244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1822 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1822  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  633  1e-180  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2324  RpiR family transcriptional regulator  40 
 
 		 290 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3592  RpiR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 307 aa  228  9e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2180  RpiR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 290 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.417228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2807  RpiR family transcriptional regulator  40 
 
 		 287 aa  225  9e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  37.81 
 
 		 288 aa  199  6e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3779  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4589  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4477  RpiR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 294 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.600704  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5716  RpiR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 295 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0748827 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4060  RpiR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4015  RpiR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4885  putative transcriptional regulator, RpiR family  32.74 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.586943  normal  0.761042 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1255  RpiR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 299 aa  162  6e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4002  RpiR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 292 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1440  hypothetical protein  32.5 
 
 		 296 aa  159  4e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.520866  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1784  RpiR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 298 aa  159  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.760228  hitchhiker  0.0000000136615 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1313  hypothetical protein  31.79 
 
 		 296 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1272  hypothetical protein  31.79 
 
 		 296 aa  156  4e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.232861  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1052  hypothetical protein  31.79 
 
 		 296 aa  156  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2565  hypothetical protein  31.79 
 
 		 296 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1394  hypothetical protein  31.79 
 
 		 296 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.061772  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0245  hypothetical protein  31.79 
 
 		 296 aa  156  4e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0516  hypothetical protein  31.79 
 
 		 296 aa  156  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2345  RpiR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 290 aa  155  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2801  RpiR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 284 aa  145  8.000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4122  RpiR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 326 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  0.256061 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1048  RpiR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 286 aa  114  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.656408  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3745  transcriptional regulator, RpiR family  29.03 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.343445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3443  transcriptional regulator, RpiR family  31.4 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.35 
 
 		 334 aa  86.3  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 313 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  25.45 
 
 		 314 aa  81.3  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 288 aa  79  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  25.09 
 
 		 314 aa  78.6  0.0000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  25.36 
 
 		 285 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  25.36 
 
 		 285 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 288 aa  77  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1033  RpiR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 276 aa  76.3  0.0000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 286 aa  75.9  0.0000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 294 aa  75.1  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 299 aa  73.6  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 291 aa  73.2  0.000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0225  RpiR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 287 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.139658 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 292 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 287 aa  72  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0235  RpiR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 287 aa  71.6  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0836166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0245  RpiR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 287 aa  71.6  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  22.84 
 
 		 297 aa  70.9  0.00000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  22.7 
 
 		 314 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  22.74 
 
 		 287 aa  69.3  0.00000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 283 aa  68.9  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  22.14 
 
 		 291 aa  67.8  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  22.14 
 
 		 291 aa  67.8  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  21.74 
 
 		 314 aa  67  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 292 aa  66.6  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  22.91 
 
 		 283 aa  66.2  0.0000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 303 aa  65.9  0.0000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2788  RpiR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 285 aa  63.9  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.293627 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 315 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  26.07 
 
 		 302 aa  60.1  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 325 aa  59.7  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 314 aa  59.7  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 284 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 279 aa  58.9  0.00000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 311 aa  59.3  0.00000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  25.1 
 
 		 331 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  20.57 
 
 		 290 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 284 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 296 aa  58.2  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  26.03 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 294 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  20.8 
 
 		 290 aa  57.4  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2080  transcriptional regulator, RpiR family  24.72 
 
 		 285 aa  57.4  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 294 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 292 aa  57  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 292 aa  57  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 294 aa  57  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 292 aa  57  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.207638 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  25.68 
 
 		 285 aa  56.2  0.0000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 334 aa  56.2  0.0000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0995  RpiR family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 292 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 319 aa  56.2  0.0000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  22.81 
 
 		 293 aa  55.8  0.0000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 317 aa  55.8  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  21.86 
 
 		 282 aa  55.5  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  21.58 
 
 		 296 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 292 aa  54.3  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  27.01 
 
 		 310 aa  54.7  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 326 aa  53.9  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  24.01 
 
 		 298 aa  53.5  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>