More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_1541 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008530  LGAS_1541  transcriptional regulator  100 
 
 
279 aa  564  1e-160  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  29.84 
 
 
315 aa  123  3e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  29.1 
 
 
322 aa  119  4.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  27.59 
 
 
333 aa  118  9.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  31.05 
 
 
281 aa  116  3e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  28.41 
 
 
304 aa  113  3e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  25.3 
 
 
304 aa  110  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  27.65 
 
 
327 aa  109  6e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
281 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  26.69 
 
 
284 aa  107  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
281 aa  107  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
289 aa  106  4e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  28.93 
 
 
292 aa  105  8e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  26.69 
 
 
293 aa  105  8e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  24.9 
 
 
320 aa  105  8e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  28.78 
 
 
282 aa  104  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  26.69 
 
 
284 aa  104  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  28.93 
 
 
292 aa  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  28.93 
 
 
292 aa  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  27.05 
 
 
284 aa  105  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  24.9 
 
 
299 aa  104  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  26.69 
 
 
284 aa  103  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  28.35 
 
 
296 aa  104  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  27.27 
 
 
281 aa  102  6e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  28 
 
 
281 aa  102  7e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  25.98 
 
 
284 aa  101  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  27.82 
 
 
285 aa  101  1e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.94 
 
 
308 aa  101  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  26.91 
 
 
281 aa  101  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.39 
 
 
289 aa  100  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  28.27 
 
 
280 aa  100  3e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5676  RpiR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
323 aa  99.8  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.321786 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.57 
 
 
289 aa  99.4  5e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.28 
 
 
289 aa  99  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  29.73 
 
 
284 aa  99.4  7e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.28 
 
 
289 aa  99  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.28 
 
 
289 aa  99  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.28 
 
 
289 aa  99  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.28 
 
 
289 aa  99  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.02 
 
 
288 aa  98.2  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.02 
 
 
289 aa  97.8  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  28.78 
 
 
274 aa  96.3  5e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.88 
 
 
289 aa  95.9  6e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.31 
 
 
301 aa  95.9  7e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.31 
 
 
289 aa  95.9  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.31 
 
 
301 aa  95.9  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0941  RpiR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
281 aa  95.5  8e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0472093  normal  0.387072 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  27.65 
 
 
292 aa  95.1  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.28 
 
 
289 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  28.73 
 
 
286 aa  94.4  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.28 
 
 
289 aa  94  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  28.47 
 
 
280 aa  93.6  3e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  28.47 
 
 
280 aa  93.6  3e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.24 
 
 
284 aa  93.6  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.28 
 
 
289 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.28 
 
 
289 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.2 
 
 
290 aa  92.8  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2360  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.65 
 
 
286 aa  93.2  5e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190607 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  24.91 
 
 
289 aa  92.8  6e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.91 
 
 
289 aa  92.8  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  24.91 
 
 
289 aa  92.8  6e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.91 
 
 
289 aa  92.8  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  24.91 
 
 
289 aa  92.8  6e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.59 
 
 
290 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  28.02 
 
 
272 aa  91.7  1e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  26.44 
 
 
299 aa  91.7  1e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.59 
 
 
290 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.59 
 
 
290 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.59 
 
 
290 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.47 
 
 
286 aa  91.3  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.65 
 
 
284 aa  91.3  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  25.82 
 
 
293 aa  90.9  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  29.28 
 
 
273 aa  90.9  2e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  25.82 
 
 
293 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  25.82 
 
 
293 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  25.82 
 
 
293 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2433  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
642 aa  89.7  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399098  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.96 
 
 
284 aa  90.1  4e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0825  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
642 aa  89.7  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125163  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
642 aa  89.7  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  26.94 
 
 
289 aa  89.7  5e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0926  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
642 aa  89.4  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.789642  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1025  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  26.99 
 
 
638 aa  89.4  6e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.745776  normal  0.175715 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0486  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
642 aa  89.4  6e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  22.56 
 
 
298 aa  89.4  6e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0965  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
642 aa  89.4  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899614  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4068  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
642 aa  89  7e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0150237  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
282 aa  89.4  7e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  27.4 
 
 
338 aa  89.4  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3454  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  26.99 
 
 
638 aa  89  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454105  normal  0.179776 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.11 
 
 
284 aa  88.6  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0778  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
620 aa  88.6  9e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2612  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
620 aa  88.6  9e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.85018  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2002  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
620 aa  88.6  9e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.11 
 
 
284 aa  88.6  9e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2132  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
641 aa  88.6  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.59 
 
 
288 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.88 
 
 
288 aa  88.6  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0625  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  26.99 
 
 
639 aa  88.2  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.11 
 
 
284 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>