More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_0876 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008527  LACR_0876  transcriptional regulator  100 
 
 		 251 aa  510  1e-144  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0549202  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0464  transcriptional regulator  44.63 
 
 		 248 aa  243  3e-63  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.142049  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2604  RpiR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 242 aa  152  7e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3319  RpiR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 243 aa  146  3e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2807  RpiR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 246 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1477  RpiR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 246 aa  144  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.26952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2730  RpiR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 246 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.69775  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2499  RpiR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 244 aa  143  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0225  transcriptional regulator  34.04 
 
 		 242 aa  136  4e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3311  transcriptional regulator, RpiR family  35.51 
 
 		 255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0467  transcriptional regulator  30.49 
 
 		 242 aa  110  2.0000000000000002e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00031412  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  28.23 
 
 		 282 aa  82.4  0.000000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0456  transcriptional regulator, RpiR family  27.85 
 
 		 249 aa  82.4  0.000000000000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000284572  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  30.41 
 
 		 280 aa  82  0.000000000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  29.07 
 
 		 320 aa  81.3  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 266 aa  76.6  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 266 aa  75.9  0.0000000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 293 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2349  RpiR family transcriptional regulator  27 
 
 		 254 aa  73.2  0.000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2392  sugar isomerase (SIS)  27 
 
 		 254 aa  73.2  0.000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  25.5 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3022  transcriptional regulator, RpiR family  26.15 
 
 		 262 aa  72.8  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  25.4 
 
 		 281 aa  72.8  0.000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 288 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 284 aa  72.4  0.000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 288 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  28.98 
 
 		 273 aa  72  0.000000000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  25.38 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 281 aa  70.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 279 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 279 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  26.14 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 288 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 288 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 284 aa  69.3  0.00000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 288 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 288 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 270 aa  68.2  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3071  transcriptional regulator, RpiR family  24.58 
 
 		 261 aa  68.6  0.0000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 284 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  27.85 
 
 		 284 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  27.85 
 
 		 284 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  28.06 
 
 		 287 aa  68.6  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 318 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 281 aa  67.4  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2234  transcriptional regulator, RpiR family  25.23 
 
 		 244 aa  67.8  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3018  RpiR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 256 aa  67.4  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5676  RpiR family transcriptional regulator  23.17 
 
 		 323 aa  66.2  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.321786 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  26.79 
 
 		 288 aa  66.6  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 284 aa  66.2  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 281 aa  65.9  0.0000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1686  transcriptional regulator  25.83 
 
 		 272 aa  66.2  0.0000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0801516  hitchhiker  0.000000000302216 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1556  putative transcription regulation repressor HEXR transcription regulator protein  26.84 
 
 		 277 aa  65.5  0.0000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.889642  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  24.08 
 
 		 288 aa  65.5  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  29.32 
 
 		 283 aa  65.5  0.0000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1541  transcriptional regulator  25.75 
 
 		 279 aa  65.1  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  24.15 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  27.52 
 
 		 281 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 283 aa  64.3  0.000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0151  transcriptional regulator, RpiR family  30.17 
 
 		 243 aa  64.3  0.000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 282 aa  63.9  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 273 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  24.08 
 
 		 288 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 281 aa  63.5  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  25.1 
 
 		 299 aa  63.9  0.000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  23.28 
 
 		 281 aa  63.5  0.000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3841  transcriptional regulator, RpiR family  27.31 
 
 		 283 aa  62.8  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.412935  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 334 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2247  transcriptional regulator  30.09 
 
 		 250 aa  62.4  0.000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 289 aa  62  0.000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 339 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 332 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 339 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 332 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  24.79 
 
 		 272 aa  61.6  0.00000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 332 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 332 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 332 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  25.77 
 
 		 284 aa  61.2  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4108  transcriptional regulator, RpiR family  26.6 
 
 		 243 aa  60.8  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3330  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 616 aa  60.5  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02455  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.65 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1107  transcriptional regulator, RpiR family  28.65 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.379447  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2926  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.65 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.65 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.65 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.59 
 
 		 289 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02419  hypothetical protein  28.65 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3796  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.65 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.796505  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1910  phosphosugar-binding transcriptional regulator  24.76 
 
 		 253 aa  59.7  0.00000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2846  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.65 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.632746  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1116  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.65 
 
 		 282 aa  59.3  0.00000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  24.09 
 
 		 291 aa  59.3  0.00000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 292 aa  59.3  0.00000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0941  RpiR family transcriptional regulator  22.39 
 
 		 281 aa  59.3  0.00000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0472093  normal  0.387072 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>