More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_2499 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_2499  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 244 aa  506  9.999999999999999e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1477  RpiR family transcriptional regulator  72.08 
 
 		 246 aa  384  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.26952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2807  RpiR family transcriptional regulator  72.08 
 
 		 246 aa  384  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2730  RpiR family transcriptional regulator  71.31 
 
 		 246 aa  384  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.69775  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3319  RpiR family transcriptional regulator  69.75 
 
 		 243 aa  365  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2604  RpiR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 242 aa  241  6e-63  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3311  transcriptional regulator, RpiR family  41.77 
 
 		 255 aa  193  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0464  transcriptional regulator  35 
 
 		 248 aa  160  2e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.142049  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0876  transcriptional regulator  35.42 
 
 		 251 aa  143  3e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0549202  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0225  transcriptional regulator  34.15 
 
 		 242 aa  137  2e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0467  transcriptional regulator  30.51 
 
 		 242 aa  108  6e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00031412  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  27.43 
 
 		 282 aa  89  6e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2234  transcriptional regulator, RpiR family  27.59 
 
 		 244 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  25.53 
 
 		 272 aa  79  0.00000000000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  26.82 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 282 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 282 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 282 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  26.79 
 
 		 279 aa  76.3  0.0000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  25.94 
 
 		 285 aa  76.3  0.0000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  28.77 
 
 		 278 aa  76.3  0.0000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 266 aa  75.9  0.0000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 338 aa  75.9  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 282 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1686  transcriptional regulator  27.13 
 
 		 272 aa  75.9  0.0000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0801516  hitchhiker  0.000000000302216 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 282 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  28.05 
 
 		 288 aa  75.9  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 282 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 282 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 318 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 284 aa  73.9  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1556  putative transcription regulation repressor HEXR transcription regulator protein  26.79 
 
 		 277 aa  73.6  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.889642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 334 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0456  transcriptional regulator, RpiR family  26.18 
 
 		 249 aa  73.2  0.000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000284572  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2619  RpiR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 286 aa  73.2  0.000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 332 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 332 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 332 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 332 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 339 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 339 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 332 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  25.82 
 
 		 273 aa  72.8  0.000000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 288 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 288 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 288 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  28.18 
 
 		 281 aa  72  0.000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3787  transcriptional regulator, RpiR family  26.76 
 
 		 280 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.925929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4864  transcriptional regulator, RpiR family  26.76 
 
 		 280 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403808 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 273 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 288 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 266 aa  71.2  0.00000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 288 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  25.11 
 
 		 288 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  23.21 
 
 		 274 aa  70.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  27.17 
 
 		 284 aa  69.3  0.00000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 287 aa  68.9  0.00000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 288 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  24.37 
 
 		 287 aa  68.9  0.00000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3841  transcriptional regulator, RpiR family  24.79 
 
 		 283 aa  68.2  0.0000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.412935  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  24.66 
 
 		 288 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  25.36 
 
 		 280 aa  67  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0550  transcriptional regulator  25.5 
 
 		 284 aa  67.8  0.0000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00967802  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4108  transcriptional regulator, RpiR family  26.64 
 
 		 243 aa  67  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2753  transcriptional regulator, RpiR family  28 
 
 		 304 aa  66.6  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  25.98 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 287 aa  65.9  0.0000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 287 aa  65.9  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 287 aa  66.2  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  23.95 
 
 		 287 aa  65.9  0.0000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3022  transcriptional regulator, RpiR family  26.39 
 
 		 262 aa  65.9  0.0000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 278 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2747  RpiR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 300 aa  65.5  0.0000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0592883  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0912  RpiR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 287 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0717  RpiR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 287 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 279 aa  64.7  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 296 aa  63.9  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 279 aa  64.3  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  25.12 
 
 		 299 aa  64.3  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2247  transcriptional regulator  29.25 
 
 		 250 aa  64.3  0.000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4460  putative transcriptional regulator, RpiR family  23.95 
 
 		 287 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.857974 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  23.95 
 
 		 287 aa  62.8  0.000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  24.69 
 
 		 283 aa  62  0.000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  23.38 
 
 		 290 aa  61.2  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29100  transcriptional regulator  21.22 
 
 		 290 aa  61.6  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 304 aa  61.6  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  25.23 
 
 		 286 aa  61.6  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  24.69 
 
 		 287 aa  61.6  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 320 aa  60.8  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.75 
 
 		 282 aa  60.5  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3330  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 616 aa  60.8  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  27.4 
 
 		 333 aa  60.8  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  24.53 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 293 aa  60.5  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 282 aa  59.7  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  25.23 
 
 		 320 aa  59.3  0.00000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 281 aa  58.9  0.00000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 284 aa  58.5  0.00000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>