More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_0550 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_0550  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 287 aa  568  1e-161  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4899  RpiR family transcriptional regulator  70.38 
 
 		 287 aa  419  1e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06356  glucokinase  57.84 
 
 		 287 aa  348  5e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0092  RpiR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 287 aa  288  5.0000000000000004e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4021  RpiR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 306 aa  273  3e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766323  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4771  putative RpiR family transcriptional regulator  47.84 
 
 		 301 aa  266  2.9999999999999995e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.978774  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4306  transcriptional regulator, RpiR family  51.23 
 
 		 297 aa  266  4e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.749076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4196  transcriptional regulator, RpiR family  51.23 
 
 		 297 aa  266  4e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03130  hypothetical protein  49.12 
 
 		 289 aa  264  1e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0640  transcriptional regulator, RpiR family  49.65 
 
 		 296 aa  263  3e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.360416 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4059  RpiR family transcriptional regulator  51.05 
 
 		 295 aa  257  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.682861  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0365  RpiR family transcriptional regulator  47.77 
 
 		 297 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2658  RpiR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 324 aa  240  2e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0722  RpiR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 286 aa  240  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.23938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0558  RpiR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 313 aa  240  2e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2791  RpiR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 324 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6069  RpiR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 312 aa  235  8e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.961945 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2767  RpiR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 312 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0416  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  42.51 
 
 		 286 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2129  RpiR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 312 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2741  RpiR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 312 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2771  RpiR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 297 aa  224  9e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2308  RpiR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 297 aa  224  9e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2388  RpiR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 297 aa  224  9e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0657  RpiR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 297 aa  224  9e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.198724  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0673  RpiR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 297 aa  224  9e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0835  transcriptional regulator  45.83 
 
 		 297 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0177  transcriptional regulator, putative  45.49 
 
 		 297 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0545  transcriptional regulator, putative  45.14 
 
 		 297 aa  223  4e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5116  transcriptional regulator, RpiR family  41.81 
 
 		 286 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3892  RpiR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 293 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134896  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0744  RpiR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.33357  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0695  RpiR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.674181  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5679  transcriptional regulator, RpiR family  38.33 
 
 		 287 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6622  transcriptional regulator, RpiR family  38.33 
 
 		 287 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.360305  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6249  transcriptional regulator RpiR family  36.59 
 
 		 287 aa  182  7e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00357056  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.92 
 
 		 290 aa  172  3.9999999999999995e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4651  RpiR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 287 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0360971  normal  0.0554389 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.2 
 
 		 282 aa  169  5e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.24 
 
 		 289 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.24 
 
 		 289 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.24 
 
 		 289 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.89 
 
 		 289 aa  166  4e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  35.89 
 
 		 289 aa  166  4e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.89 
 
 		 289 aa  166  4e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.89 
 
 		 289 aa  166  4e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  35.89 
 
 		 289 aa  166  4e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.41 
 
 		 286 aa  165  5.9999999999999996e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.54 
 
 		 289 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.97 
 
 		 289 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.59 
 
 		 289 aa  164  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.97 
 
 		 289 aa  162  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.97 
 
 		 289 aa  162  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.97 
 
 		 289 aa  162  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.97 
 
 		 289 aa  162  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.25 
 
 		 289 aa  159  4e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2747  RpiR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0592883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.79 
 
 		 289 aa  159  5e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 282 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 282 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.07 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 282 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  36.33 
 
 		 288 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 339 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.57 
 
 		 284 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 332 aa  155  6e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.33 
 
 		 288 aa  155  6e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.3 
 
 		 288 aa  155  6e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 282 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 282 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 282 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.64 
 
 		 301 aa  155  8e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.64 
 
 		 289 aa  155  8e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.64 
 
 		 301 aa  155  8e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.84 
 
 		 290 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.84 
 
 		 290 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.84 
 
 		 290 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 289 aa  154  1e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.84 
 
 		 290 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 339 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.3 
 
 		 285 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 334 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.62 
 
 		 286 aa  154  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.62 
 
 		 284 aa  154  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.97 
 
 		 284 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 282 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.25 
 
 		 290 aa  153  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.94 
 
 		 285 aa  152  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  34.31 
 
 		 288 aa  152  5e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 288 aa  152  5e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.54 
 
 		 284 aa  152  5e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  34.17 
 
 		 293 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.21 
 
 		 308 aa  151  8.999999999999999e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 288 aa  151  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.27 
 
 		 284 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>