More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5598 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5598  GntR domain protein  100 
 
 		 256 aa  501  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1647  GntR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0375672 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1150  GntR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 257 aa  104  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.587484 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5838  GntR domain-containing protein  32.39 
 
 		 220 aa  102  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 248 aa  97.1  3e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  30.41 
 
 		 252 aa  96.3  4e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000610321  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 249 aa  95.5  8e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 252 aa  94.7  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5756  GntR domain protein  35.59 
 
 		 236 aa  93.2  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.294858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  29.46 
 
 		 240 aa  91.7  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 268 aa  90.9  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5550  putative GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 240 aa  90.9  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  29.46 
 
 		 240 aa  90.5  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  29.36 
 
 		 243 aa  89.7  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1298  GntR domain protein  32.13 
 
 		 242 aa  90.1  4e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0878835  normal  0.515032 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 247 aa  89  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 233 aa  89  7e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3974  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 231 aa  89  8e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  31.38 
 
 		 253 aa  87.8  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 241 aa  87.4  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0560  GntR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 337 aa  87  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.925079  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  27.59 
 
 		 238 aa  87.4  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3584  GntR-like  31.19 
 
 		 275 aa  87  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3345  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.72 
 
 		 268 aa  87.4  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.956466  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  30.73 
 
 		 241 aa  86.7  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  31.67 
 
 		 250 aa  87  3e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  31.8 
 
 		 235 aa  86.7  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2645  GntR domain protein  30.9 
 
 		 254 aa  86.3  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0095  transcriptional regulator NanR  31.6 
 
 		 237 aa  85.9  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 247 aa  85.9  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  29.49 
 
 		 245 aa  86.3  5e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  30.84 
 
 		 227 aa  85.9  5e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0918  GntR domain-containing protein  31.14 
 
 		 262 aa  85.9  6e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  31.58 
 
 		 237 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3067  transcriptional regulator NanR  29.65 
 
 		 258 aa  85.5  8e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0862108 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  30.49 
 
 		 247 aa  85.1  9e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  31.14 
 
 		 237 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  30.4 
 
 		 273 aa  84.7  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1915  GntR domain-containing protein  31.82 
 
 		 227 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.249377 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  31.3 
 
 		 243 aa  84.3  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5755  GntR domain protein  34.29 
 
 		 234 aa  84  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0307  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 234 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  32.3 
 
 		 232 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  27.4 
 
 		 273 aa  84.3  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  28.45 
 
 		 241 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43340  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  37.06 
 
 		 259 aa  83.6  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.180109  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0561  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 225 aa  83.2  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3756  GntR domain protein  31.22 
 
 		 234 aa  83.2  0.000000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  29.46 
 
 		 240 aa  82.4  0.000000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 247 aa  82.4  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0753  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 256 aa  82  0.000000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2187  GntR domain-containing protein  31.08 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00327996  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6133  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  33.33 
 
 		 251 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4648  transcriptional regulator NanR  28.57 
 
 		 234 aa  81.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462339  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 254 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0940  GntR domain protein  31.05 
 
 		 239 aa  80.5  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.120535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  30.77 
 
 		 249 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  30.36 
 
 		 246 aa  80.5  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 245 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4937  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  37.36 
 
 		 256 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100111 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5490  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  37.36 
 
 		 256 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.290272  hitchhiker  0.000168771 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6337  GntR domain-containing protein  31.1 
 
 		 226 aa  80.5  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0092025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  27.03 
 
 		 229 aa  79.7  0.00000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  30.67 
 
 		 227 aa  79.3  0.00000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 251 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  30.32 
 
 		 249 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1342  GntR domain protein  29.79 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00721185  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  28.77 
 
 		 244 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4763  transcriptional regulator NanR  28.15 
 
 		 235 aa  78.6  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436481  normal  0.284781 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0699  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  26.48 
 
 		 249 aa  78.2  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  29.86 
 
 		 249 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0034  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  31.36 
 
 		 256 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 251 aa  77.8  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 272 aa  78.2  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70710  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  36.57 
 
 		 251 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.996223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1636  GntR domain-containing protein  29 
 
 		 266 aa  77.8  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000195276  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  32.3 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0204  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  37.34 
 
 		 257 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.502813 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  26.99 
 
 		 235 aa  77.4  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  32.03 
 
 		 253 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0711  GntR domain-containing protein  32.88 
 
 		 243 aa  77.4  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.121808 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  25.91 
 
 		 243 aa  77  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  29.61 
 
 		 240 aa  77  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  27.68 
 
 		 228 aa  77  0.0000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  29.22 
 
 		 239 aa  77  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  32.03 
 
 		 238 aa  77  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0527  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 252 aa  76.6  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000211713  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 262 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.36 
 
 		 255 aa  76.3  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 274 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 268 aa  75.9  0.0000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  30.64 
 
 		 272 aa  75.9  0.0000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  29.28 
 
 		 262 aa  75.9  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  29.77 
 
 		 241 aa  75.9  0.0000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  27.68 
 
 		 228 aa  75.9  0.0000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  28.9 
 
 		 239 aa  75.9  0.0000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3742  GntR domain-containing protein  28.84 
 
 		 269 aa  75.5  0.0000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 255 aa  75.1  0.0000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 255 aa  75.5  0.0000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>