More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GYMC61_3311 on replicon NC_013411
Organism: Geobacillus sp. Y412MC61



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013411  GYMC61_3311  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 255 aa  530  1e-150  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2604  RpiR family transcriptional regulator  45.38 
 
 		 242 aa  234  1.0000000000000001e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2730  RpiR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 246 aa  202  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.69775  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2807  RpiR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 246 aa  200  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1477  RpiR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 246 aa  200  9.999999999999999e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.26952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2499  RpiR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 244 aa  201  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3319  RpiR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 243 aa  196  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0464  transcriptional regulator  38.06 
 
 		 248 aa  172  5.999999999999999e-42  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.142049  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0225  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 242 aa  154  1e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0876  transcriptional regulator  35.92 
 
 		 251 aa  137  1e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0549202  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0467  transcriptional regulator  30.67 
 
 		 242 aa  109  4.0000000000000004e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00031412  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2234  transcriptional regulator, RpiR family  29.75 
 
 		 244 aa  102  8e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 289 aa  83.6  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  28.75 
 
 		 284 aa  82  0.000000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  28.75 
 
 		 284 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  26.18 
 
 		 272 aa  80.5  0.00000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  27.91 
 
 		 280 aa  80.1  0.00000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 284 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 279 aa  79.3  0.00000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 279 aa  79  0.00000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 334 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 285 aa  75.9  0.0000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 339 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 332 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4653  RpiR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 280 aa  74.7  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562293  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 332 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 332 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  25.1 
 
 		 282 aa  73.9  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 339 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3018  RpiR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 256 aa  74.3  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 332 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 332 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  26.12 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 282 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 282 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 282 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 282 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 284 aa  72.4  0.000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 282 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 282 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 266 aa  71.6  0.00000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 266 aa  70.1  0.00000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  27.8 
 
 		 281 aa  70.1  0.00000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1556  putative transcription regulation repressor HEXR transcription regulator protein  26.83 
 
 		 277 aa  70.1  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.889642  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3022  transcriptional regulator, RpiR family  27.91 
 
 		 262 aa  69.7  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  30 
 
 		 281 aa  68.9  0.00000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 296 aa  68.9  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 284 aa  68.6  0.00000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  24.07 
 
 		 274 aa  68.6  0.00000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 284 aa  68.6  0.00000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0307  hypothetical protein  26.75 
 
 		 266 aa  68.2  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0300  RpiR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 266 aa  68.2  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 282 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  22.53 
 
 		 320 aa  68.6  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 288 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  28.57 
 
 		 286 aa  67.4  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3787  transcriptional regulator, RpiR family  27.1 
 
 		 280 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.925929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4864  transcriptional regulator, RpiR family  27.1 
 
 		 280 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403808 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 290 aa  67.8  0.0000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  27.6 
 
 		 283 aa  67.4  0.0000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  26.44 
 
 		 278 aa  67.4  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  27.6 
 
 		 288 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  27.6 
 
 		 288 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 282 aa  66.2  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1686  transcriptional regulator  26.29 
 
 		 272 aa  66.6  0.0000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0801516  hitchhiker  0.000000000302216 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3841  transcriptional regulator, RpiR family  24.72 
 
 		 283 aa  66.6  0.0000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.412935  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3071  transcriptional regulator, RpiR family  25.11 
 
 		 261 aa  66.2  0.0000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 288 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 288 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 288 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 288 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  25 
 
 		 273 aa  65.9  0.0000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  27.69 
 
 		 281 aa  65.9  0.0000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 281 aa  65.5  0.0000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 273 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 287 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2747  RpiR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 300 aa  65.1  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0592883  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0456  transcriptional regulator, RpiR family  25.36 
 
 		 249 aa  65.1  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000284572  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 280 aa  63.9  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  24.07 
 
 		 281 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2247  transcriptional regulator  25.66 
 
 		 250 aa  63.9  0.000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  27.96 
 
 		 288 aa  64.3  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.35 
 
 		 282 aa  63.5  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  23.48 
 
 		 292 aa  63.5  0.000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 287 aa  63.2  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  25.79 
 
 		 287 aa  63.2  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  21.76 
 
 		 292 aa  63.2  0.000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 281 aa  63.2  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 287 aa  62.8  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  24.26 
 
 		 287 aa  62.8  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 287 aa  62.8  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  21.46 
 
 		 292 aa  62.8  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  21.46 
 
 		 292 aa  62.8  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 287 aa  62.4  0.000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  24.26 
 
 		 287 aa  62.4  0.000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 278 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  26.67 
 
 		 313 aa  62.4  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 288 aa  62  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 282 aa  62  0.000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>