More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4771 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4771  putative RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  594  1e-169  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.978774  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4021  RpiR family transcriptional regulator  83.33 
 
 		 306 aa  496  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766323  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03130  hypothetical protein  61.46 
 
 		 289 aa  356  2.9999999999999997e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4306  transcriptional regulator, RpiR family  62.13 
 
 		 297 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.749076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4196  transcriptional regulator, RpiR family  62.13 
 
 		 297 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0365  RpiR family transcriptional regulator  58.92 
 
 		 297 aa  325  6e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0640  transcriptional regulator, RpiR family  58.59 
 
 		 296 aa  323  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.360416 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4059  RpiR family transcriptional regulator  57.91 
 
 		 295 aa  317  2e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.682861  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0558  RpiR family transcriptional regulator  56.52 
 
 		 313 aa  301  9e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0545  transcriptional regulator, putative  57.58 
 
 		 297 aa  296  4e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2308  RpiR family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 297 aa  294  1e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0835  transcriptional regulator  57.58 
 
 		 297 aa  294  1e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2771  RpiR family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 297 aa  294  1e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2388  RpiR family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 297 aa  294  1e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0657  RpiR family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 297 aa  294  1e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.198724  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0673  RpiR family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 297 aa  294  1e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2658  RpiR family transcriptional regulator  57.38 
 
 		 324 aa  293  2e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6069  RpiR family transcriptional regulator  56.04 
 
 		 312 aa  293  3e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.961945 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0177  transcriptional regulator, putative  57.24 
 
 		 297 aa  292  5e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2791  RpiR family transcriptional regulator  56.71 
 
 		 324 aa  291  7e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2767  RpiR family transcriptional regulator  56.38 
 
 		 312 aa  291  8e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2129  RpiR family transcriptional regulator  56.38 
 
 		 312 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2741  RpiR family transcriptional regulator  56.38 
 
 		 312 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06356  glucokinase  47.84 
 
 		 287 aa  273  2.0000000000000002e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0092  RpiR family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 287 aa  268  7e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0550  RpiR family transcriptional regulator  47.84 
 
 		 287 aa  266  2.9999999999999995e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0722  RpiR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 286 aa  256  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.23938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4899  RpiR family transcriptional regulator  45.18 
 
 		 287 aa  256  2e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0416  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  46.13 
 
 		 286 aa  248  8e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5116  transcriptional regulator, RpiR family  45.45 
 
 		 286 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5679  transcriptional regulator, RpiR family  35.02 
 
 		 287 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6622  transcriptional regulator, RpiR family  35.02 
 
 		 287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.360305  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0744  RpiR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.33357  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0695  RpiR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.674181  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3892  RpiR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134896  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6249  transcriptional regulator RpiR family  34.46 
 
 		 287 aa  155  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00357056  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2747  RpiR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0592883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4651  RpiR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 287 aa  153  4e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0360971  normal  0.0554389 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.48 
 
 		 290 aa  152  5e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.86 
 
 		 289 aa  148  8e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36 
 
 		 285 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36 
 
 		 285 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4054  RpiR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 287 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.544392  normal  0.902505 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35 
 
 		 286 aa  145  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.27 
 
 		 290 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.9 
 
 		 284 aa  143  4e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.54 
 
 		 284 aa  142  7e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.92 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.92 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.92 
 
 		 290 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0423  RpiR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.41 
 
 		 289 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.15 
 
 		 288 aa  140  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7211  transcriptional regulator, RpiR family  36.04 
 
 		 287 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.45 
 
 		 289 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.54 
 
 		 284 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.34 
 
 		 284 aa  136  5e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.47 
 
 		 284 aa  135  6.0000000000000005e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.47 
 
 		 284 aa  135  6.0000000000000005e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.54 
 
 		 284 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.93 
 
 		 284 aa  135  8e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.33 
 
 		 286 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.69 
 
 		 289 aa  134  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 296 aa  133  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.2 
 
 		 284 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.2 
 
 		 284 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.2 
 
 		 284 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.18 
 
 		 284 aa  132  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01243  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.18 
 
 		 283 aa  132  6e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.2954  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.2 
 
 		 284 aa  132  6e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 288 aa  132  6e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1854  RpiR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 380 aa  132  6e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.270537  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 288 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.63 
 
 		 282 aa  132  6.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 288 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2069  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.58 
 
 		 284 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000131353  hitchhiker  0.000414379 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 288 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.77 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  35.52 
 
 		 288 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  35.14 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  32.43 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  34.43 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.97 
 
 		 289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.86 
 
 		 289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.86 
 
 		 289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.86 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.5 
 
 		 289 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  32.5 
 
 		 289 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.47 
 
 		 284 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.82 
 
 		 284 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.5 
 
 		 289 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.5 
 
 		 289 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.82 
 
 		 284 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.82 
 
 		 284 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.82 
 
 		 284 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>