More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1111 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_1111  helix-turn-helix protein RpiR  100 
 
 		 283 aa  550  1e-156  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1001  RpiR family transcriptional regulator  91.52 
 
 		 283 aa  460  9.999999999999999e-129  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1774  putative transcriptional regulator, RpiR family  51.71 
 
 		 288 aa  231  7.000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.260991 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0574  RpiR family transcriptional regulator  50.75 
 
 		 295 aa  231  1e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000288568  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  50.71 
 
 		 323 aa  228  8e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1411  transcriptional regulator, RpiR family  45.39 
 
 		 282 aa  187  2e-46  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 291 aa  113  3e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 291 aa  113  3e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  27.64 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  25.7 
 
 		 287 aa  107  3e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 287 aa  106  4e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  22.43 
 
 		 282 aa  79.3  0.00000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  29.26 
 
 		 290 aa  77.4  0.0000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 286 aa  76.6  0.0000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 286 aa  76.3  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 288 aa  74.7  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 288 aa  73.6  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4675  RpiR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 336 aa  70.1  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0109313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 283 aa  69.7  0.00000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 296 aa  68.9  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 283 aa  68.9  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 294 aa  68.9  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 274 aa  68.9  0.00000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 280 aa  68.6  0.0000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 293 aa  67.4  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  25.67 
 
 		 278 aa  66.6  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  29.91 
 
 		 310 aa  66.6  0.0000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  25.1 
 
 		 283 aa  66.2  0.0000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 280 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 292 aa  65.9  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  32.59 
 
 		 304 aa  65.5  0.0000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 292 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 289 aa  64.7  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 292 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 292 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.207638 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  27.51 
 
 		 279 aa  64.7  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  25.91 
 
 		 290 aa  64.3  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 292 aa  64.3  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.2 
 
 		 334 aa  63.9  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0450  RpiR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 272 aa  63.9  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  25.64 
 
 		 290 aa  63.2  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  25.78 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  26.36 
 
 		 314 aa  62.4  0.000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.73 
 
 		 288 aa  62.4  0.000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 301 aa  62.4  0.000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 298 aa  62.4  0.000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  26.54 
 
 		 313 aa  61.6  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3832  RpiR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 294 aa  62  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.918154  normal  0.315184 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  22.36 
 
 		 280 aa  61.6  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 276 aa  60.8  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  30.34 
 
 		 329 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3484  RpiR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 286 aa  60.8  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 280 aa  61.2  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1414  hypothetical protein  29.59 
 
 		 286 aa  60.8  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.983802  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  30.13 
 
 		 320 aa  61.2  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 325 aa  60.8  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  29.38 
 
 		 285 aa  60.8  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 291 aa  60.5  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  29.34 
 
 		 285 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 324 aa  60.8  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 305 aa  60.5  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  28.68 
 
 		 311 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 314 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4058  RpiR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 291 aa  60.1  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369796  normal  0.143797 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  30.34 
 
 		 331 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2807  RpiR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 287 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  29.37 
 
 		 309 aa  59.7  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0075  transcriptional regulator RpiR family  25.4 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  28.31 
 
 		 314 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 285 aa  59.3  0.00000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  27.14 
 
 		 288 aa  59.3  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 307 aa  59.3  0.00000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  24.3 
 
 		 293 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 277 aa  58.9  0.00000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  29.88 
 
 		 332 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  23.9 
 
 		 375 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  27.94 
 
 		 320 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3194  RpiR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 303 aa  58.2  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  29.85 
 
 		 321 aa  58.9  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 303 aa  58.5  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  21.43 
 
 		 280 aa  58.9  0.0000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 334 aa  58.2  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  28.93 
 
 		 285 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 314 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  26.67 
 
 		 256 aa  57.8  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 318 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0421  transcriptional regulator, RpiR family  33.94 
 
 		 277 aa  57.8  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.495009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  23.9 
 
 		 303 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 284 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 293 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 319 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 293 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  21.91 
 
 		 310 aa  57.4  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 292 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 319 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>