295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3022 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3022  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 262 aa  538  9.999999999999999e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3018  RpiR family transcriptional regulator  66.94 
 
 		 256 aa  345  6e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3841  transcriptional regulator, RpiR family  27.27 
 
 		 283 aa  79.3  0.00000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.412935  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2234  transcriptional regulator, RpiR family  30.81 
 
 		 244 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2006  RpiR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 237 aa  74.7  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0473713 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4108  transcriptional regulator, RpiR family  27.54 
 
 		 243 aa  75.1  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  27.67 
 
 		 304 aa  73.2  0.000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0876  transcriptional regulator  26.15 
 
 		 251 aa  72.8  0.000000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0549202  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  26.48 
 
 		 279 aa  72  0.000000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0464  transcriptional regulator  26.91 
 
 		 248 aa  69.7  0.00000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.142049  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 280 aa  69.3  0.00000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1678  transcriptional regulator  27.69 
 
 		 227 aa  69.3  0.00000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00566045  normal  0.0111544 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  26.2 
 
 		 286 aa  68.2  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  29.09 
 
 		 287 aa  68.2  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2247  transcriptional regulator  26.58 
 
 		 250 aa  68.6  0.0000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  25.47 
 
 		 280 aa  67.4  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  22.8 
 
 		 284 aa  66.2  0.0000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  30.6 
 
 		 282 aa  65.9  0.0000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3311  transcriptional regulator, RpiR family  26.05 
 
 		 255 aa  65.9  0.0000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2499  RpiR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 244 aa  65.5  0.0000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  24.05 
 
 		 283 aa  65.5  0.0000000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3319  RpiR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 243 aa  65.1  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.65 
 
 		 299 aa  65.1  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  23.87 
 
 		 282 aa  64.7  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2730  RpiR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 246 aa  63.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.69775  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1477  RpiR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 246 aa  64.3  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.26952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2807  RpiR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 246 aa  64.3  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0225  transcriptional regulator  24.11 
 
 		 242 aa  63.9  0.000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3071  transcriptional regulator, RpiR family  26.21 
 
 		 261 aa  63.5  0.000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1910  phosphosugar-binding transcriptional regulator  24.45 
 
 		 253 aa  63.5  0.000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  23.36 
 
 		 272 aa  63.2  0.000000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 287 aa  63.5  0.000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 289 aa  63.2  0.000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3998  transcriptional regulator, RpiR family  26.73 
 
 		 312 aa  62.8  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2392  sugar isomerase (SIS)  26.09 
 
 		 254 aa  62.8  0.000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2349  RpiR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 254 aa  62.8  0.000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  30.14 
 
 		 283 aa  62.4  0.000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  27.15 
 
 		 278 aa  61.2  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 281 aa  60.8  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  26.94 
 
 		 333 aa  61.2  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  25.45 
 
 		 274 aa  60.8  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1686  transcriptional regulator  21.52 
 
 		 272 aa  60.8  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0801516  hitchhiker  0.000000000302216 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  28.02 
 
 		 320 aa  60.1  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 292 aa  60.1  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 284 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  26.82 
 
 		 281 aa  60.1  0.00000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  27.06 
 
 		 298 aa  59.3  0.00000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5676  RpiR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 323 aa  59.3  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.321786 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  23.26 
 
 		 292 aa  58.2  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 282 aa  58.2  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  23.26 
 
 		 292 aa  57.4  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 281 aa  57.8  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  23.26 
 
 		 292 aa  57.4  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0338  transcriptional regulator, RpiR family  24.2 
 
 		 282 aa  57.8  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2604  RpiR family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 242 aa  57.8  0.0000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0147  transcriptional regulator  23.81 
 
 		 263 aa  57.4  0.0000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000905215 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  27.52 
 
 		 320 aa  57.8  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3048  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.99 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal  0.0247781 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 278 aa  57  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 290 aa  57  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 291 aa  57.4  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2788  RpiR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 285 aa  56.6  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.293627 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0912  RpiR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 287 aa  55.8  0.0000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3330  RpiR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 305 aa  55.8  0.0000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.171087 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0717  RpiR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 287 aa  55.8  0.0000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 282 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 282 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 287 aa  55.8  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  25.69 
 
 		 287 aa  55.5  0.0000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  26.32 
 
 		 284 aa  55.5  0.0000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 287 aa  55.5  0.0000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 282 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  26.29 
 
 		 284 aa  55.5  0.0000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0640  transcriptional regulator, RpiR family  25.65 
 
 		 296 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.360416 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 282 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  26.55 
 
 		 287 aa  55.5  0.0000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 282 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3044  SIS domain-containing protein  37.04 
 
 		 177 aa  55.1  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.128664  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3050  SIS domain-containing protein  37.04 
 
 		 177 aa  55.1  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 284 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 287 aa  55.1  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 304 aa  55.1  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3618  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.17 
 
 		 279 aa  55.5  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 287 aa  55.1  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.17 
 
 		 279 aa  55.5  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.17 
 
 		 279 aa  55.5  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 284 aa  55.5  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 284 aa  54.7  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0941  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 281 aa  54.7  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0472093  normal  0.387072 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  23.41 
 
 		 279 aa  55.1  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  23.41 
 
 		 279 aa  55.1  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2813  sugar isomerase (SIS)  30.15 
 
 		 183 aa  54.7  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  26.55 
 
 		 287 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2737  sugar isomerase (SIS)  30.15 
 
 		 183 aa  54.7  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 276 aa  54.3  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2612  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 620 aa  54.7  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.85018  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 642 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1220  transcriptional regulator, RpiR family  29.9 
 
 		 303 aa  53.9  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.930143  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3055  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 641 aa  54.3  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.570164  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>