More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_1872 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  596  1e-169  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  64.31 
 
 		 292 aa  394  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  61.84 
 
 		 290 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  61.13 
 
 		 290 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 288 aa  302  5.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 288 aa  301  7.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 299 aa  299  3e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 294 aa  278  5e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 292 aa  277  1e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2788  RpiR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 285 aa  257  1e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.293627 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 276 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  32.61 
 
 		 314 aa  170  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  32.25 
 
 		 314 aa  167  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  32.21 
 
 		 334 aa  155  5.0000000000000005e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 292 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 293 aa  145  9e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  31.37 
 
 		 285 aa  142  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  31 
 
 		 285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0995  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 292 aa  139  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 292 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 292 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 292 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.207638 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 284 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 286 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0225  RpiR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 287 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.139658 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0235  RpiR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0836166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0245  RpiR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  29.5 
 
 		 279 aa  109  5e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3194  RpiR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 303 aa  109  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 287 aa  98.6  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 291 aa  93.6  3e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 291 aa  93.6  3e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  27.02 
 
 		 310 aa  93.6  3e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 299 aa  93.2  4e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  25.7 
 
 		 290 aa  92.8  5e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  24.73 
 
 		 297 aa  89.7  5e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 289 aa  86.3  6e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.46 
 
 		 284 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  27.08 
 
 		 278 aa  83.2  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  24.81 
 
 		 310 aa  82.4  0.000000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  24.91 
 
 		 282 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 313 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  24.71 
 
 		 309 aa  80.9  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2069  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.74 
 
 		 284 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000131353  hitchhiker  0.000414379 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.69 
 
 		 284 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.41 
 
 		 284 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  24.44 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.69 
 
 		 284 aa  79  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  25.57 
 
 		 277 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.09 
 
 		 282 aa  78.6  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.35 
 
 		 284 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.17 
 
 		 308 aa  77.8  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.06 
 
 		 284 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.6 
 
 		 284 aa  77.8  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.35 
 
 		 284 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.35 
 
 		 284 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.35 
 
 		 284 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  22.96 
 
 		 287 aa  77  0.0000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25 
 
 		 284 aa  76.3  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.91 
 
 		 289 aa  76.6  0.0000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.04 
 
 		 284 aa  76.3  0.0000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  24.83 
 
 		 288 aa  76.3  0.0000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.68 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  25.19 
 
 		 285 aa  75.9  0.0000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.31 
 
 		 286 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.94 
 
 		 290 aa  75.9  0.0000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  28.4 
 
 		 311 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.35 
 
 		 284 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.35 
 
 		 284 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  23.57 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.35 
 
 		 284 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.35 
 
 		 284 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.35 
 
 		 284 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 278 aa  75.1  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.35 
 
 		 284 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 314 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.09 
 
 		 289 aa  74.3  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 314 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  24.06 
 
 		 287 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  24.54 
 
 		 285 aa  73.6  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  26.89 
 
 		 320 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 314 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  22.87 
 
 		 280 aa  73.6  0.000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 303 aa  73.2  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 283 aa  73.2  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  27.46 
 
 		 323 aa  73.2  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.5 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.5 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.5 
 
 		 289 aa  72.4  0.000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.54 
 
 		 289 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 311 aa  72  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  23.19 
 
 		 375 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2360  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.8 
 
 		 286 aa  71.6  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190607 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.42 
 
 		 288 aa  71.2  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 334 aa  71.2  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>