More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0416 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_0416  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  100 
 
 		 286 aa  568  1e-161  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5116  transcriptional regulator, RpiR family  94.41 
 
 		 286 aa  520  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0722  RpiR family transcriptional regulator  76.92 
 
 		 286 aa  449  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.23938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4771  putative RpiR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 301 aa  248  7e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.978774  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_003296  RS03130  hypothetical protein  46.69 
 
 		 289 aa  246  2e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0365  RpiR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 297 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4059  RpiR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 295 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.682861  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4306  transcriptional regulator, RpiR family  47.74 
 
 		 297 aa  242  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.749076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4196  transcriptional regulator, RpiR family  47.74 
 
 		 297 aa  242  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0640  transcriptional regulator, RpiR family  44.98 
 
 		 296 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.360416 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4899  RpiR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 287 aa  240  2e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4021  RpiR family transcriptional regulator  44.7 
 
 		 306 aa  237  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766323  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06356  glucokinase  41.96 
 
 		 287 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0550  RpiR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 287 aa  233  2.0000000000000002e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2388  RpiR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 297 aa  233  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2308  RpiR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 297 aa  233  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0657  RpiR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 297 aa  233  3e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.198724  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0673  RpiR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 297 aa  233  3e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2771  RpiR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 297 aa  233  3e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0835  transcriptional regulator  45.83 
 
 		 297 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0177  transcriptional regulator, putative  45.83 
 
 		 297 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0545  transcriptional regulator, putative  45.14 
 
 		 297 aa  231  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2767  RpiR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 312 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2129  RpiR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 312 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2741  RpiR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 312 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0092  RpiR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 287 aa  229  3e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2658  RpiR family transcriptional regulator  45.14 
 
 		 324 aa  228  8e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6069  RpiR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 312 aa  227  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.961945 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0558  RpiR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 313 aa  226  3e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2791  RpiR family transcriptional regulator  45.14 
 
 		 324 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6622  transcriptional regulator, RpiR family  38.68 
 
 		 287 aa  190  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.360305  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5679  transcriptional regulator, RpiR family  38.33 
 
 		 287 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1854  RpiR family transcriptional regulator  45.23 
 
 		 380 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.270537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6249  transcriptional regulator RpiR family  37.28 
 
 		 287 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00357056  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4651  RpiR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 287 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0360971  normal  0.0554389 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0744  RpiR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.33357  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0695  RpiR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.674181  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3892  RpiR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 293 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134896  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.21 
 
 		 290 aa  142  5e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.71 
 
 		 284 aa  136  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.28 
 
 		 289 aa  135  8e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.93 
 
 		 286 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.45 
 
 		 286 aa  135  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  34.05 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.05 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 318 aa  133  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.56 
 
 		 289 aa  133  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 282 aa  134  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.49 
 
 		 289 aa  133  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 338 aa  132  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 282 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 282 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 282 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.05 
 
 		 288 aa  132  6e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.21 
 
 		 289 aa  132  6e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.74 
 
 		 290 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 282 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.31 
 
 		 284 aa  132  6.999999999999999e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 282 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.14 
 
 		 284 aa  132  9e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.9 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.56 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.56 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.56 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.07 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.07 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.07 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.38 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.38 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.38 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.21 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.5 
 
 		 284 aa  130  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.43 
 
 		 284 aa  130  3e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.43 
 
 		 284 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.43 
 
 		 284 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.43 
 
 		 284 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.43 
 
 		 284 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.43 
 
 		 284 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.08 
 
 		 284 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.28 
 
 		 284 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.14 
 
 		 284 aa  129  6e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.72 
 
 		 284 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.86 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.86 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2747  RpiR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0592883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.86 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.58 
 
 		 289 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.51 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  29.51 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.07 
 
 		 284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.51 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.51 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.87 
 
 		 284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  29.51 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 332 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.78 
 
 		 282 aa  127  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 332 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.51 
 
 		 289 aa  126  3e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>