More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06356 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06356  glucokinase  100 
 
 		 287 aa  587  1e-166  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0550  RpiR family transcriptional regulator  57.84 
 
 		 287 aa  348  5e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4899  RpiR family transcriptional regulator  54.36 
 
 		 287 aa  333  1e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0092  RpiR family transcriptional regulator  52.96 
 
 		 287 aa  318  7.999999999999999e-86  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4771  putative RpiR family transcriptional regulator  47.84 
 
 		 301 aa  273  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.978774  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_003296  RS03130  hypothetical protein  47.4 
 
 		 289 aa  269  5e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4306  transcriptional regulator, RpiR family  46.74 
 
 		 297 aa  266  4e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.749076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4196  transcriptional regulator, RpiR family  46.74 
 
 		 297 aa  266  4e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4021  RpiR family transcriptional regulator  45.75 
 
 		 306 aa  265  8e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766323  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0640  transcriptional regulator, RpiR family  47.59 
 
 		 296 aa  263  3e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.360416 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0365  RpiR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 297 aa  262  6e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4059  RpiR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 295 aa  260  1e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.682861  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0722  RpiR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 286 aa  250  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.23938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2388  RpiR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 297 aa  247  1e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2308  RpiR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 297 aa  247  1e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0657  RpiR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 297 aa  247  1e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.198724  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2771  RpiR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 297 aa  247  1e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0835  transcriptional regulator  47.22 
 
 		 297 aa  247  1e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2767  RpiR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 312 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0673  RpiR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 297 aa  247  1e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0177  transcriptional regulator, putative  46.88 
 
 		 297 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2129  RpiR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 312 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2741  RpiR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 312 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6069  RpiR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 312 aa  244  9e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.961945 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0558  RpiR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 313 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0545  transcriptional regulator, putative  46.18 
 
 		 297 aa  242  6e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2658  RpiR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 324 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2791  RpiR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 324 aa  239  4e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0416  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  41.96 
 
 		 286 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5116  transcriptional regulator, RpiR family  41.5 
 
 		 286 aa  228  7e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  38.99 
 
 		 288 aa  182  7e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6622  transcriptional regulator, RpiR family  36.33 
 
 		 287 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.360305  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5679  transcriptional regulator, RpiR family  35.99 
 
 		 287 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3892  RpiR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 293 aa  169  7e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134896  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.21 
 
 		 282 aa  168  8e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6249  transcriptional regulator RpiR family  32.64 
 
 		 287 aa  165  6.9999999999999995e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00357056  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.61 
 
 		 290 aa  164  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2747  RpiR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 300 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0592883  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0744  RpiR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.33357  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0695  RpiR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.674181  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.57 
 
 		 284 aa  163  3e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.57 
 
 		 284 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.73 
 
 		 286 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.17 
 
 		 284 aa  162  6e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.17 
 
 		 284 aa  162  6e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.17 
 
 		 284 aa  162  6e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.17 
 
 		 284 aa  162  6e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.81 
 
 		 284 aa  162  6e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.17 
 
 		 284 aa  162  6e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.17 
 
 		 284 aa  162  6e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.17 
 
 		 284 aa  162  6e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.17 
 
 		 284 aa  162  6e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.17 
 
 		 284 aa  162  6e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.97 
 
 		 284 aa  161  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.1 
 
 		 284 aa  161  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.33 
 
 		 284 aa  161  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.33 
 
 		 290 aa  161  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.38 
 
 		 289 aa  159  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.21 
 
 		 284 aa  159  4e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.38 
 
 		 301 aa  159  5e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.38 
 
 		 289 aa  159  5e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.38 
 
 		 301 aa  159  5e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.45 
 
 		 286 aa  159  5e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.25 
 
 		 289 aa  159  6e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.69 
 
 		 284 aa  158  8e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01243  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.81 
 
 		 283 aa  157  2e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.2954  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.68 
 
 		 289 aa  156  3e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.26 
 
 		 284 aa  156  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.53 
 
 		 289 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2069  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.71 
 
 		 284 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000131353  hitchhiker  0.000414379 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.92 
 
 		 289 aa  155  7e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.17 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.8 
 
 		 289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.26 
 
 		 284 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.73 
 
 		 289 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.73 
 
 		 289 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.73 
 
 		 289 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.73 
 
 		 289 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.81 
 
 		 290 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.81 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.81 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.81 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.73 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.81 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.81 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.45 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  33.45 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.45 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  33.45 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.81 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.45 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 288 aa  149  5e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4651  RpiR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 287 aa  149  6e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0360971  normal  0.0554389 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.09 
 
 		 289 aa  149  6e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.59 
 
 		 285 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.59 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  32.99 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 293 aa  146  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2360  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.72 
 
 		 286 aa  146  3e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190607 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.33 
 
 		 289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>