More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3314 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 279 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  95.34 
 
 		 280 aa  513  1e-144  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0906  transcriptional regulator, RpiR family  82.44 
 
 		 279 aa  457  1e-127  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.505749  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  79.57 
 
 		 279 aa  435  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0876  transcriptional regulator, RpiR family  82.08 
 
 		 279 aa  432  1e-120  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.820056  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  74.73 
 
 		 277 aa  404  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  74.73 
 
 		 314 aa  405  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  74.73 
 
 		 281 aa  404  1.0000000000000001e-112  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 274 aa  236  2e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2787  transcriptional regulator, RpiR family  44.6 
 
 		 296 aa  228  9e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000772388 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2057  RpiR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 272 aa  202  7e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2080  transcriptional regulator, RpiR family  39.27 
 
 		 285 aa  187  1e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0450  RpiR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 272 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  32.84 
 
 		 278 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  33.46 
 
 		 283 aa  159  4e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 314 aa  149  6e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 280 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  31 
 
 		 280 aa  142  8e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 283 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0959  transcriptional regulator  29.52 
 
 		 281 aa  122  5e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.396174 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2428  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  31.02 
 
 		 272 aa  120  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.451037  normal  0.0398697 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 287 aa  95.1  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 294 aa  93.2  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2981  RpiR family transcriptional regulator  22.74 
 
 		 282 aa  89.7  5e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  26.52 
 
 		 334 aa  88.6  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  24.54 
 
 		 287 aa  86.7  4e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  23.53 
 
 		 282 aa  85.5  9e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  29.12 
 
 		 285 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  28.57 
 
 		 285 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  24.64 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1411  transcriptional regulator, RpiR family  28.06 
 
 		 282 aa  81.3  0.00000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 278 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 289 aa  79.7  0.00000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  22.91 
 
 		 290 aa  79.3  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  22.91 
 
 		 290 aa  79  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  23.28 
 
 		 293 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  23.01 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  24.81 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2372  transcriptional regulator, RpiR family  27.68 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.770006 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  27.6 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 288 aa  75.1  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 288 aa  74.7  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  23.83 
 
 		 282 aa  75.1  0.000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  23.28 
 
 		 375 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  23.28 
 
 		 303 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3346  transcriptional regulator, RpiR family  28.4 
 
 		 302 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0574  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000288568  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  22.59 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  22.59 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  21.29 
 
 		 280 aa  73.9  0.000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 293 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  25.81 
 
 		 310 aa  72.4  0.000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  27.22 
 
 		 284 aa  72.4  0.000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 312 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 276 aa  69.7  0.00000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  26.52 
 
 		 323 aa  69.3  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 316 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 296 aa  68.9  0.00000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  22.61 
 
 		 288 aa  68.6  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  22.55 
 
 		 292 aa  68.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5218  RpiR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 286 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.398124 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 314 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  24.39 
 
 		 296 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 310 aa  67.4  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 286 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  23.45 
 
 		 282 aa  67.8  0.0000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 286 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 317 aa  67  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  24.63 
 
 		 314 aa  67  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 286 aa  67  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  25.1 
 
 		 311 aa  67  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 280 aa  67.4  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 301 aa  67  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 286 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  25.66 
 
 		 297 aa  66.6  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 286 aa  67  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 337 aa  66.6  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 286 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  23.95 
 
 		 277 aa  66.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  24.82 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  25.58 
 
 		 285 aa  66.2  0.0000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  24.56 
 
 		 279 aa  66.2  0.0000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3479  transcriptional regulator, RpiR family  24.7 
 
 		 280 aa  66.2  0.0000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  24.61 
 
 		 320 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 314 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 292 aa  65.9  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 314 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 296 aa  65.5  0.0000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>