More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5838 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5838  GntR domain-containing protein  100 
 
 		 220 aa  445  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1150  GntR family transcriptional regulator  50.46 
 
 		 257 aa  197  7.999999999999999e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.587484 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0918  GntR domain-containing protein  46.54 
 
 		 262 aa  166  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1647  GntR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 289 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0375672 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5598  GntR domain protein  32.39 
 
 		 256 aa  91.3  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2607  GntR domain protein  34.15 
 
 		 234 aa  88.6  6e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0794563 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  30 
 
 		 250 aa  85.5  6e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  30.14 
 
 		 233 aa  82.8  0.000000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 238 aa  81.3  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  29.19 
 
 		 240 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  32.02 
 
 		 227 aa  80.5  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3432  GntR domain protein  31.43 
 
 		 252 aa  80.1  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  31.47 
 
 		 255 aa  79.7  0.00000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5148  GntR domain protein  31.16 
 
 		 258 aa  79.7  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.178203  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6461  GntR domain protein  30.84 
 
 		 257 aa  78.2  0.00000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0712738  hitchhiker  0.00000516822 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0399  GntR domain protein  31.66 
 
 		 224 aa  78.2  0.00000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  31.31 
 
 		 237 aa  77.4  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  28.5 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  29.44 
 
 		 228 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  29.67 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  32.23 
 
 		 264 aa  75.9  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6767  GntR domain protein  30.1 
 
 		 240 aa  75.9  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1298  GntR domain protein  33.17 
 
 		 242 aa  75.9  0.0000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0878835  normal  0.515032 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 255 aa  75.5  0.0000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0839  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 235 aa  75.5  0.0000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.642765  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  30.95 
 
 		 251 aa  75.1  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5550  putative GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 240 aa  75.1  0.0000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  29.15 
 
 		 239 aa  75.1  0.0000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  32.21 
 
 		 273 aa  74.7  0.0000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  31.13 
 
 		 246 aa  74.7  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1915  GntR domain-containing protein  31.46 
 
 		 227 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.249377 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  30.1 
 
 		 236 aa  74.7  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3534  GntR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 248 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0913049  normal  0.268016 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  29.61 
 
 		 236 aa  73.6  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2645  GntR domain protein  28.02 
 
 		 254 aa  73.9  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0307  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 234 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  33.18 
 
 		 251 aa  73.2  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  27.4 
 
 		 249 aa  72.8  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  28.18 
 
 		 241 aa  72.8  0.000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0095  transcriptional regulator NanR  29.05 
 
 		 237 aa  72.4  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3742  GntR domain-containing protein  27.75 
 
 		 269 aa  72.8  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  25.24 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0977  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 219 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3688  GntR domain protein  29.47 
 
 		 248 aa  72.4  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0561  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 225 aa  72  0.000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1464  GntR domain protein  34.18 
 
 		 249 aa  71.6  0.000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.232072 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2365  GntR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 251 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0740393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3533  transcriptional regulator NanR  28.23 
 
 		 242 aa  70.9  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.606366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7371  transcriptional regulator NanR  31.6 
 
 		 260 aa  71.2  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0560  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 337 aa  70.5  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.925079  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3603  transcriptional regulator NanR  28.23 
 
 		 260 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.445383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 233 aa  70.5  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3638  transcriptional regulator NanR  28.23 
 
 		 260 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.492438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3700  transcriptional regulator NanR  28.23 
 
 		 260 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1141  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 233 aa  70.1  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.536549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3531  transcriptional regulator NanR  28.23 
 
 		 260 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0974768  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0272  GntR domain protein  30.66 
 
 		 232 aa  70.1  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.554263 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5854  GntR domain protein  31.71 
 
 		 240 aa  69.7  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.712492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0753  GntR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 256 aa  69.7  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 247 aa  69.7  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3744  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  30.73 
 
 		 263 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0699  GntR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 223 aa  68.9  0.00000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2019  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  30.73 
 
 		 254 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.230363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2703  GntR domain-containing protein  30.5 
 
 		 225 aa  68.9  0.00000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.121781  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2541  transcriptional regulator  30.87 
 
 		 226 aa  68.6  0.00000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.714268 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0034  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  29.52 
 
 		 256 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  31.4 
 
 		 238 aa  68.6  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  25.91 
 
 		 238 aa  68.6  0.00000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3530  GntR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 247 aa  68.2  0.00000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0642963  normal  0.159703 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5756  GntR domain protein  31.9 
 
 		 236 aa  67.8  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.294858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 251 aa  67.8  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3193  GntR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 248 aa  67.8  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1084  regulatory protein GntR HTH  32.07 
 
 		 226 aa  67.8  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00753008  hitchhiker  0.00000253482 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  31.19 
 
 		 234 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3974  GntR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 231 aa  67.8  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1636  GntR domain-containing protein  28.78 
 
 		 266 aa  68.2  0.0000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000195276  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3646  putative transcriptional regulator  30.16 
 
 		 215 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.305132  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3599  GntR domain-containing protein  28.64 
 
 		 251 aa  66.6  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  27.45 
 
 		 215 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1277  GntR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 244 aa  67.4  0.0000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.460205  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 245 aa  67  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8203  transcriptional regulator, GntR family  30.15 
 
 		 224 aa  67  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5490  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  30.49 
 
 		 256 aa  67  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.290272  hitchhiker  0.000168771 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 240 aa  66.6  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4937  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  30.49 
 
 		 256 aa  67  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100111 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43480  GntR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 215 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  27.23 
 
 		 231 aa  66.6  0.0000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3662  transcriptional regulator NanR  28.1 
 
 		 260 aa  67  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.215207  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2734  GntR domain protein  29.38 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.341989  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43340  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  29.58 
 
 		 259 aa  66.6  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.180109  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 234 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4399  GntR domain protein  29.81 
 
 		 250 aa  66.6  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 255 aa  66.6  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2520  GntR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 238 aa  66.2  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 270 aa  66.6  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0204  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  33.77 
 
 		 257 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.502813 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0356  GntR domain-containing protein  29.73 
 
 		 238 aa  66.2  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  28.99 
 
 		 253 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5347  transcriptional regulator GntR family  29.44 
 
 		 242 aa  65.9  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5379  GntR domain-containing protein  30.32 
 
 		 234 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.791423  normal  0.648453 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>