More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4196 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4306  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 297 aa  590  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.749076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4196  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 297 aa  590  1e-167  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03130  hypothetical protein  91 
 
 		 289 aa  524  1e-148  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4771  putative RpiR family transcriptional regulator  62.13 
 
 		 301 aa  361  1e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.978774  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4021  RpiR family transcriptional regulator  61.44 
 
 		 306 aa  357  9.999999999999999e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766323  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0640  transcriptional regulator, RpiR family  60.14 
 
 		 296 aa  339  4e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.360416 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0365  RpiR family transcriptional regulator  60.62 
 
 		 297 aa  335  3.9999999999999995e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4059  RpiR family transcriptional regulator  60.34 
 
 		 295 aa  323  3e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.682861  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0558  RpiR family transcriptional regulator  57.33 
 
 		 313 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0657  RpiR family transcriptional regulator  60 
 
 		 297 aa  317  1e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.198724  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0835  transcriptional regulator  60 
 
 		 297 aa  317  1e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6069  RpiR family transcriptional regulator  58.92 
 
 		 312 aa  317  1e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.961945 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0673  RpiR family transcriptional regulator  60 
 
 		 297 aa  317  1e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2771  RpiR family transcriptional regulator  60 
 
 		 297 aa  317  1e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2308  RpiR family transcriptional regulator  60 
 
 		 297 aa  317  1e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2388  RpiR family transcriptional regulator  60 
 
 		 297 aa  317  1e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2658  RpiR family transcriptional regulator  59.38 
 
 		 324 aa  317  1e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0545  transcriptional regulator, putative  57.58 
 
 		 297 aa  317  2e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0177  transcriptional regulator, putative  59.66 
 
 		 297 aa  315  6e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2791  RpiR family transcriptional regulator  59.03 
 
 		 324 aa  314  9e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2767  RpiR family transcriptional regulator  59.03 
 
 		 312 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2129  RpiR family transcriptional regulator  59.03 
 
 		 312 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2741  RpiR family transcriptional regulator  59.03 
 
 		 312 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0092  RpiR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 287 aa  275  5e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0550  RpiR family transcriptional regulator  51.23 
 
 		 287 aa  275  1.0000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06356  glucokinase  46.74 
 
 		 287 aa  274  2.0000000000000002e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4899  RpiR family transcriptional regulator  47.93 
 
 		 287 aa  270  2e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0722  RpiR family transcriptional regulator  46.5 
 
 		 286 aa  258  7e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.23938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0416  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  47.74 
 
 		 286 aa  253  3e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5116  transcriptional regulator, RpiR family  47.39 
 
 		 286 aa  250  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0695  RpiR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.674181  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0744  RpiR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.33357  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3892  RpiR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134896  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6622  transcriptional regulator, RpiR family  35.89 
 
 		 287 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.360305  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5679  transcriptional regulator, RpiR family  35.54 
 
 		 287 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6249  transcriptional regulator RpiR family  35.19 
 
 		 287 aa  166  5e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00357056  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4651  RpiR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 287 aa  157  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0360971  normal  0.0554389 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2747  RpiR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 300 aa  149  6e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0592883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35 
 
 		 290 aa  146  5e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.84 
 
 		 286 aa  145  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7211  transcriptional regulator, RpiR family  35.71 
 
 		 287 aa  143  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0423  RpiR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 287 aa  142  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4054  RpiR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 287 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.544392  normal  0.902505 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.21 
 
 		 288 aa  138  8.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.01 
 
 		 284 aa  138  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.49 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.01 
 
 		 284 aa  136  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.4 
 
 		 289 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1854  RpiR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 380 aa  136  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.270537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.63 
 
 		 289 aa  136  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.94 
 
 		 284 aa  136  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.07 
 
 		 285 aa  135  8e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  34.07 
 
 		 288 aa  135  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.01 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.49 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01243  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.94 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.2954  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.7 
 
 		 285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.49 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 318 aa  133  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.49 
 
 		 290 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.49 
 
 		 290 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  32.97 
 
 		 288 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.29 
 
 		 284 aa  132  5e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  32.97 
 
 		 293 aa  132  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  132  6e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 288 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 288 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 293 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  32.97 
 
 		 288 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.29 
 
 		 284 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 288 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 281 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2069  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.29 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000131353  hitchhiker  0.000414379 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.01 
 
 		 286 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.77 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 288 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  34.19 
 
 		 281 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 281 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.14 
 
 		 284 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.77 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.77 
 
 		 284 aa  130  3e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 282 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 273 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 338 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.77 
 
 		 284 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.77 
 
 		 284 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.77 
 
 		 284 aa  130  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 282 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 282 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 296 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.25 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.78 
 
 		 284 aa  128  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.25 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.25 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.65 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.9 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>