More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2747 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2747  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  594  1e-169  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0592883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06356  glucokinase  36.21 
 
 		 287 aa  181  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0550  RpiR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 287 aa  180  2.9999999999999997e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4899  RpiR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 287 aa  176  5e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4771  putative RpiR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.978774  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 289 aa  169  4e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4021  RpiR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766323  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3892  RpiR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 293 aa  162  6e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134896  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0744  RpiR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 305 aa  162  9e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.33357  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0695  RpiR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 305 aa  162  9e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.674181  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4196  transcriptional regulator, RpiR family  38.41 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4306  transcriptional regulator, RpiR family  38.41 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.749076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5679  transcriptional regulator, RpiR family  33.91 
 
 		 287 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  36.47 
 
 		 281 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 282 aa  159  7e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 282 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 282 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 282 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.59 
 
 		 286 aa  158  9e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 282 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 282 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6622  transcriptional regulator, RpiR family  33.22 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.360305  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 338 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 273 aa  156  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0558  RpiR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 313 aa  155  6e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 282 aa  154  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 288 aa  154  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 288 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 288 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 288 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.09 
 
 		 289 aa  152  5e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  34.93 
 
 		 293 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 288 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.09 
 
 		 289 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.09 
 
 		 289 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.73 
 
 		 289 aa  152  8e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.73 
 
 		 289 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  36.73 
 
 		 289 aa  152  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  36.73 
 
 		 289 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.73 
 
 		 289 aa  152  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4651  RpiR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0360971  normal  0.0554389 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.73 
 
 		 289 aa  152  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_003296  RS03130  hypothetical protein  37.54 
 
 		 289 aa  151  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 278 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 334 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.4 
 
 		 289 aa  151  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.14 
 
 		 290 aa  151  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.73 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 332 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.73 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 332 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 339 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.46 
 
 		 284 aa  150  3e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 339 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 332 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 332 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.73 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.73 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.73 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 332 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  34.17 
 
 		 288 aa  149  4e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  34.17 
 
 		 288 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0640  transcriptional regulator, RpiR family  38.01 
 
 		 296 aa  149  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.360416 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5116  transcriptional regulator, RpiR family  35.62 
 
 		 286 aa  149  7e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6249  transcriptional regulator RpiR family  31.27 
 
 		 287 aa  149  7e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00357056  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  35.07 
 
 		 288 aa  148  8e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0416  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  34.93 
 
 		 286 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01243  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.85 
 
 		 283 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.2954  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0092  RpiR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0365  RpiR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 297 aa  147  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 288 aa  146  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7211  transcriptional regulator, RpiR family  34.68 
 
 		 287 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2002  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 620 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0778  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 620 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3090  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 641 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2612  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 620 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.85018  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3001  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 641 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3055  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 641 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.570164  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.38 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2658  RpiR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 324 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2132  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 641 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0545  transcriptional regulator, putative  37.7 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0423  RpiR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.09 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 642 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.13 
 
 		 284 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4054  RpiR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.544392  normal  0.902505 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0825  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 642 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125163  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2771  RpiR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 297 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.08 
 
 		 284 aa  143  3e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0835  transcriptional regulator  39.74 
 
 		 297 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1550  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 641 aa  143  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2308  RpiR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 297 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2388  RpiR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 297 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4059  RpiR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 295 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.682861  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.71 
 
 		 284 aa  143  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0657  RpiR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 297 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.198724  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0673  RpiR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 297 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>