More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4651 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4651  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 287 aa  585  1e-166  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0360971  normal  0.0554389 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6622  transcriptional regulator, RpiR family  80.49 
 
 		 287 aa  487  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.360305  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5679  transcriptional regulator, RpiR family  80.84 
 
 		 287 aa  486  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6249  transcriptional regulator RpiR family  69.69 
 
 		 287 aa  424  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00357056  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0550  RpiR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 287 aa  190  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4899  RpiR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 287 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3892  RpiR family transcriptional regulator  39.21 
 
 		 293 aa  181  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134896  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0744  RpiR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 305 aa  178  7e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.33357  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0695  RpiR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 305 aa  178  7e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.674181  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0416  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  36.59 
 
 		 286 aa  175  6e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5116  transcriptional regulator, RpiR family  36.59 
 
 		 286 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4021  RpiR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766323  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0365  RpiR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 297 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0640  transcriptional regulator, RpiR family  36.36 
 
 		 296 aa  168  8e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.360416 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.55 
 
 		 288 aa  167  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0545  transcriptional regulator, putative  37.84 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0835  transcriptional regulator  38.19 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4771  putative RpiR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.978774  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2308  RpiR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0722  RpiR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 286 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.23938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0657  RpiR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.198724  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0673  RpiR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2388  RpiR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2771  RpiR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0177  transcriptional regulator, putative  37.85 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4059  RpiR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 295 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.682861  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0558  RpiR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 313 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.84 
 
 		 289 aa  163  3e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0092  RpiR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 287 aa  163  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.19 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06356  glucokinase  33.91 
 
 		 287 aa  161  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.42 
 
 		 289 aa  159  3e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03130  hypothetical protein  35.19 
 
 		 289 aa  159  6e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.31 
 
 		 282 aa  159  6e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.74 
 
 		 289 aa  159  7e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.17 
 
 		 284 aa  158  8e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.53 
 
 		 284 aa  158  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.92 
 
 		 284 aa  157  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.89 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.71 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6069  RpiR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.961945 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.71 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.36 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.36 
 
 		 289 aa  156  3e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  34.36 
 
 		 289 aa  156  3e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4306  transcriptional regulator, RpiR family  35.54 
 
 		 297 aa  156  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.749076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.36 
 
 		 289 aa  156  3e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.36 
 
 		 289 aa  156  3e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4196  transcriptional regulator, RpiR family  35.54 
 
 		 297 aa  156  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.57 
 
 		 284 aa  157  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.65 
 
 		 290 aa  157  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  34.36 
 
 		 289 aa  156  3e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2658  RpiR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 324 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2767  RpiR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 312 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.33 
 
 		 286 aa  155  6e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.57 
 
 		 284 aa  155  6e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.57 
 
 		 284 aa  155  6e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.36 
 
 		 289 aa  155  6e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2791  RpiR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 324 aa  155  6e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.57 
 
 		 284 aa  155  6e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.53 
 
 		 289 aa  155  8e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.53 
 
 		 301 aa  155  8e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2129  RpiR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 312 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2741  RpiR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 312 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.53 
 
 		 301 aa  155  8e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.91 
 
 		 289 aa  155  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.22 
 
 		 284 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.22 
 
 		 284 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.22 
 
 		 284 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.22 
 
 		 284 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.22 
 
 		 284 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.22 
 
 		 284 aa  154  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.22 
 
 		 284 aa  154  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.66 
 
 		 285 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2360  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.94 
 
 		 286 aa  152  4e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190607 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2069  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.45 
 
 		 284 aa  152  5e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000131353  hitchhiker  0.000414379 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.22 
 
 		 284 aa  152  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.82 
 
 		 286 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.37 
 
 		 284 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.53 
 
 		 289 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.53 
 
 		 289 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.53 
 
 		 289 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.53 
 
 		 289 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 293 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  32.97 
 
 		 293 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.53 
 
 		 289 aa  151  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.3 
 
 		 285 aa  151  8.999999999999999e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.55 
 
 		 290 aa  151  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 281 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 318 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 281 aa  150  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2747  RpiR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0592883  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.18 
 
 		 290 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  35.42 
 
 		 281 aa  149  4e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.18 
 
 		 290 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.21 
 
 		 284 aa  149  4e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.3 
 
 		 289 aa  149  4e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.18 
 
 		 290 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 284 aa  149  6e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.56 
 
 		 289 aa  149  7e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>