More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GYMC61_2234 on replicon NC_013411
Organism: Geobacillus sp. Y412MC61



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013411  GYMC61_2234  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 244 aa  504  9.999999999999999e-143  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3071  transcriptional regulator, RpiR family  29.49 
 
 		 261 aa  121  9.999999999999999e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 280 aa  105  5e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0300  RpiR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 266 aa  105  8e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0307  hypothetical protein  27.46 
 
 		 266 aa  105  8e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  27.42 
 
 		 281 aa  98.6  7e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3311  transcriptional regulator, RpiR family  29.75 
 
 		 255 aa  96.7  3e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1910  phosphosugar-binding transcriptional regulator  30.21 
 
 		 253 aa  95.1  9e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  26.78 
 
 		 274 aa  94.7  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1686  transcriptional regulator  27.89 
 
 		 272 aa  94  2e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0801516  hitchhiker  0.000000000302216 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  23.79 
 
 		 272 aa  93.6  3e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4164  RpiR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 282 aa  92.4  5e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.045816  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  25.37 
 
 		 320 aa  92  8e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  26.69 
 
 		 320 aa  91.3  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.15 
 
 		 279 aa  90.9  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3618  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.15 
 
 		 279 aa  90.9  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.15 
 
 		 279 aa  90.9  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 285 aa  90.1  3e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  29.07 
 
 		 280 aa  89.7  4e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  28.7 
 
 		 279 aa  89.4  5e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  29.15 
 
 		 287 aa  88.6  8e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  25.76 
 
 		 279 aa  88.6  9e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  26.02 
 
 		 291 aa  88.2  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2349  RpiR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 254 aa  88.2  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2392  sugar isomerase (SIS)  26.81 
 
 		 254 aa  88.2  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  27.31 
 
 		 278 aa  87.4  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  30.19 
 
 		 284 aa  85.5  7e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  28.63 
 
 		 333 aa  85.1  8e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.87 
 
 		 282 aa  85.1  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2604  RpiR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 242 aa  84.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 282 aa  83.2  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  29.72 
 
 		 284 aa  83.2  0.000000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 284 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  27.27 
 
 		 284 aa  82.8  0.000000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 320 aa  82.8  0.000000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  29.63 
 
 		 286 aa  82.4  0.000000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 284 aa  82.4  0.000000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0456  transcriptional regulator, RpiR family  26.21 
 
 		 249 aa  82.4  0.000000000000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000284572  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2247  transcriptional regulator  27.35 
 
 		 250 aa  82.4  0.000000000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  27.92 
 
 		 304 aa  82  0.000000000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  23.21 
 
 		 282 aa  82  0.000000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3937  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  28.39 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3902  transcriptional regulator, RpiR family  28.39 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2499  RpiR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 244 aa  81.6  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4555  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  28.39 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03961  DNA-binding transcriptional repressor  28.39 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03921  hypothetical protein  28.39 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  25.31 
 
 		 292 aa  79.3  0.00000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  25.59 
 
 		 273 aa  79  0.00000000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 284 aa  79  0.00000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  28.51 
 
 		 282 aa  79  0.00000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3319  RpiR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 243 aa  78.6  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02455  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.47 
 
 		 282 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1107  transcriptional regulator, RpiR family  26.47 
 
 		 282 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.379447  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.47 
 
 		 282 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 278 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  25.89 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1116  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.47 
 
 		 282 aa  77.8  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2846  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.47 
 
 		 282 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.632746  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0225  transcriptional regulator  23.65 
 
 		 242 aa  78.2  0.0000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3796  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.47 
 
 		 282 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.796505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 304 aa  77.8  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02419  hypothetical protein  26.47 
 
 		 282 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2926  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.47 
 
 		 282 aa  78.2  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.47 
 
 		 282 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3022  transcriptional regulator, RpiR family  30.81 
 
 		 262 aa  77.4  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  27.51 
 
 		 282 aa  77.4  0.0000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  28.95 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  23.14 
 
 		 283 aa  76.3  0.0000000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 279 aa  76.3  0.0000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 279 aa  75.9  0.0000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3662  transcriptional regulator, RpiR family  24.4 
 
 		 251 aa  75.5  0.0000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.078396  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.13 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3841  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.412935  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.09 
 
 		 282 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.22 
 
 		 282 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.22 
 
 		 282 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.22 
 
 		 282 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.22 
 
 		 282 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3018  RpiR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 256 aa  73.9  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  27.68 
 
 		 322 aa  73.6  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  25.33 
 
 		 315 aa  72.8  0.000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  25.7 
 
 		 293 aa  72.8  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 273 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 293 aa  72.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 293 aa  72.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 293 aa  72.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3998  transcriptional regulator, RpiR family  24 
 
 		 312 aa  72.4  0.000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.57 
 
 		 285 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  25.11 
 
 		 304 aa  72  0.000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29100  transcriptional regulator  25.3 
 
 		 290 aa  71.6  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  25.33 
 
 		 327 aa  71.6  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1556  putative transcription regulation repressor HEXR transcription regulator protein  25.75 
 
 		 277 aa  71.2  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.889642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.57 
 
 		 285 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 318 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>