More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_2730 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A1477  RpiR family transcriptional regulator  99.59 
 
 		 246 aa  501  1e-141  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.26952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2807  RpiR family transcriptional regulator  99.59 
 
 		 246 aa  501  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2730  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 246 aa  503  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.69775  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2499  RpiR family transcriptional regulator  71.31 
 
 		 244 aa  384  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3319  RpiR family transcriptional regulator  63.18 
 
 		 243 aa  341  7e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2604  RpiR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 242 aa  244  9e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3311  transcriptional regulator, RpiR family  39.02 
 
 		 255 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0464  transcriptional regulator  36.78 
 
 		 248 aa  163  3e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.142049  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0876  transcriptional regulator  33.47 
 
 		 251 aa  144  2e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0549202  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0225  transcriptional regulator  32.1 
 
 		 242 aa  130  1.0000000000000001e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0467  transcriptional regulator  31.7 
 
 		 242 aa  112  6e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00031412  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 338 aa  84.7  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 284 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  29.54 
 
 		 282 aa  83.2  0.000000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 266 aa  78.6  0.00000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 318 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  25.12 
 
 		 279 aa  77  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  25.3 
 
 		 272 aa  77.8  0.0000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  27.12 
 
 		 278 aa  77.8  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0456  transcriptional regulator, RpiR family  28.39 
 
 		 249 aa  76.3  0.0000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000284572  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  23.31 
 
 		 274 aa  75.5  0.0000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  25.94 
 
 		 280 aa  75.1  0.0000000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 266 aa  75.1  0.0000000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 279 aa  73.9  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 279 aa  73.6  0.000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1686  transcriptional regulator  23.95 
 
 		 272 aa  73.2  0.000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0801516  hitchhiker  0.000000000302216 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  26.98 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 288 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4108  transcriptional regulator, RpiR family  28.05 
 
 		 243 aa  70.9  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 282 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 282 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 282 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 282 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2747  RpiR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0592883  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2753  transcriptional regulator, RpiR family  25.33 
 
 		 304 aa  69.7  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1556  putative transcription regulation repressor HEXR transcription regulator protein  23.79 
 
 		 277 aa  69.3  0.00000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.889642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  25.11 
 
 		 283 aa  69.7  0.00000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3071  transcriptional regulator, RpiR family  27.13 
 
 		 261 aa  68.9  0.00000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  26.27 
 
 		 273 aa  68.9  0.00000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  25.58 
 
 		 288 aa  68.6  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  24.69 
 
 		 287 aa  68.9  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0800  sugar phosphate isomerase  36.91 
 
 		 320 aa  67.8  0.0000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 288 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2234  transcriptional regulator, RpiR family  22.17 
 
 		 244 aa  67.4  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 332 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  24.65 
 
 		 288 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 332 aa  67  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3787  transcriptional regulator, RpiR family  24.88 
 
 		 280 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.925929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 339 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 334 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 288 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4864  transcriptional regulator, RpiR family  24.88 
 
 		 280 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403808 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 273 aa  67  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 332 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 332 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 339 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 288 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 288 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  25.84 
 
 		 281 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 282 aa  67  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 288 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 332 aa  67  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3841  transcriptional regulator, RpiR family  27.96 
 
 		 283 aa  67  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.412935  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 282 aa  67  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 282 aa  67  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 304 aa  66.6  0.0000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29100  transcriptional regulator  20.4 
 
 		 290 aa  65.9  0.0000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  24.19 
 
 		 288 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.26 
 
 		 282 aa  66.2  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0178  RpiR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0183  helix-turn-helix protein RpiR  25.68 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0147  transcriptional regulator  25 
 
 		 263 aa  64.7  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000905215 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3018  RpiR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 256 aa  64.3  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576007  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  23.24 
 
 		 285 aa  63.9  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0550  transcriptional regulator  26.54 
 
 		 284 aa  64.3  0.000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00967802  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3022  transcriptional regulator, RpiR family  28.37 
 
 		 262 aa  63.9  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  24.88 
 
 		 282 aa  63.9  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2619  RpiR family transcriptional regulator  21.74 
 
 		 286 aa  63.2  0.000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 281 aa  62.8  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 299 aa  62.8  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  21.83 
 
 		 282 aa  62.8  0.000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0300  RpiR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 266 aa  62  0.000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0307  hypothetical protein  25.52 
 
 		 266 aa  62  0.000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0151  transcriptional regulator, RpiR family  27.88 
 
 		 243 aa  62  0.000000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  21.97 
 
 		 281 aa  61.6  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 296 aa  61.2  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  23.74 
 
 		 298 aa  61.6  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  25.19 
 
 		 287 aa  60.8  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 287 aa  61.2  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 287 aa  60.8  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0629  KpsF/GutQ family protein  30 
 
 		 328 aa  61.2  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 287 aa  61.2  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  25.12 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  25.19 
 
 		 287 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  22.69 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0591  KpsF/GutQ family protein  36 
 
 		 329 aa  60.1  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000664449  hitchhiker  0.000000000000829793 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0912  RpiR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 287 aa  60.5  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  25 
 
 		 283 aa  60.5  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>