220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0421 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_0421  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 277 aa  525  1e-148  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.495009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3331  transcriptional regulator, RpiR family  37.59 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2753  transcriptional regulator, RpiR family  45.49 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3590  RpiR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.67368  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  23.97 
 
 		 282 aa  93.2  4e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 296 aa  87  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 291 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 291 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  23.11 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  27.14 
 
 		 331 aa  79  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1774  putative transcriptional regulator, RpiR family  33.18 
 
 		 288 aa  77.4  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.260991 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  22.8 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 294 aa  72.8  0.000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  19.78 
 
 		 287 aa  71.6  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 319 aa  70.5  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  26.26 
 
 		 290 aa  70.1  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  35 
 
 		 311 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 276 aa  68.2  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  25.95 
 
 		 290 aa  68.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  33.05 
 
 		 323 aa  68.6  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  33.75 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  67  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  33.33 
 
 		 320 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  18.39 
 
 		 287 aa  66.6  0.0000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 317 aa  66.6  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 314 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 314 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 296 aa  65.5  0.0000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.63 
 
 		 299 aa  65.5  0.0000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 301 aa  64.7  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 292 aa  65.5  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 301 aa  64.3  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 290 aa  63.9  0.000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3546  RpiR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 280 aa  63.9  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  23.48 
 
 		 288 aa  63.5  0.000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 291 aa  62.4  0.000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  27.32 
 
 		 314 aa  62  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  29.68 
 
 		 320 aa  61.6  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  27.32 
 
 		 314 aa  61.6  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 319 aa  60.8  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 324 aa  60.8  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  28.78 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 312 aa  60.1  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 293 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  27.38 
 
 		 293 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  28.46 
 
 		 321 aa  59.3  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0574  RpiR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 295 aa  58.5  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000288568  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  29.79 
 
 		 287 aa  58.9  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 292 aa  58.9  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 288 aa  58.5  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1152  RpiR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 335 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  26.96 
 
 		 375 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  26.96 
 
 		 303 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 283 aa  57.8  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 278 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 337 aa  57.8  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4675  RpiR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 336 aa  57.8  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0109313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 293 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 293 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 293 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 293 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 293 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4303  transcriptional regulator, RpiR family  29.21 
 
 		 292 aa  57  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 288 aa  57.4  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 299 aa  57  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  24.14 
 
 		 310 aa  57  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 293 aa  56.6  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  29.75 
 
 		 332 aa  57  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1414  hypothetical protein  24.79 
 
 		 286 aa  57  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.983802  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3484  RpiR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 286 aa  57  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 316 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0175  RpiR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 300 aa  56.2  0.0000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 277 aa  55.8  0.0000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  26.96 
 
 		 293 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  28.57 
 
 		 304 aa  55.8  0.0000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  26.92 
 
 		 329 aa  55.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3048  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.23 
 
 		 282 aa  54.3  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal  0.0247781 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 309 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  27.47 
 
 		 313 aa  54.3  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  25.2 
 
 		 309 aa  54.3  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 310 aa  54.3  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 326 aa  53.5  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 299 aa  53.9  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 283 aa  53.9  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4058  RpiR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 291 aa  53.9  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369796  normal  0.143797 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2080  transcriptional regulator, RpiR family  32.92 
 
 		 285 aa  53.9  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  23.33 
 
 		 290 aa  53.9  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  21.6 
 
 		 310 aa  53.5  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  28.14 
 
 		 285 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  26.19 
 
 		 279 aa  53.5  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  28.14 
 
 		 285 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  27.31 
 
 		 331 aa  53.1  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4653  RpiR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 280 aa  52.8  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 284 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1111  helix-turn-helix protein RpiR  30.08 
 
 		 283 aa  52.4  0.000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  28.24 
 
 		 302 aa  52.4  0.000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1033  RpiR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 305 aa  52.4  0.000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06356  glucokinase  27.8 
 
 		 287 aa  52.4  0.000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>