More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_1854 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_1854  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 
380 aa  770    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.270537  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0722  RpiR family transcriptional regulator  47.04 
 
 
286 aa  213  7e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.23938  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0416  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  45.06 
 
 
286 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5116  transcriptional regulator, RpiR family  44.66 
 
 
286 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0640  transcriptional regulator, RpiR family  39.37 
 
 
296 aa  153  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.360416 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4059  RpiR family transcriptional regulator  38.98 
 
 
295 aa  149  8e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.682861  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0365  RpiR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
297 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03130  hypothetical protein  35.34 
 
 
289 aa  142  8e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4196  transcriptional regulator, RpiR family  34.78 
 
 
297 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4306  transcriptional regulator, RpiR family  34.78 
 
 
297 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.749076  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4021  RpiR family transcriptional regulator  36.47 
 
 
306 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766323  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4771  putative RpiR family transcriptional regulator  36.51 
 
 
301 aa  140  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.978774  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2791  RpiR family transcriptional regulator  36.61 
 
 
324 aa  135  9e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2658  RpiR family transcriptional regulator  36.61 
 
 
324 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6069  RpiR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
312 aa  133  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.961945 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0558  RpiR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
313 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2767  RpiR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
312 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2129  RpiR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
312 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2741  RpiR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
312 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0550  RpiR family transcriptional regulator  34.54 
 
 
287 aa  128  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0545  transcriptional regulator, putative  34.75 
 
 
297 aa  126  7e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2771  RpiR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
297 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2308  RpiR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
297 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0673  RpiR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
297 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0657  RpiR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
297 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.198724  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2388  RpiR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
297 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0835  transcriptional regulator  34.9 
 
 
297 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0092  RpiR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
287 aa  124  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0177  transcriptional regulator, putative  34.51 
 
 
297 aa  123  6e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06356  glucokinase  32 
 
 
287 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4899  RpiR family transcriptional regulator  32.58 
 
 
287 aa  117  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0744  RpiR family transcriptional regulator  29.64 
 
 
305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.33357  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0695  RpiR family transcriptional regulator  29.64 
 
 
305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.674181  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3892  RpiR family transcriptional regulator  28.85 
 
 
293 aa  109  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134896  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6622  transcriptional regulator, RpiR family  28.11 
 
 
287 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.360305  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5679  transcriptional regulator, RpiR family  29.02 
 
 
287 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4651  RpiR family transcriptional regulator  29.46 
 
 
287 aa  98.6  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0360971  normal  0.0554389 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6249  transcriptional regulator RpiR family  27.93 
 
 
287 aa  96.7  6e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00357056  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  31.36 
 
 
293 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  26.94 
 
 
288 aa  94  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.94 
 
 
288 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  31.36 
 
 
293 aa  94  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4864  transcriptional regulator, RpiR family  30.18 
 
 
280 aa  92.8  9e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.403808 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3787  transcriptional regulator, RpiR family  30.18 
 
 
280 aa  92.8  9e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.925929  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.98 
 
 
290 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.98 
 
 
290 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.98 
 
 
290 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.11 
 
 
290 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  32.06 
 
 
288 aa  90.9  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.11 
 
 
289 aa  90.5  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4054  RpiR family transcriptional regulator  30.22 
 
 
287 aa  90.1  6e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.544392  normal  0.902505 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.68 
 
 
290 aa  89.7  8e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  30 
 
 
288 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  30 
 
 
288 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  29.28 
 
 
284 aa  89  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  30 
 
 
288 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.91 
 
 
289 aa  88.6  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.05 
 
 
286 aa  88.6  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
289 aa  88.2  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.89 
 
 
288 aa  88.2  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  30 
 
 
288 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4653  RpiR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
280 aa  88.6  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562293  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7211  transcriptional regulator, RpiR family  29.65 
 
 
287 aa  87  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84474  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.03 
 
 
289 aa  87  5e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
288 aa  87  5e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  27.57 
 
 
282 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  27.57 
 
 
282 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0423  RpiR family transcriptional regulator  28.89 
 
 
287 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  28.04 
 
 
282 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  28.04 
 
 
282 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  27.57 
 
 
282 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  27.73 
 
 
274 aa  85.9  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  28.04 
 
 
282 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1556  putative transcription regulation repressor HEXR transcription regulator protein  30.18 
 
 
277 aa  84.3  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.889642  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
288 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  27.05 
 
 
333 aa  84  0.000000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  29.55 
 
 
288 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.85 
 
 
284 aa  83.2  0.000000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.73 
 
 
285 aa  83.2  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.21 
 
 
284 aa  82.8  0.000000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  26.42 
 
 
282 aa  82.8  0.000000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.51 
 
 
289 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.58 
 
 
289 aa  82.8  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  29.09 
 
 
288 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.51 
 
 
289 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  26.98 
 
 
281 aa  82.4  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.79 
 
 
284 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.51 
 
 
289 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  26.98 
 
 
281 aa  82.8  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.05 
 
 
289 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  26.05 
 
 
289 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  27.73 
 
 
318 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.05 
 
 
289 aa  82  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  26.05 
 
 
289 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.05 
 
 
289 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.05 
 
 
289 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.27 
 
 
285 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  28.63 
 
 
296 aa  81.6  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.58 
 
 
289 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.69 
 
 
286 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>