263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2428 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_2428  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  100 
 
 		 272 aa  559  1e-158  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.451037  normal  0.0398697 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0450  RpiR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 272 aa  230  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2057  RpiR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 272 aa  223  3e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  38.78 
 
 		 283 aa  206  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 274 aa  159  6e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2080  transcriptional regulator, RpiR family  31.8 
 
 		 285 aa  146  4.0000000000000006e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0906  transcriptional regulator, RpiR family  31.39 
 
 		 279 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.505749  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 281 aa  130  3e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 314 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 277 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0876  transcriptional regulator, RpiR family  32.48 
 
 		 279 aa  129  7.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.820056  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2787  transcriptional regulator, RpiR family  31.14 
 
 		 296 aa  125  5e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000772388 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  31.02 
 
 		 279 aa  123  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  32 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  30.29 
 
 		 280 aa  117  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 280 aa  116  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  27.31 
 
 		 278 aa  115  7.999999999999999e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 280 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 283 aa  113  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 313 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 303 aa  100  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 283 aa  98.2  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2981  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 282 aa  74.3  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0959  transcriptional regulator  22.94 
 
 		 281 aa  73.2  0.000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.396174 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  24.53 
 
 		 311 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1048  RpiR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.656408  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 314 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  24.31 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 314 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 337 aa  66.6  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  21.57 
 
 		 287 aa  66.2  0.0000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 314 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  23.92 
 
 		 320 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 289 aa  65.9  0.0000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  22.78 
 
 		 288 aa  65.1  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 316 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 316 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  25.47 
 
 		 332 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  26 
 
 		 284 aa  60.8  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3356  RpiR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 314 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0600613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 358 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  22.98 
 
 		 312 aa  60.5  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  22.96 
 
 		 293 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2619  RpiR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 286 aa  58.5  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.75 
 
 		 282 aa  58.2  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4206  RpiR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 314 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4429  RpiR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 314 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.882405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4160  RpiR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 314 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  23.36 
 
 		 329 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3479  transcriptional regulator, RpiR family  23.85 
 
 		 280 aa  57.8  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02455  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.5 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1107  transcriptional regulator, RpiR family  26.5 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.379447  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02419  hypothetical protein  26.5 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2926  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.5 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.5 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.5 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  23.55 
 
 		 287 aa  57.4  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  24.19 
 
 		 331 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  28.93 
 
 		 320 aa  57  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3796  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.5 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.796505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2846  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.5 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.632746  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3618  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.55 
 
 		 279 aa  56.6  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  22.87 
 
 		 314 aa  57  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  22.26 
 
 		 282 aa  56.6  0.0000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.55 
 
 		 279 aa  56.6  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 291 aa  56.6  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 291 aa  56.6  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.55 
 
 		 279 aa  56.6  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 311 aa  56.6  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1870  RpiR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 338 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0281509  normal  0.341017 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2324  RpiR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 290 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1116  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.69 
 
 		 282 aa  56.6  0.0000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 278 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  21.83 
 
 		 293 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 299 aa  55.8  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4122  RpiR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 326 aa  55.8  0.0000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  0.256061 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  22.34 
 
 		 293 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  22.34 
 
 		 303 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  22.34 
 
 		 293 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  22.34 
 
 		 293 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  22.34 
 
 		 293 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  22.34 
 
 		 293 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  24.47 
 
 		 323 aa  55.1  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  22.34 
 
 		 375 aa  55.5  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  23.11 
 
 		 316 aa  55.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  24.72 
 
 		 334 aa  55.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3745  transcriptional regulator, RpiR family  25.34 
 
 		 284 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.343445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 318 aa  54.7  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5218  RpiR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 286 aa  54.7  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.398124 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 310 aa  53.9  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0624  RpiR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 297 aa  53.5  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.768777  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  24 
 
 		 338 aa  53.5  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  23.58 
 
 		 290 aa  53.1  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2801  RpiR family transcriptional regulator  22.69 
 
 		 284 aa  53.1  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5469  transcriptional regulator, RpiR family  25.93 
 
 		 284 aa  53.1  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>