128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_2006 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_2006  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 237 aa  491  9.999999999999999e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0473713 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4108  transcriptional regulator, RpiR family  36.73 
 
 		 243 aa  185  4e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1678  transcriptional regulator  26.47 
 
 		 227 aa  83.6  0.000000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00566045  normal  0.0111544 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3022  transcriptional regulator, RpiR family  26.61 
 
 		 262 aa  75.1  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3018  RpiR family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 256 aa  70.5  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  28.78 
 
 		 304 aa  64.7  0.000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3662  transcriptional regulator, RpiR family  28.1 
 
 		 251 aa  62.4  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.078396  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 284 aa  58.2  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2234  transcriptional regulator, RpiR family  27.04 
 
 		 244 aa  55.8  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  25.47 
 
 		 284 aa  56.2  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 284 aa  55.5  0.0000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 284 aa  55.8  0.0000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3841  transcriptional regulator, RpiR family  21.95 
 
 		 283 aa  54.3  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.412935  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  25.47 
 
 		 284 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0638  sugar isomerase (SIS)  29.82 
 
 		 178 aa  53.9  0.000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.45 
 
 		 289 aa  53.9  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0308  sugar isomerase (SIS)  30.15 
 
 		 206 aa  53.5  0.000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0225  transcriptional regulator  21.18 
 
 		 242 aa  52.8  0.000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.69 
 
 		 289 aa  52.4  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0300  RpiR family transcriptional regulator  23.26 
 
 		 266 aa  51.6  0.000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0307  hypothetical protein  23.26 
 
 		 266 aa  51.6  0.000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29100  transcriptional regulator  20.08 
 
 		 290 aa  51.2  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.69 
 
 		 289 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.69 
 
 		 289 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  24.27 
 
 		 289 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  24.27 
 
 		 289 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.02 
 
 		 289 aa  50.4  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  23.26 
 
 		 266 aa  51.2  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.02 
 
 		 308 aa  50.8  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.27 
 
 		 289 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  24.27 
 
 		 289 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.27 
 
 		 289 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.27 
 
 		 289 aa  50.4  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  24.24 
 
 		 281 aa  50.4  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 266 aa  49.7  0.00004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0876  transcriptional regulator  28.15 
 
 		 251 aa  49.3  0.00006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0549202  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 281 aa  49.3  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  25.7 
 
 		 280 aa  49.3  0.00006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.02 
 
 		 282 aa  48.9  0.00008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1962  transcriptional regulator, RpiR family  23.97 
 
 		 248 aa  48.5  0.00009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.841388  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  22.48 
 
 		 283 aa  48.5  0.00009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.55 
 
 		 284 aa  48.1  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  19.43 
 
 		 287 aa  47.8  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  23.56 
 
 		 280 aa  48.1  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1910  phosphosugar-binding transcriptional regulator  21.16 
 
 		 253 aa  47.8  0.0002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0910  sugar isomerase (SIS)  26.05 
 
 		 190 aa  47  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.510158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0456  transcriptional regulator, RpiR family  21.56 
 
 		 249 aa  47  0.0002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000284572  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  19.91 
 
 		 285 aa  47.4  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 281 aa  47.4  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 282 aa  47.4  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  20.8 
 
 		 286 aa  46.6  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0151  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 		 243 aa  46.6  0.0003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0464  transcriptional regulator  22.97 
 
 		 248 aa  47  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.142049  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  25.49 
 
 		 282 aa  46.6  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  24.26 
 
 		 288 aa  47  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5676  RpiR family transcriptional regulator  20.54 
 
 		 323 aa  46.6  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.321786 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  23.83 
 
 		 298 aa  46.6  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  20.96 
 
 		 286 aa  46.2  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3071  transcriptional regulator, RpiR family  24.88 
 
 		 261 aa  46.6  0.0004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1686  transcriptional regulator  22.02 
 
 		 272 aa  46.2  0.0004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0801516  hitchhiker  0.000000000302216 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0879  KpsF/GutQ family protein  28.44 
 
 		 329 aa  46.2  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00879092  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 292 aa  46.2  0.0005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0132  hexulose-6-phosphate isomerase  26.17 
 
 		 180 aa  46.2  0.0005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3311  transcriptional regulator, RpiR family  23.72 
 
 		 255 aa  45.4  0.0007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3892  RpiR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 293 aa  45.4  0.0007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134896  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  18.91 
 
 		 272 aa  45.4  0.0007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01243  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.18 
 
 		 283 aa  45.4  0.0007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.2954  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  23.18 
 
 		 302 aa  45.4  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  19.91 
 
 		 286 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1541  transcriptional regulator  22.65 
 
 		 279 aa  45.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0550  transcriptional regulator  23.15 
 
 		 284 aa  45.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00967802  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  19.91 
 
 		 286 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0479  sugar isomerase (SIS)  24.83 
 
 		 202 aa  45.1  0.001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  20.85 
 
 		 286 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2499  RpiR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 244 aa  44.7  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  20.35 
 
 		 286 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.45 
 
 		 282 aa  44.7  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1901  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  19.81 
 
 		 290 aa  44.3  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  20.85 
 
 		 286 aa  44.3  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  20.85 
 
 		 286 aa  44.3  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1943  arabinose-5-phosphate isomerase  26.47 
 
 		 320 aa  43.9  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0150417  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 284 aa  44.3  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  19.91 
 
 		 286 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0941  RpiR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 281 aa  44.3  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0472093  normal  0.387072 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  20.85 
 
 		 286 aa  44.3  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  20.85 
 
 		 286 aa  44.3  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  20.85 
 
 		 286 aa  44.3  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  19.74 
 
 		 284 aa  43.9  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.21 
 
 		 299 aa  43.9  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  19.91 
 
 		 286 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.45 
 
 		 282 aa  44.3  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.45 
 
 		 282 aa  44.3  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.45 
 
 		 282 aa  44.3  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.45 
 
 		 282 aa  44.3  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0744  RpiR family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 305 aa  43.5  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.33357  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2619  RpiR family transcriptional regulator  21.64 
 
 		 286 aa  43.5  0.003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  22.54 
 
 		 282 aa  43.1  0.003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0695  RpiR family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 305 aa  43.5  0.003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.674181  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 306 aa  42.7  0.004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  21.86 
 
 		 278 aa  43.1  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>