247 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_0147 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008530  LGAS_0147  transcriptional regulator  100 
 
 		 263 aa  545  1e-154  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000905215 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2247  transcriptional regulator  34.15 
 
 		 250 aa  158  1e-37  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1962  transcriptional regulator, RpiR family  29.11 
 
 		 248 aa  104  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.841388  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  26.74 
 
 		 279 aa  74.7  0.000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  27.45 
 
 		 282 aa  73.2  0.000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  22.77 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 266 aa  68.9  0.00000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  23.83 
 
 		 280 aa  66.6  0.0000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2234  transcriptional regulator, RpiR family  21.85 
 
 		 244 aa  65.9  0.0000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1477  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 246 aa  64.7  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.26952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  22.61 
 
 		 320 aa  65.1  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2807  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 246 aa  64.7  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  21.96 
 
 		 283 aa  65.1  0.000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  22.67 
 
 		 280 aa  65.1  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  22.67 
 
 		 320 aa  65.1  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.12 
 
 		 290 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  22.89 
 
 		 274 aa  64.7  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2604  RpiR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 242 aa  64.3  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 266 aa  64.3  0.000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2730  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 246 aa  64.7  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.69775  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0365  RpiR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 297 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.88 
 
 		 289 aa  63.2  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 282 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 282 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 282 aa  62.8  0.000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2674  transcriptional regulator, RpiR family  22.78 
 
 		 293 aa  62.8  0.000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0539121 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0183  helix-turn-helix protein RpiR  25.35 
 
 		 291 aa  62.8  0.000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0178  RpiR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 291 aa  62.8  0.000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.41 
 
 		 290 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  24.54 
 
 		 292 aa  62  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 282 aa  62  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.41 
 
 		 290 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.41 
 
 		 290 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  28.18 
 
 		 282 aa  62  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3319  RpiR family transcriptional regulator  22.51 
 
 		 243 aa  61.2  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  23.45 
 
 		 285 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2753  transcriptional regulator, RpiR family  23.81 
 
 		 304 aa  60.8  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29100  transcriptional regulator  20 
 
 		 290 aa  60.5  0.00000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  24 
 
 		 285 aa  60.1  0.00000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 292 aa  60.1  0.00000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  24 
 
 		 285 aa  60.1  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  22.17 
 
 		 285 aa  60.1  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25 
 
 		 289 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 281 aa  59.3  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  21.64 
 
 		 290 aa  59.7  0.00000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  22.17 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  22.17 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.88 
 
 		 288 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  21.74 
 
 		 285 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  24.41 
 
 		 288 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0894  transcriptional regulator  21.68 
 
 		 289 aa  58.2  0.0000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 285 aa  58.5  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3022  transcriptional regulator, RpiR family  23.81 
 
 		 262 aa  57.4  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0042  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  26.22 
 
 		 267 aa  57.8  0.0000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2392  sugar isomerase (SIS)  25.12 
 
 		 254 aa  57.4  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2832  RpiR family transcriptional regulator  20.44 
 
 		 319 aa  57.4  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.233384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2349  RpiR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 254 aa  57.4  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 284 aa  57.8  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 304 aa  57.8  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  26.09 
 
 		 273 aa  57.8  0.0000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2499  RpiR family transcriptional regulator  21.93 
 
 		 244 aa  57  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 334 aa  57  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3662  transcriptional regulator, RpiR family  24.11 
 
 		 251 aa  57.4  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.078396  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  21.74 
 
 		 285 aa  57  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3018  RpiR family transcriptional regulator  22.81 
 
 		 256 aa  57  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  22.71 
 
 		 285 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1556  putative transcription regulation repressor HEXR transcription regulator protein  21.26 
 
 		 277 aa  56.2  0.0000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.889642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  23.23 
 
 		 304 aa  55.8  0.0000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0722  RpiR family transcriptional regulator  23.14 
 
 		 286 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.23938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1522  transcriptional regulator, RpiR family  23.64 
 
 		 301 aa  55.8  0.0000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0181901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 306 aa  55.8  0.0000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 284 aa  55.8  0.0000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.83 
 
 		 288 aa  55.5  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 289 aa  55.5  0.0000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.76 
 
 		 285 aa  55.5  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.76 
 
 		 285 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 281 aa  55.1  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.66 
 
 		 301 aa  55.1  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.66 
 
 		 289 aa  54.7  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.66 
 
 		 301 aa  55.1  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0070  RpiR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 269 aa  54.7  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2382  helix-turn-helix protein RpiR  21.95 
 
 		 290 aa  54.3  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2339  RpiR family transcriptional regulator  21.95 
 
 		 290 aa  54.3  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.146388  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  20.59 
 
 		 299 aa  54.7  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 332 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0416  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  21.43 
 
 		 286 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 339 aa  53.5  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  22.55 
 
 		 313 aa  53.9  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  24.87 
 
 		 278 aa  53.9  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.94 
 
 		 289 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 332 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 339 aa  53.9  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 332 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  22.42 
 
 		 284 aa  53.5  0.000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.23 
 
 		 290 aa  53.1  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>