More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apre_0151 on replicon NC_013171
Organism: Anaerococcus prevotii DSM 20548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013171  Apre_0151  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 243 aa  478  1e-134  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  27.23 
 
 		 282 aa  83.2  0.000000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.44 
 
 		 282 aa  80.5  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.44 
 
 		 282 aa  80.5  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.44 
 
 		 282 aa  80.5  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  25.45 
 
 		 283 aa  80.1  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.4 
 
 		 282 aa  80.1  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.44 
 
 		 282 aa  80.5  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.98 
 
 		 282 aa  79.3  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 273 aa  74.7  0.000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0300  RpiR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 266 aa  74.3  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0307  hypothetical protein  29.76 
 
 		 266 aa  74.3  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  23.9 
 
 		 280 aa  73.9  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 266 aa  74.3  0.000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 284 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  27.56 
 
 		 282 aa  73.2  0.000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 290 aa  72.4  0.000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 266 aa  71.6  0.00000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3048  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.28 
 
 		 282 aa  71.2  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal  0.0247781 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 284 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 284 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  27.14 
 
 		 284 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  29.74 
 
 		 279 aa  70.9  0.00000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  25.79 
 
 		 281 aa  69.7  0.00000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  27.96 
 
 		 287 aa  69.3  0.00000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 273 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  26.02 
 
 		 284 aa  68.6  0.00000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  26.34 
 
 		 292 aa  68.6  0.00000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1686  transcriptional regulator  28.72 
 
 		 272 aa  68.6  0.00000000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0801516  hitchhiker  0.000000000302216 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  29.89 
 
 		 284 aa  67.8  0.0000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 279 aa  68.2  0.0000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 282 aa  67  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 282 aa  67  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 282 aa  67  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  21.79 
 
 		 281 aa  67  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  29.41 
 
 		 272 aa  67  0.0000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  21.79 
 
 		 281 aa  67  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3618  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.53 
 
 		 279 aa  67  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 292 aa  67  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  27.85 
 
 		 313 aa  66.6  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  21.28 
 
 		 293 aa  66.6  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  23.58 
 
 		 281 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.53 
 
 		 279 aa  67  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.53 
 
 		 279 aa  67  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 279 aa  67  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 292 aa  67  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 292 aa  66.6  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  21.68 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 282 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  21.2 
 
 		 282 aa  65.5  0.0000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 282 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 282 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 282 aa  65.5  0.0000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  22.27 
 
 		 289 aa  65.1  0.0000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02455  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.45 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1107  transcriptional regulator, RpiR family  27.45 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.379447  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.45 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2926  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.45 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  23.85 
 
 		 299 aa  64.3  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 281 aa  65.1  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3071  transcriptional regulator, RpiR family  24.68 
 
 		 261 aa  65.1  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02419  hypothetical protein  27.45 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.45 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2604  RpiR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 242 aa  65.1  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  25.73 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2846  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.45 
 
 		 282 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.632746  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  26.2 
 
 		 320 aa  65.1  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3796  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.45 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.796505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 318 aa  63.9  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3787  transcriptional regulator, RpiR family  25.45 
 
 		 280 aa  63.9  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.925929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 284 aa  63.9  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 293 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0876  transcriptional regulator  30.17 
 
 		 251 aa  64.3  0.000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0549202  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4864  transcriptional regulator, RpiR family  25.45 
 
 		 280 aa  63.9  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403808 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1116  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.45 
 
 		 282 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  23.87 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  23.11 
 
 		 278 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 338 aa  63.2  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2349  RpiR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 254 aa  63.2  0.000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  23.42 
 
 		 288 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2392  sugar isomerase (SIS)  25.42 
 
 		 254 aa  63.2  0.000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  23.64 
 
 		 293 aa  62.8  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  27.87 
 
 		 283 aa  62.8  0.000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1799  RpiR family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 309 aa  62.8  0.000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0151884  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  22.52 
 
 		 288 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1556  putative transcription regulation repressor HEXR transcription regulator protein  24.41 
 
 		 277 aa  62.4  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.889642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 293 aa  62.4  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  22.52 
 
 		 288 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 293 aa  62.4  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 293 aa  62.4  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  26.42 
 
 		 285 aa  62  0.000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 334 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2753  transcriptional regulator, RpiR family  24.02 
 
 		 304 aa  62  0.000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  22.52 
 
 		 288 aa  62  0.000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2730  RpiR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 246 aa  62  0.000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.69775  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1477  RpiR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 246 aa  62  0.000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.26952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2807  RpiR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 246 aa  62  0.000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2234  transcriptional regulator, RpiR family  23.68 
 
 		 244 aa  62  0.000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  22.52 
 
 		 288 aa  62  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1854  RpiR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 380 aa  61.2  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.270537  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>