77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_1678 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008530  LGAS_1678  transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  464  9.999999999999999e-131  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00566045  normal  0.0111544 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2006  RpiR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 237 aa  83.6  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0473713 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4108  transcriptional regulator, RpiR family  28.28 
 
 		 243 aa  80.9  0.00000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3022  transcriptional regulator, RpiR family  27.69 
 
 		 262 aa  69.3  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3018  RpiR family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 256 aa  65.1  0.0000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2234  transcriptional regulator, RpiR family  27.27 
 
 		 244 aa  63.5  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2392  sugar isomerase (SIS)  30.58 
 
 		 254 aa  60.5  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2349  RpiR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 254 aa  60.5  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3071  transcriptional regulator, RpiR family  29.76 
 
 		 261 aa  59.3  0.00000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3841  transcriptional regulator, RpiR family  25.49 
 
 		 283 aa  58.2  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.412935  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0464  transcriptional regulator  21.6 
 
 		 248 aa  55.5  0.0000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.142049  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3319  RpiR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 243 aa  53.5  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0456  transcriptional regulator, RpiR family  28.22 
 
 		 249 aa  53.5  0.000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000284572  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2807  RpiR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 246 aa  53.5  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1477  RpiR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 246 aa  53.5  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.26952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2730  RpiR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 246 aa  53.5  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.69775  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1910  phosphosugar-binding transcriptional regulator  27.92 
 
 		 253 aa  52.4  0.000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2499  RpiR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 244 aa  51.2  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3311  transcriptional regulator, RpiR family  23.68 
 
 		 255 aa  49.7  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  21.05 
 
 		 320 aa  49.3  0.00004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.41 
 
 		 289 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  23.79 
 
 		 280 aa  48.9  0.00006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 279 aa  48.1  0.0001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 279 aa  47.8  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.91 
 
 		 285 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  25.91 
 
 		 285 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4761  sugar isomerase (SIS)  27.88 
 
 		 317 aa  47  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0225  transcriptional regulator  23.9 
 
 		 242 aa  47  0.0002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.52 
 
 		 289 aa  46.6  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1962  transcriptional regulator, RpiR family  21.72 
 
 		 248 aa  46.6  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.841388  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.52 
 
 		 308 aa  46.2  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  20.83 
 
 		 266 aa  46.2  0.0004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  26.61 
 
 		 273 aa  46.2  0.0004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0972  transcriptional regulator, RpiR family  44.44 
 
 		 281 aa  45.8  0.0005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  22.89 
 
 		 278 aa  45.8  0.0005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3083  arabinose-5-phosphate isomerase  31.52 
 
 		 325 aa  45.8  0.0006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.353966 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0151  transcriptional regulator, RpiR family  27.27 
 
 		 243 aa  45.4  0.0007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  26.32 
 
 		 285 aa  45.4  0.0007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 285 aa  45.1  0.0008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  24.7 
 
 		 285 aa  44.7  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  25.91 
 
 		 285 aa  44.7  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  21.76 
 
 		 266 aa  44.7  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 285 aa  45.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5015  KpsF/GutQ family protein  30.61 
 
 		 329 aa  44.7  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.336764 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2604  RpiR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 242 aa  44.7  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.12 
 
 		 285 aa  43.5  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 285 aa  44.3  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  20.97 
 
 		 281 aa  43.9  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  26.73 
 
 		 293 aa  43.5  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 280 aa  43.5  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  19.92 
 
 		 281 aa  43.9  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 285 aa  43.9  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  19.92 
 
 		 281 aa  43.9  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0467  transcriptional regulator  23.7 
 
 		 242 aa  43.1  0.003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00031412  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0617  KpsF/GutQ family protein  27.56 
 
 		 319 aa  43.5  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.851934  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.64 
 
 		 289 aa  43.5  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.12 
 
 		 285 aa  42.7  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 339 aa  42.7  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 339 aa  42.7  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  26.74 
 
 		 303 aa  42.4  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1331  sugar phosphate isomerase  30.07 
 
 		 317 aa  42.4  0.006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.661187  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  22.76 
 
 		 281 aa  42.4  0.006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 293 aa  42.4  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 293 aa  42.4  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 332 aa  42.4  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 293 aa  42.4  0.006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 293 aa  42.4  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 293 aa  42.4  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 332 aa  42.4  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 332 aa  42.4  0.007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 332 aa  42.4  0.007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 332 aa  42.4  0.007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3306  KpsF/GutQ family protein  29.35 
 
 		 325 aa  42.4  0.007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.57065 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2360  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.07 
 
 		 286 aa  42  0.008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190607 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  26.74 
 
 		 375 aa  42  0.008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5294  KpsF/GutQ family protein  23.01 
 
 		 332 aa  42  0.009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0941  RpiR family transcriptional regulator  20.33 
 
 		 281 aa  41.6  0.01  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0472093  normal  0.387072 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>