More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3689 on replicon NC_009429
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  100 
 
 		 309 aa  624  1e-178  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1414  hypothetical protein  84.27 
 
 		 286 aa  498  1e-140  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.983802  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3484  RpiR family transcriptional regulator  84.27 
 
 		 286 aa  498  1e-140  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  32.44 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 278 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0081  hypothetical protein  32.78 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0407866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 292 aa  103  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 296 aa  102  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 286 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 286 aa  100  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3346  transcriptional regulator, RpiR family  30.56 
 
 		 302 aa  99.8  5e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  31.65 
 
 		 277 aa  99.8  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 286 aa  99.4  7e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  29.3 
 
 		 302 aa  99  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  29.39 
 
 		 296 aa  99  9e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  29.52 
 
 		 285 aa  98.2  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 285 aa  99  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 286 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 286 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 286 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 286 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 284 aa  97.8  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  29.05 
 
 		 285 aa  97.4  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  29.67 
 
 		 285 aa  96.7  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 299 aa  97.1  4e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 286 aa  95.1  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  28.42 
 
 		 310 aa  94.7  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 284 aa  94.7  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3609  RpiR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 304 aa  94.7  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.252965  normal  0.0456005 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  28.5 
 
 		 280 aa  94.4  2e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 284 aa  94  3e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  29.67 
 
 		 288 aa  93.6  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 284 aa  92.8  7e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  30.22 
 
 		 286 aa  92.4  8e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  30.22 
 
 		 286 aa  90.9  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1033  RpiR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 305 aa  91.3  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  22.4 
 
 		 287 aa  91.7  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  30.22 
 
 		 286 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  30.22 
 
 		 286 aa  90.9  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  30.22 
 
 		 286 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 301 aa  90.5  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  30.22 
 
 		 286 aa  90.9  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  30.22 
 
 		 286 aa  90.9  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5218  RpiR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 286 aa  90.1  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.398124 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  28.26 
 
 		 297 aa  89.7  6e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5469  transcriptional regulator, RpiR family  29.73 
 
 		 284 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 301 aa  89  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1253  RpiR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0224504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0175  RpiR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 300 aa  87.4  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  26.07 
 
 		 290 aa  84.7  0.000000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 278 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  24.07 
 
 		 282 aa  83.2  0.000000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3563  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 284 aa  83.2  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123663 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 284 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  24.19 
 
 		 309 aa  81.3  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  26.21 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  22.98 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 311 aa  80.1  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  23.79 
 
 		 375 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  22.98 
 
 		 302 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  24.19 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34008 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  24.6 
 
 		 293 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  21.92 
 
 		 291 aa  79  0.0000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  21.92 
 
 		 291 aa  79  0.0000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 293 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 293 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 293 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 293 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 293 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 279 aa  78.2  0.0000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 279 aa  78.2  0.0000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 287 aa  77.4  0.0000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  22.98 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 309 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  27.41 
 
 		 285 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0983  transcriptional regulator, RpiR family  28.99 
 
 		 291 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  normal  0.847459 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  28.87 
 
 		 285 aa  73.9  0.000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1136  transcriptional regulator, RpiR family  28.99 
 
 		 291 aa  73.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.902832 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  30.42 
 
 		 332 aa  72.8  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  33.33 
 
 		 323 aa  72.8  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 307 aa  72.4  0.000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  27.38 
 
 		 285 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1774  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.51 
 
 		 288 aa  69.7  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.260991 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  27.61 
 
 		 279 aa  69.3  0.00000000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  29.3 
 
 		 274 aa  69.3  0.00000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 294 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 315 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 319 aa  67.8  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 319 aa  67.8  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 312 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 325 aa  68.2  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  30.22 
 
 		 313 aa  67.4  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 319 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>