173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4477 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4477  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  600  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.600704  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4015  RpiR family transcriptional regulator  96.97 
 
 		 297 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5716  RpiR family transcriptional regulator  92.54 
 
 		 295 aa  550  1e-155  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0748827 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3779  RpiR family transcriptional regulator  92.54 
 
 		 295 aa  550  1e-155  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4589  RpiR family transcriptional regulator  92.54 
 
 		 295 aa  550  1e-155  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1255  RpiR family transcriptional regulator  90.64 
 
 		 299 aa  541  1e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4060  RpiR family transcriptional regulator  89.15 
 
 		 291 aa  529  1e-149  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1272  hypothetical protein  80.68 
 
 		 296 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.232861  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2565  hypothetical protein  80.68 
 
 		 296 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0245  hypothetical protein  80.68 
 
 		 296 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0516  hypothetical protein  80.68 
 
 		 296 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1394  hypothetical protein  80.68 
 
 		 296 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.061772  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1313  hypothetical protein  80.68 
 
 		 296 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1052  hypothetical protein  80.68 
 
 		 296 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4885  putative transcriptional regulator, RpiR family  76.35 
 
 		 298 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.586943  normal  0.761042 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1440  hypothetical protein  78.98 
 
 		 296 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.520866  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1784  RpiR family transcriptional regulator  75 
 
 		 298 aa  456  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.760228  hitchhiker  0.0000000136615 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4002  RpiR family transcriptional regulator  77.29 
 
 		 292 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2345  RpiR family transcriptional regulator  59.17 
 
 		 290 aa  350  1e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  33.92 
 
 		 288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2807  RpiR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 287 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3592  RpiR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2180  RpiR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.417228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2324  RpiR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 290 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1822  RpiR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 309 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2801  RpiR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 284 aa  149  4e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4122  RpiR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 326 aa  113  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  0.256061 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1048  RpiR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 286 aa  89.4  7e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.656408  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  24.53 
 
 		 314 aa  80.9  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 294 aa  79.3  0.00000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  24.15 
 
 		 314 aa  77.4  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3443  transcriptional regulator, RpiR family  24.81 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3745  transcriptional regulator, RpiR family  24.81 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.343445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 276 aa  73.9  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  24.33 
 
 		 287 aa  71.6  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  24.82 
 
 		 285 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  23.27 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  24.55 
 
 		 285 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  25.09 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  23.99 
 
 		 279 aa  66.6  0.0000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  25.26 
 
 		 278 aa  66.6  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 274 aa  66.6  0.0000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 299 aa  66.6  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 314 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 292 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  22.55 
 
 		 288 aa  65.1  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  22.38 
 
 		 288 aa  64.3  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 292 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  24.73 
 
 		 334 aa  62  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  22.43 
 
 		 292 aa  61.6  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.207638 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  20.55 
 
 		 292 aa  59.7  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 291 aa  59.7  0.00000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  24.13 
 
 		 310 aa  58.9  0.00000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 313 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  21.92 
 
 		 277 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  20.34 
 
 		 287 aa  58.9  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1774  putative transcriptional regulator, RpiR family  25.17 
 
 		 288 aa  58.5  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.260991 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0995  RpiR family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 292 aa  57  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  21.58 
 
 		 297 aa  56.6  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  21.76 
 
 		 302 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 293 aa  56.2  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  21.38 
 
 		 287 aa  56.2  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  22.59 
 
 		 310 aa  55.5  0.0000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2981  RpiR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 282 aa  55.1  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  19.92 
 
 		 305 aa  54.7  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  22.22 
 
 		 309 aa  54.7  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0235  RpiR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 287 aa  54.3  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0836166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0245  RpiR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 287 aa  54.3  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0225  RpiR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 287 aa  53.5  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.139658 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 286 aa  53.5  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 286 aa  53.5  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3194  RpiR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 303 aa  53.1  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 286 aa  52.8  0.000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 286 aa  52.8  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  19.3 
 
 		 278 aa  52.8  0.000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 286 aa  52.8  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 286 aa  52.8  0.000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  18.72 
 
 		 280 aa  52  0.00001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  22.11 
 
 		 290 aa  52  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  22.9 
 
 		 286 aa  50.8  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  24.13 
 
 		 303 aa  50.1  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2080  transcriptional regulator, RpiR family  22.59 
 
 		 285 aa  50.4  0.00004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  22.9 
 
 		 286 aa  49.7  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  22.9 
 
 		 286 aa  49.7  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  22.9 
 
 		 286 aa  50.1  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  22.75 
 
 		 284 aa  49.7  0.00005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2057  RpiR family transcriptional regulator  21.65 
 
 		 272 aa  50.1  0.00005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  22.9 
 
 		 286 aa  49.7  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  22.9 
 
 		 286 aa  49.7  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  22.9 
 
 		 286 aa  49.7  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  21.92 
 
 		 290 aa  50.1  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 296 aa  49.7  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>