More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3688 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3688  GntR domain protein  100 
 
 		 248 aa  495  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3530  GntR family transcriptional regulator  76.11 
 
 		 247 aa  373  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0642963  normal  0.159703 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2217  GntR domain protein  45.27 
 
 		 239 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4144  GntR family transcriptional regulator  47.11 
 
 		 238 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.278058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2064  GntR domain-containing protein  39.73 
 
 		 238 aa  163  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000113894  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4214  GntR domain-containing protein  40.09 
 
 		 266 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.827392 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1981  GntR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 238 aa  145  6e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000358345  normal  0.05165 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1993  GntR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 238 aa  145  6e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000185576  unclonable  0.0000207183 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2068  GntR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 238 aa  145  6e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000911573  hitchhiker  0.00000303995 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49240  GntR family regulatory protein  37.89 
 
 		 240 aa  144  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3773  transcriptional regulator, GntR family  37.89 
 
 		 237 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38941  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2142  GntR domain protein  37.89 
 
 		 238 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.530271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1994  GntR domain-containing protein  38.33 
 
 		 240 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.122046  normal  0.944631 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1707  transcriptional regulator GntR  37.44 
 
 		 237 aa  142  5e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0401914  normal  0.758482 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3228  GntR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 239 aa  139  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.542599  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1908  GntR domain protein  34.51 
 
 		 261 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.287646  normal  0.900413 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1724  GntR domain protein  36 
 
 		 261 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.308508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0804  GntR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 240 aa  136  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4115  galactonate operon transcriptional repressor  34.43 
 
 		 229 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4164  galactonate operon transcriptional repressor  34.43 
 
 		 229 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.935326  normal  0.912647 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4222  galactonate operon transcriptional repressor  34.43 
 
 		 229 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3460  GntR domain-containing protein  37.28 
 
 		 248 aa  135  8e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.612558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0901  GntR-like  35.51 
 
 		 246 aa  135  9e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03578  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.84 
 
 		 229 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.753742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0008  GntR domain protein  34.84 
 
 		 229 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03522  hypothetical protein  34.84 
 
 		 229 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.700459  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3667  GntR domain-containing protein  34.08 
 
 		 245 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0203377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3907  galactonate operon transcriptional repressor  34.84 
 
 		 229 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1098  galactonate operon transcriptional repressor  34.84 
 
 		 229 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4204  galactonate operon transcriptional repressor  34.84 
 
 		 229 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.763278  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0008  GntR domain-containing protein  34.84 
 
 		 229 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4060  galactonate operon transcriptional repressor  34.84 
 
 		 229 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0746  GntR-like protein  39.42 
 
 		 241 aa  133  3e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5704  GntR domain protein  43.98 
 
 		 254 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0006  GntR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 229 aa  131  7.999999999999999e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3599  GntR domain-containing protein  34.43 
 
 		 251 aa  131  9e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0046  GntR domain-containing protein  39.91 
 
 		 235 aa  131  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1327  GntR domain-containing protein  38.94 
 
 		 246 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190888  normal  0.291118 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0434  GntR domain-containing protein  35.87 
 
 		 287 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0144479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4894  GntR domain-containing protein  34.4 
 
 		 229 aa  129  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000861781  hitchhiker  0.000000633527 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0894  GntR-like  34.67 
 
 		 253 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0123  regulatory protein GntR HTH  37.27 
 
 		 261 aa  128  9.000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5012  GntR domain protein  40.27 
 
 		 239 aa  127  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.474023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0041  GntR domain-containing protein  32.41 
 
 		 252 aa  127  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.340559 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0022  GntR domain protein  33.18 
 
 		 232 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3532  GntR-like  32.76 
 
 		 244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2718  GntR domain-containing protein  35.43 
 
 		 252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1785  GntR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 244 aa  125  5e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.751701  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1092  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 238 aa  125  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.191594 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1414  GntR domain-containing protein  37 
 
 		 241 aa  125  6e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4912  GntR domain-containing protein  36.52 
 
 		 244 aa  125  9e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.47011 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0885  GntR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 239 aa  123  3e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1414  GntR domain-containing protein  35.09 
 
 		 250 aa  122  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455285  normal  0.0932364 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3614  GntR domain-containing protein  37.44 
 
 		 250 aa  122  6e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.661468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2590  GntR domain-containing protein  35.43 
 
 		 234 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1867  GntR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 245 aa  122  7e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1284  GntR domain-containing protein  36 
 
 		 274 aa  120  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0100582 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1451  GntR domain-containing protein  32.88 
 
 		 238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1472  GntR domain-containing protein  32.88 
 
 		 238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3082  GntR domain-containing protein  36.06 
 
 		 241 aa  119  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0951451 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2414  GntR domain-containing protein  37.12 
 
 		 253 aa  120  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.493248  normal  0.355489 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03641  predicted transcriptional regulator  32.88 
 
 		 230 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000792391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4212  GntR domain protein  32.88 
 
 		 230 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000974871  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4239  GntR domain-containing protein  32.88 
 
 		 230 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000023918  decreased coverage  0.00261992 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5191  transcriptional regulator, GntR family  32.88 
 
 		 230 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000012685  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03586  hypothetical protein  32.88 
 
 		 230 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000443765  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4271  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 230 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000161964  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4123  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 230 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000860554  normal  0.0423809 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3974  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 230 aa  119  6e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000445513  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0657  GntR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 261 aa  119  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.483285 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4164  transcriptional regulator, GntR family  32.43 
 
 		 230 aa  118  7e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000255806  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0011  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 229 aa  118  9e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000398907  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0011  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 229 aa  118  9e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000019573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4206  GntR domain-containing protein  30.77 
 
 		 229 aa  118  9e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000481189  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3302  GntR domain protein  35.71 
 
 		 268 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.826091 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4280  GntR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 234 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.003808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4115  transcriptional regulator, GntR family  33.48 
 
 		 234 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000173473  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4221  GntR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 234 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000881899  normal  0.895287 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4100  transcriptional regulator, GntR family  33.48 
 
 		 234 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000122034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2054  GntR-like  36.32 
 
 		 192 aa  115  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2694  GntR domain-containing protein  36.32 
 
 		 192 aa  115  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4171  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 234 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000336109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2665  GntR domain-containing protein  36.32 
 
 		 192 aa  115  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2198  GntR domain protein  38.25 
 
 		 241 aa  115  6e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000682007 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6253  GntR domain protein  34.42 
 
 		 256 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.783578 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1667  GntR domain-containing protein  32.73 
 
 		 248 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0248117 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0150  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0405244  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1259  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.268862  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1974  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1742  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2512  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 239 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.289571  normal  0.109373 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1016  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.181354  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1821  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746086  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1682  GntR domain-containing protein  32.88 
 
 		 238 aa  113  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.119908 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4109  GntR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 230 aa  113  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000434106  decreased coverage  0.00494792 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3422  GntR domain protein  34.83 
 
 		 244 aa  113  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4692  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 238 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.468803  normal  0.750448 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1725  GntR domain protein  33.33 
 
 		 241 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1526  GntR domain-containing protein  32.88 
 
 		 238 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.72314 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1550  GntR domain-containing protein  32.88 
 
 		 238 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>