125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_2345 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_2345  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  591  1e-168  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4002  RpiR family transcriptional regulator  61.89 
 
 		 292 aa  374  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1440  hypothetical protein  60.47 
 
 		 296 aa  368  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.520866  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1272  hypothetical protein  60.81 
 
 		 296 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.232861  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2565  hypothetical protein  60.81 
 
 		 296 aa  365  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0245  hypothetical protein  60.81 
 
 		 296 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0516  hypothetical protein  60.81 
 
 		 296 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1394  hypothetical protein  60.81 
 
 		 296 aa  365  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.061772  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1313  hypothetical protein  60.81 
 
 		 296 aa  365  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1052  hypothetical protein  60.81 
 
 		 296 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1784  RpiR family transcriptional regulator  59.87 
 
 		 298 aa  358  6e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.760228  hitchhiker  0.0000000136615 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4885  putative transcriptional regulator, RpiR family  58.19 
 
 		 298 aa  353  1e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.586943  normal  0.761042 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3779  RpiR family transcriptional regulator  59.31 
 
 		 295 aa  350  1e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4589  RpiR family transcriptional regulator  59.31 
 
 		 295 aa  350  1e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5716  RpiR family transcriptional regulator  59.31 
 
 		 295 aa  350  1e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0748827 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4477  RpiR family transcriptional regulator  59.17 
 
 		 294 aa  350  1e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.600704  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4060  RpiR family transcriptional regulator  59.17 
 
 		 291 aa  349  2e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1255  RpiR family transcriptional regulator  58.64 
 
 		 299 aa  346  3e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4015  RpiR family transcriptional regulator  57.88 
 
 		 297 aa  344  8e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  35.86 
 
 		 288 aa  175  9e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2807  RpiR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 287 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3592  RpiR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2180  RpiR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 290 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.417228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2324  RpiR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2801  RpiR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 284 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1822  RpiR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 309 aa  142  5e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1048  RpiR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 286 aa  97.8  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.656408  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4122  RpiR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 326 aa  89.4  7e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  0.256061 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3443  transcriptional regulator, RpiR family  27.91 
 
 		 284 aa  83.2  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3745  transcriptional regulator, RpiR family  27.8 
 
 		 284 aa  82.4  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.343445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  22.9 
 
 		 292 aa  66.2  0.0000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  21.94 
 
 		 280 aa  64.7  0.000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  25.1 
 
 		 285 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  25.1 
 
 		 285 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 276 aa  63.5  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  22.79 
 
 		 291 aa  62.8  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  24.32 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 294 aa  61.6  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  22.74 
 
 		 313 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  23.94 
 
 		 314 aa  59.3  0.00000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0450  RpiR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 272 aa  58.5  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  21.94 
 
 		 288 aa  57.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 287 aa  57  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  20.93 
 
 		 277 aa  57  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  21.84 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  21.46 
 
 		 288 aa  56.6  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  26.51 
 
 		 283 aa  56.6  0.0000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 292 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  19.7 
 
 		 299 aa  55.8  0.0000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 303 aa  55.5  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  23.39 
 
 		 287 aa  55.5  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  22.33 
 
 		 278 aa  54.7  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 274 aa  53.9  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 292 aa  53.9  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  23.13 
 
 		 291 aa  53.5  0.000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  23.13 
 
 		 291 aa  53.5  0.000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  24.54 
 
 		 309 aa  53.5  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 292 aa  53.5  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  22.14 
 
 		 279 aa  53.1  0.000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0235  RpiR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 287 aa  52.8  0.000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0836166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0245  RpiR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 287 aa  52.8  0.000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1774  putative transcriptional regulator, RpiR family  24.09 
 
 		 288 aa  52.8  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.260991 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0225  RpiR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 287 aa  52  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.139658 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  22.79 
 
 		 293 aa  51.2  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  22.11 
 
 		 375 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  21.94 
 
 		 285 aa  50.8  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  21.86 
 
 		 299 aa  50.4  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  22.11 
 
 		 303 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 293 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 293 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 293 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 293 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 293 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  22.78 
 
 		 285 aa  50.1  0.00004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 286 aa  49.7  0.00005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  25.85 
 
 		 323 aa  50.1  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2981  RpiR family transcriptional regulator  20.98 
 
 		 282 aa  49.7  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0574  RpiR family transcriptional regulator  22.42 
 
 		 295 aa  49.7  0.00006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000288568  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  22.31 
 
 		 296 aa  49.3  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 286 aa  49.3  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  21.5 
 
 		 296 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  19.6 
 
 		 287 aa  47  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1414  hypothetical protein  22.89 
 
 		 286 aa  47  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.983802  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  21.61 
 
 		 290 aa  46.6  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3484  RpiR family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 286 aa  47  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  21.58 
 
 		 283 aa  46.6  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 289 aa  46.6  0.0005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  21.09 
 
 		 285 aa  46.2  0.0006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  23.67 
 
 		 334 aa  46.2  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2428  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  24.69 
 
 		 272 aa  45.8  0.0008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.451037  normal  0.0398697 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  19.6 
 
 		 302 aa  45.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0995  RpiR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 292 aa  45.4  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 314 aa  45.8  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  22.76 
 
 		 286 aa  44.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 292 aa  44.7  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  22.76 
 
 		 286 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  22.76 
 
 		 286 aa  44.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  22.76 
 
 		 286 aa  44.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  21.97 
 
 		 284 aa  44.3  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  22.36 
 
 		 290 aa  44.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>