177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apre_0456 on replicon NC_013171
Organism: Anaerococcus prevotii DSM 20548



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013171  Apre_0456  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 
249 aa  489  1e-137  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000284572  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1910  phosphosugar-binding transcriptional regulator  28.98 
 
 
253 aa  106  3e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2349  RpiR family transcriptional regulator  28.16 
 
 
254 aa  102  4e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2392  sugar isomerase (SIS)  28.16 
 
 
254 aa  102  4e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3662  transcriptional regulator, RpiR family  32.56 
 
 
251 aa  102  8e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.078396  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  27.42 
 
 
283 aa  85.5  8e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3071  transcriptional regulator, RpiR family  31.53 
 
 
261 aa  84.7  0.000000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0876  transcriptional regulator  27.85 
 
 
251 aa  82.4  0.000000000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0549202  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2234  transcriptional regulator, RpiR family  26.21 
 
 
244 aa  82.4  0.000000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2807  RpiR family transcriptional regulator  28.39 
 
 
246 aa  76.3  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2730  RpiR family transcriptional regulator  28.39 
 
 
246 aa  76.3  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.69775  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1477  RpiR family transcriptional regulator  28.39 
 
 
246 aa  76.3  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.26952  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3319  RpiR family transcriptional regulator  26.61 
 
 
243 aa  75.5  0.0000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2499  RpiR family transcriptional regulator  26.18 
 
 
244 aa  73.2  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2604  RpiR family transcriptional regulator  30.19 
 
 
242 aa  72.8  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  26.69 
 
 
273 aa  72.8  0.000000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  24.69 
 
 
285 aa  69.3  0.00000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  25.52 
 
 
285 aa  69.3  0.00000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.102619 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  24.69 
 
 
285 aa  68.6  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  24.27 
 
 
285 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  24.69 
 
 
285 aa  67  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  24.69 
 
 
285 aa  67  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  23.95 
 
 
285 aa  67  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0464  transcriptional regulator  26.01 
 
 
248 aa  65.9  0.0000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.142049  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.56 
 
 
282 aa  65.9  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  24.9 
 
 
282 aa  65.9  0.0000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.56 
 
 
282 aa  65.9  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.56 
 
 
282 aa  65.9  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.56 
 
 
282 aa  65.9  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  24.58 
 
 
282 aa  65.9  0.0000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  24.27 
 
 
285 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  24.27 
 
 
285 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.11 
 
 
282 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4108  transcriptional regulator, RpiR family  29.81 
 
 
243 aa  63.5  0.000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.61 
 
 
279 aa  62.4  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3618  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.61 
 
 
279 aa  62.4  0.000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.61 
 
 
279 aa  62.4  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  24.7 
 
 
272 aa  62  0.000000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.13 
 
 
282 aa  62  0.000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3311  transcriptional regulator, RpiR family  25.36 
 
 
255 aa  60.1  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0550  transcriptional regulator  25.1 
 
 
284 aa  60.1  0.00000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00967802  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 
280 aa  60.1  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
279 aa  59.7  0.00000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  25.46 
 
 
280 aa  59.3  0.00000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  24.15 
 
 
283 aa  58.9  0.00000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
279 aa  58.5  0.00000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0467  transcriptional regulator  27.91 
 
 
242 aa  58.2  0.0000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00031412  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29100  transcriptional regulator  19.75 
 
 
290 aa  57.8  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  23.81 
 
 
299 aa  57  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1541  transcriptional regulator  27.27 
 
 
279 aa  57  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  24.17 
 
 
282 aa  56.6  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  23.18 
 
 
306 aa  55.8  0.0000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  26.09 
 
 
282 aa  55.8  0.0000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.06 
 
 
289 aa  55.5  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0558  RpiR family transcriptional regulator  21.37 
 
 
313 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3841  transcriptional regulator, RpiR family  26.87 
 
 
283 aa  55.1  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.412935  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0178  RpiR family transcriptional regulator  23.44 
 
 
291 aa  54.7  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0183  helix-turn-helix protein RpiR  23.44 
 
 
291 aa  54.7  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1962  transcriptional regulator, RpiR family  24.69 
 
 
248 aa  53.5  0.000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.841388  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2791  RpiR family transcriptional regulator  20.87 
 
 
324 aa  53.5  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2247  transcriptional regulator  22.46 
 
 
250 aa  53.9  0.000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1678  transcriptional regulator  28.22 
 
 
227 aa  53.5  0.000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00566045  normal  0.0111544 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  22.35 
 
 
288 aa  53.1  0.000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  25.7 
 
 
282 aa  53.1  0.000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1116  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.98 
 
 
282 aa  52.4  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0894  transcriptional regulator  30.56 
 
 
289 aa  52.4  0.000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0225  transcriptional regulator  26.34 
 
 
242 aa  52.4  0.000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02455  predicted DNA-binding transcriptional regulator  22.98 
 
 
282 aa  52  0.000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1107  transcriptional regulator, RpiR family  22.98 
 
 
282 aa  52  0.000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.379447  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0031  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator , putative  24.7 
 
 
265 aa  52  0.000009  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.89127  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2926  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.98 
 
 
282 aa  52  0.000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02419  hypothetical protein  22.98 
 
 
282 aa  52  0.000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.98 
 
 
282 aa  52  0.000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3796  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.98 
 
 
282 aa  52  0.000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.796505  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.98 
 
 
282 aa  52  0.000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2846  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.98 
 
 
282 aa  52  0.000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.632746  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03961  DNA-binding transcriptional repressor  23.14 
 
 
296 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3902  transcriptional regulator, RpiR family  23.14 
 
 
296 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4555  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  23.14 
 
 
296 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3937  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  23.14 
 
 
296 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03921  hypothetical protein  23.14 
 
 
296 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3018  RpiR family transcriptional regulator  21.62 
 
 
256 aa  51.2  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576007  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.41 
 
 
285 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2674  transcriptional regulator, RpiR family  23.4 
 
 
293 aa  51.2  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0539121 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  20.98 
 
 
290 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  21.57 
 
 
290 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  24.89 
 
 
320 aa  51.2  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2658  RpiR family transcriptional regulator  20.43 
 
 
324 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  21.57 
 
 
290 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  21.57 
 
 
290 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  21.81 
 
 
289 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.9 
 
 
285 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0147  transcriptional regulator  22.55 
 
 
263 aa  50.1  0.00003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000905215 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  27.6 
 
 
284 aa  49.7  0.00004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  21.2 
 
 
338 aa  49.7  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7211  transcriptional regulator, RpiR family  21.43 
 
 
287 aa  49.7  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84474  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3048  putative DNA-binding transcriptional regulator  21.62 
 
 
282 aa  50.1  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal  0.0247781 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  23.91 
 
 
284 aa  49.7  0.00005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2428  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  24 
 
 
272 aa  49.7  0.00005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.451037  normal  0.0398697 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0423  RpiR family transcriptional regulator  21.43 
 
 
287 aa  49.3  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>