 aa  69.7  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  23.2 
 
 		 297 aa  69.3  0.00000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 292 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 296 aa  68.9  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 292 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 289 aa  68.9  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 292 aa  68.9  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 293 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1411  transcriptional regulator, RpiR family  25.29 
 
 		 282 aa  67.8  0.0000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 319 aa  67.4  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  29.41 
 
 		 285 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  29.41 
 
 		 285 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  21.15 
 
 		 287 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1111  helix-turn-helix protein RpiR  27.8 
 
 		 283 aa  66.6  0.0000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 277 aa  66.2  0.0000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 325 aa  66.2  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>