More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4024 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007511  Bcep18194_B1902  RNA polymerase, sigma 38 subunit, RpoS  85.58 
 
 
511 aa  816    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0398059  normal  0.510287 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4460  RpoD family RNA polymerase sigma factor  80.57 
 
 
525 aa  730    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.217948  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3387  RpoD family RNA polymerase sigma factor  86.35 
 
 
511 aa  820    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.366647 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4024  RpoD family RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
520 aa  1014    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.2717 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4234  RNA polymerase, sigma 38 subunit, RpoS  86.76 
 
 
514 aa  822    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3543  RNA polymerase, sigma 38 subunit, RpoS  95.58 
 
 
516 aa  927    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.582452  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4132  RNA polymerase, sigma 38 subunit, RpoS  86.76 
 
 
514 aa  822    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.341891 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.55 
 
 
707 aa  296  6e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  30.15 
 
 
746 aa  279  8e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6013  sigma-70 region 1.2  33.61 
 
 
624 aa  276  7e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  30.82 
 
 
754 aa  273  6e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  30.8 
 
 
584 aa  273  6e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2388  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  30.25 
 
 
656 aa  271  2e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  30.38 
 
 
801 aa  271  2e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  31.33 
 
 
635 aa  271  2e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  30.83 
 
 
781 aa  271  2.9999999999999997e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  30.88 
 
 
797 aa  271  2.9999999999999997e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0976  sigma 70 (RpoD)  31.45 
 
 
614 aa  270  5e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.741163  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  30.37 
 
 
808 aa  270  5e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  31.35 
 
 
697 aa  265  2e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3089  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.18 
 
 
577 aa  261  2e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  30.33 
 
 
586 aa  258  2e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3572  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.19 
 
 
618 aa  257  4e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00998328  normal  0.692055 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1626  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  30.63 
 
 
688 aa  254  3e-66  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04069  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.46 
 
 
624 aa  249  7e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41319  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.46 
 
 
608 aa  249  1e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.53 
 
 
623 aa  248  2e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.2 
 
 
623 aa  247  3e-64  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.06 
 
 
698 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.06 
 
 
717 aa  245  9.999999999999999e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  48.03 
 
 
594 aa  245  9.999999999999999e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.06 
 
 
714 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.06 
 
 
711 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.97 
 
 
855 aa  245  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.69 
 
 
629 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.39 
 
 
602 aa  244  1.9999999999999999e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.06 
 
 
702 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.06 
 
 
717 aa  245  1.9999999999999999e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.06 
 
 
702 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.67 
 
 
666 aa  244  3e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  45 
 
 
656 aa  243  7e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  46.06 
 
 
621 aa  243  7e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  46.06 
 
 
621 aa  243  7e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.67 
 
 
666 aa  243  7e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.67 
 
 
667 aa  243  7.999999999999999e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.37 
 
 
667 aa  242  1e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.67 
 
 
718 aa  242  1e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.1 
 
 
649 aa  241  2e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.28 
 
 
685 aa  241  2e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.28 
 
 
683 aa  241  2e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.22 
 
 
612 aa  241  2e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.06 
 
 
650 aa  241  2e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.58 
 
 
598 aa  241  2e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.09 
 
 
783 aa  241  2.9999999999999997e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.28 
 
 
665 aa  241  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.38 
 
 
586 aa  241  2.9999999999999997e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.56 
 
 
669 aa  241  2.9999999999999997e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  45.45 
 
 
599 aa  240  4e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  45.38 
 
 
584 aa  240  4e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0718  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.69 
 
 
617 aa  240  4e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07520  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.69 
 
 
617 aa  240  4e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0627024  normal  0.302038 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.58 
 
 
619 aa  240  4e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2215  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.84 
 
 
755 aa  240  5e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.28 
 
 
666 aa  240  5e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.28 
 
 
659 aa  240  5e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3049  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45 
 
 
582 aa  240  5e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000323778  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2027  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.56 
 
 
821 aa  239  5.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2420  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.56 
 
 
829 aa  239  5.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.814829  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.1 
 
 
684 aa  240  5.999999999999999e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.1 
 
 
681 aa  239  6.999999999999999e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.28 
 
 
595 aa  239  6.999999999999999e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.02 
 
 
664 aa  239  6.999999999999999e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.69 
 
 
638 aa  239  9e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.1 
 
 
685 aa  239  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.88 
 
 
696 aa  239  1e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.85 
 
 
664 aa  239  1e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.1 
 
 
685 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.88 
 
 
710 aa  238  1e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1189  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.06 
 
 
666 aa  238  2e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.920411  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD-like  45.38 
 
 
579 aa  238  2e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309099  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.49 
 
 
668 aa  238  2e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  47.18 
 
 
612 aa  238  2e-61  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.95 
 
 
620 aa  238  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.49 
 
 
664 aa  238  3e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.56 
 
 
668 aa  238  3e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.55 
 
 
615 aa  237  3e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.56 
 
 
667 aa  238  3e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.88 
 
 
674 aa  238  3e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.56 
 
 
668 aa  238  3e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  42.56 
 
 
614 aa  237  4e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  45.67 
 
 
602 aa  236  7e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.71 
 
 
668 aa  236  7e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.32 
 
 
620 aa  236  8e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.71 
 
 
805 aa  236  8e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.71 
 
 
680 aa  236  9e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.71 
 
 
805 aa  236  9e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1520  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.71 
 
 
736 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.71 
 
 
681 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4813  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.71 
 
 
804 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.71 
 
 
805 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>