180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6012 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 288 aa  587  1e-167  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1822  RpiR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 309 aa  192  5e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2801  RpiR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 284 aa  185  6e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2807  RpiR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 287 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4885  putative transcriptional regulator, RpiR family  33.56 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.586943  normal  0.761042 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1784  RpiR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 298 aa  175  7e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.760228  hitchhiker  0.0000000136615 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2345  RpiR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 290 aa  175  9e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4477  RpiR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.600704  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4015  RpiR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1440  hypothetical protein  32.88 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.520866  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4060  RpiR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 291 aa  170  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1272  hypothetical protein  32.2 
 
 		 296 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.232861  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2565  hypothetical protein  32.2 
 
 		 296 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0245  hypothetical protein  32.2 
 
 		 296 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0516  hypothetical protein  32.2 
 
 		 296 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1394  hypothetical protein  32.2 
 
 		 296 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.061772  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1313  hypothetical protein  32.2 
 
 		 296 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1052  hypothetical protein  32.2 
 
 		 296 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2324  RpiR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 290 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4002  RpiR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 292 aa  169  7e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3592  RpiR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2180  RpiR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 290 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.417228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1255  RpiR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 299 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5716  RpiR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 295 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0748827 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3779  RpiR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 295 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4589  RpiR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 295 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4122  RpiR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 326 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  0.256061 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1048  RpiR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 286 aa  143  4e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.656408  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3443  transcriptional regulator, RpiR family  32.82 
 
 		 284 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3745  transcriptional regulator, RpiR family  32.59 
 
 		 284 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.343445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 313 aa  96.7  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 288 aa  94  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 299 aa  92.8  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 288 aa  91.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 294 aa  87.8  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 314 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 283 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 283 aa  79  0.00000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 292 aa  77  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 291 aa  76.3  0.0000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2788  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 285 aa  74.7  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.293627 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0906  transcriptional regulator, RpiR family  24.57 
 
 		 279 aa  73.9  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.505749  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 314 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 303 aa  72.4  0.000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 299 aa  72.4  0.000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 286 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  26.12 
 
 		 285 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 280 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  23.67 
 
 		 283 aa  69.7  0.00000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  25.77 
 
 		 285 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 289 aa  68.9  0.00000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 314 aa  68.2  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  27.14 
 
 		 279 aa  67.8  0.0000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  19.16 
 
 		 287 aa  67.4  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 299 aa  67.4  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 277 aa  66.6  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 281 aa  67  0.0000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 314 aa  67  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 279 aa  66.2  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 291 aa  65.9  0.0000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 291 aa  65.9  0.0000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  23.66 
 
 		 290 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 274 aa  64.7  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  23.62 
 
 		 290 aa  64.3  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  25.35 
 
 		 314 aa  64.7  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0235  RpiR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 287 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0836166  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  24.48 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0450  RpiR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 272 aa  63.9  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0245  RpiR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 287 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0225  RpiR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 287 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.139658 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  20.07 
 
 		 287 aa  62.4  0.000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0876  transcriptional regulator, RpiR family  25.09 
 
 		 279 aa  61.6  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.820056  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 292 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 292 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 276 aa  62  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  25 
 
 		 314 aa  61.6  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  22.61 
 
 		 279 aa  60.8  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2057  RpiR family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 272 aa  61.6  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  22.61 
 
 		 280 aa  61.2  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 280 aa  60.8  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 311 aa  60.5  0.00000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2428  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  26.29 
 
 		 272 aa  60.5  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.451037  normal  0.0398697 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  26.6 
 
 		 334 aa  60.5  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2080  transcriptional regulator, RpiR family  27.06 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  20.57 
 
 		 297 aa  56.6  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  21.3 
 
 		 282 aa  56.6  0.0000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0959  transcriptional regulator  29.02 
 
 		 281 aa  56.2  0.0000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.396174 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  22.84 
 
 		 301 aa  56.2  0.0000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 292 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 292 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.207638 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 292 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2787  transcriptional regulator, RpiR family  28.97 
 
 		 296 aa  55.8  0.0000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000772388 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  21.31 
 
 		 292 aa  55.5  0.0000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  22.46 
 
 		 375 aa  54.3  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0175  RpiR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 300 aa  54.7  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  22.46 
 
 		 303 aa  53.9  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  22.12 
 
 		 280 aa  53.9  0.000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  22.46 
 
 		 293 aa  54.3  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>