More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0307 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0307  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 234 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5244  transcriptional regulator, GntR family  74.67 
 
 		 234 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0299  transcriptional regulator GntR  74.22 
 
 		 234 aa  335  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1915  GntR domain-containing protein  71.43 
 
 		 227 aa  323  1e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.249377 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5458  GntR family transcriptional regulator  72.05 
 
 		 235 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0202698 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3389  GntR domain protein  46.05 
 
 		 230 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.422325  hitchhiker  0.000247854 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2597  GntR domain-containing protein  47.19 
 
 		 230 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000130942 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0567  GntR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 234 aa  193  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.837361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0645  GntR domain-containing protein  46.09 
 
 		 230 aa  191  8e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0566  GntR domain-containing protein  46.49 
 
 		 239 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821673  normal  0.241322 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0612  GntR domain-containing protein  46.09 
 
 		 240 aa  190  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.151617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0540  GntR domain-containing protein  46.49 
 
 		 239 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0230635  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0162  GntR-like  46.09 
 
 		 291 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496913  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3731  GntR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 230 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.069841  normal  0.381268 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2741  GntR domain-containing protein  46.09 
 
 		 240 aa  188  8e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0412292  normal  0.462713 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2462  GntR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 230 aa  180  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3461  GntR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 230 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.488404  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1242  GntR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 230 aa  180  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3324  GntR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 230 aa  180  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3424  GntR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 230 aa  180  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.332431  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0381  GntR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 230 aa  180  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1202  GntR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3459  GntR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 230 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5075  GntR domain-containing protein  45.21 
 
 		 262 aa  176  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.805672  normal  0.0518495 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 		 233 aa  114  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3484  GntR domain-containing protein  35.78 
 
 		 232 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0607093  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2978  GntR domain-containing protein  34.68 
 
 		 229 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2254  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 232 aa  112  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.385472  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1885  GntR domain-containing protein  35.12 
 
 		 234 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.219739  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  30.88 
 
 		 239 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2102  transcription regulator protein  35.24 
 
 		 254 aa  106  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1728  GntR domain-containing protein  33.97 
 
 		 234 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0212  GntR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 255 aa  104  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  31.34 
 
 		 245 aa  103  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4879  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 234 aa  101  9e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  32.29 
 
 		 241 aa  99.4  5e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  32.84 
 
 		 233 aa  98.6  7e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  31.67 
 
 		 238 aa  96.3  3e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0272  GntR domain protein  34.88 
 
 		 232 aa  96.7  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.554263 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 249 aa  96.3  4e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0016  GntR domain protein  35.53 
 
 		 254 aa  95.5  6e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0637  GntR domain-containing protein  36.1 
 
 		 252 aa  95.5  6e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  36.49 
 
 		 255 aa  95.5  7e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0011  GntR domain protein  35.68 
 
 		 254 aa  95.1  8e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 255 aa  94.7  9e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  32.72 
 
 		 235 aa  95.1  9e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0035  GntR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 233 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.840145  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  33.18 
 
 		 250 aa  93.2  3e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  33.18 
 
 		 255 aa  93.6  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43340  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  31.86 
 
 		 259 aa  92.4  6e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.180109  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21660  transcriptional regulator, GntR family  33.64 
 
 		 235 aa  92  7e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 252 aa  90.5  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6461  GntR domain protein  30.14 
 
 		 257 aa  90.1  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0712738  hitchhiker  0.00000516822 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01470  putative transcriptional regulator  32.37 
 
 		 228 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.763826 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  34.93 
 
 		 233 aa  89.7  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 229 aa  90.1  3e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 225 aa  89.4  4e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0195  putative transcriptional regulator  31.88 
 
 		 228 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.361489  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  29.61 
 
 		 240 aa  89.4  4e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3974  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 231 aa  88.6  7e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1453  GntR domain protein  33.64 
 
 		 231 aa  88.2  9e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1666  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 255 aa  87.8  1e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5470  GntR domain protein  37.09 
 
 		 233 aa  87.8  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  28.18 
 
 		 240 aa  87.8  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  33.02 
 
 		 253 aa  88.2  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3536  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 247 aa  88.2  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1034  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 255 aa  87  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.369271  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  34.34 
 
 		 255 aa  87  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2695  GntR domain-containing protein  34.34 
 
 		 255 aa  87  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0648967 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0231  GntR domain-containing protein  33.92 
 
 		 268 aa  87.4  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0753  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 256 aa  87.4  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3004  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 230 aa  86.7  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0317071  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  30.61 
 
 		 231 aa  85.9  4e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  34.16 
 
 		 249 aa  86.3  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1255  GntR domain-containing protein  33.74 
 
 		 234 aa  85.9  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  27.01 
 
 		 227 aa  85.5  6e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.58 
 
 		 255 aa  85.5  7e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02849  DNA-binding transcriptional dual regulator, glycolate-binding  29.78 
 
 		 254 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0051984  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0716  GntR domain protein  29.78 
 
 		 254 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3153  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  29.78 
 
 		 254 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02799  hypothetical protein  29.78 
 
 		 254 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00647704  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5756  GntR domain protein  34.58 
 
 		 236 aa  84.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.294858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0720  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  29.78 
 
 		 254 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3258  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  29.78 
 
 		 256 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  30 
 
 		 248 aa  84.7  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5531  putative GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3440  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  29.78 
 
 		 254 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3756  GntR domain protein  34.76 
 
 		 234 aa  84  0.000000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 229 aa  84.3  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 265 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 236 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2274  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 232 aa  83.2  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000375173  decreased coverage  0.000000235359 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70710  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  31.36 
 
 		 251 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.996223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4399  GntR domain protein  34.52 
 
 		 250 aa  82.8  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 243 aa  82.8  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  33.33 
 
 		 273 aa  82.8  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5153  GntR domain-containing protein  31.92 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.25689  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  30.15 
 
 		 241 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1647  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 289 aa  82.4  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0375672 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  32.13 
 
 		 244 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>