More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_2604 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008262  CPR_2604  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 242 aa  491  9.999999999999999e-139  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2807  RpiR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 246 aa  244  9e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1477  RpiR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 246 aa  244  9e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.26952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2730  RpiR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 246 aa  244  9e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.69775  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2499  RpiR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 244 aa  241  5e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3319  RpiR family transcriptional regulator  47.68 
 
 		 243 aa  240  1e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3311  transcriptional regulator, RpiR family  45.38 
 
 		 255 aa  229  4e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0876  transcriptional regulator  37.13 
 
 		 251 aa  152  5.9999999999999996e-36  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0549202  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0464  transcriptional regulator  33.89 
 
 		 248 aa  145  5e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.142049  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0467  transcriptional regulator  34.32 
 
 		 242 aa  138  7e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00031412  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0225  transcriptional regulator  29.31 
 
 		 242 aa  116  3.9999999999999997e-25  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 266 aa  91.7  1e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 266 aa  87.4  2e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1556  putative transcription regulation repressor HEXR transcription regulator protein  26.43 
 
 		 277 aa  85.5  7e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.889642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 284 aa  85.5  8e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2234  transcriptional regulator, RpiR family  24.58 
 
 		 244 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 279 aa  82.4  0.000000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 279 aa  82.4  0.000000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  26.52 
 
 		 272 aa  79.7  0.00000000000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1686  transcriptional regulator  27.19 
 
 		 272 aa  77.8  0.0000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0801516  hitchhiker  0.000000000302216 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  26.42 
 
 		 280 aa  77.8  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  22.62 
 
 		 274 aa  77.4  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4864  transcriptional regulator, RpiR family  26.48 
 
 		 280 aa  77  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403808 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3787  transcriptional regulator, RpiR family  26.48 
 
 		 280 aa  77  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.925929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  27.5 
 
 		 282 aa  75.9  0.0000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 284 aa  75.5  0.0000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  27.35 
 
 		 273 aa  75.1  0.0000000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 282 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 282 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 282 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 282 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 282 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 282 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2247  transcriptional regulator  26.69 
 
 		 250 aa  73.9  0.000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 281 aa  73.6  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.17 
 
 		 289 aa  73.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 289 aa  73.6  0.000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.17 
 
 		 289 aa  73.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.17 
 
 		 289 aa  73.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.17 
 
 		 289 aa  73.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 284 aa  73.6  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3018  RpiR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 256 aa  72.8  0.000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0456  transcriptional regulator, RpiR family  30.19 
 
 		 249 aa  72.8  0.000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000284572  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 284 aa  72.8  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.44 
 
 		 287 aa  72.4  0.000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 334 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 332 aa  72  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 332 aa  72  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 339 aa  72  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 339 aa  72  0.000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 296 aa  72  0.000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 332 aa  72  0.000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 332 aa  72  0.000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 332 aa  72  0.000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 		 284 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.79 
 
 		 282 aa  71.6  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 318 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.75 
 
 		 289 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  23.47 
 
 		 279 aa  71.2  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  25.73 
 
 		 292 aa  71.6  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 282 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 		 284 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 280 aa  70.9  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 284 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.04 
 
 		 288 aa  70.5  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  23.97 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 278 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 282 aa  70.1  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 338 aa  70.5  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0550  RpiR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 287 aa  70.1  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  21.71 
 
 		 281 aa  69.7  0.00000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0178  RpiR family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0183  helix-turn-helix protein RpiR  22.75 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.98 
 
 		 284 aa  69.7  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.98 
 
 		 284 aa  69.7  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.75 
 
 		 289 aa  69.3  0.00000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3071  transcriptional regulator, RpiR family  27.23 
 
 		 261 aa  69.3  0.00000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0070  RpiR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 269 aa  69.3  0.00000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  29.05 
 
 		 283 aa  69.3  0.00000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  24.1 
 
 		 278 aa  69.3  0.00000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  21.71 
 
 		 281 aa  69.3  0.00000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 292 aa  69.3  0.00000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 273 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 283 aa  68.9  0.00000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  22.48 
 
 		 281 aa  68.9  0.00000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 281 aa  68.9  0.00000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 287 aa  68.6  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  23.63 
 
 		 288 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  26.48 
 
 		 281 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.24 
 
 		 308 aa  68.6  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 287 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 287 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  22.88 
 
 		 288 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 287 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 287 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.6 
 
 		 287 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>