More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4864 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4864  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 
280 aa  550  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.403808 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3787  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 
280 aa  550  1e-156  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.925929  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1556  putative transcription regulation repressor HEXR transcription regulator protein  81.34 
 
 
277 aa  396  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.889642  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
642 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0825  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
642 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125163  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0625  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  42.49 
 
 
639 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0926  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  41.2 
 
 
642 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.789642  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0486  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  41.2 
 
 
642 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2433  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  42.25 
 
 
642 aa  216  4e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399098  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0965  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  41.2 
 
 
642 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899614  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4068  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  41.2 
 
 
642 aa  216  5e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0150237  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1550  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  41.45 
 
 
641 aa  214  9e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0778  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
620 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2612  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
620 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.85018  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2132  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
641 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3090  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
641 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2002  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
620 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3055  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
641 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.570164  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1025  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  42.12 
 
 
638 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.745776  normal  0.175715 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3001  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
641 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3454  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  42.12 
 
 
638 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454105  normal  0.179776 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  42.64 
 
 
281 aa  185  9e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
318 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  42.02 
 
 
282 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  42.02 
 
 
282 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  42.02 
 
 
282 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  42.64 
 
 
281 aa  176  5e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  39.53 
 
 
288 aa  175  7e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  41.6 
 
 
273 aa  175  9e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  41.63 
 
 
282 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
334 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
278 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  40 
 
 
281 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  40.08 
 
 
338 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  41.25 
 
 
282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  41.25 
 
 
282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  38.4 
 
 
288 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  38.76 
 
 
288 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  39.02 
 
 
293 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  43.35 
 
 
284 aa  171  9e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
332 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  38.02 
 
 
288 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  38.02 
 
 
288 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
332 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  41.57 
 
 
339 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  41.57 
 
 
332 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  39.02 
 
 
293 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
332 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  38.85 
 
 
289 aa  171  1e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  38.02 
 
 
288 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  38.02 
 
 
288 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  41.57 
 
 
332 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
339 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  41.25 
 
 
282 aa  170  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  43.35 
 
 
281 aa  171  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  42.91 
 
 
282 aa  167  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  37.64 
 
 
288 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  37.98 
 
 
288 aa  166  5e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
281 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0941  RpiR family transcriptional regulator  42.26 
 
 
281 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0472093  normal  0.387072 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  41.89 
 
 
281 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5676  RpiR family transcriptional regulator  41.07 
 
 
323 aa  161  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.321786 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.6 
 
 
286 aa  160  3e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.53 
 
 
290 aa  155  6e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  35.85 
 
 
285 aa  153  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.64 
 
 
289 aa  152  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.64 
 
 
289 aa  152  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.64 
 
 
289 aa  152  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.64 
 
 
289 aa  152  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.64 
 
 
289 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3330  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  41.54 
 
 
616 aa  152  8e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.64 
 
 
289 aa  151  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  36.64 
 
 
289 aa  151  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  36.64 
 
 
289 aa  151  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.64 
 
 
289 aa  151  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.64 
 
 
289 aa  151  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.64 
 
 
289 aa  151  1e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.64 
 
 
289 aa  151  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.64 
 
 
289 aa  151  1e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4054  RpiR family transcriptional regulator  38.31 
 
 
287 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.544392  normal  0.902505 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.64 
 
 
289 aa  150  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7211  transcriptional regulator, RpiR family  36.5 
 
 
287 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84474  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0423  RpiR family transcriptional regulator  36.88 
 
 
287 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.23 
 
 
282 aa  148  9e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.5 
 
 
289 aa  148  9e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.22 
 
 
289 aa  147  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.59 
 
 
308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.87 
 
 
289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.11 
 
 
289 aa  146  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4653  RpiR family transcriptional regulator  40.17 
 
 
280 aa  146  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562293  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.52 
 
 
289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.52 
 
 
301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.52 
 
 
301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  38.58 
 
 
288 aa  145  6e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.97 
 
 
285 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.11 
 
 
289 aa  145  7.0000000000000006e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.63 
 
 
284 aa  144  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.59 
 
 
285 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.33 
 
 
284 aa  143  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>