More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2923 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 711 aa  1458    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  21.15 
 
 		 717 aa  127  5e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  23.95 
 
 		 725 aa  99  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  22.96 
 
 		 729 aa  98.6  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  26.05 
 
 		 678 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  40.23 
 
 		 693 aa  77  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  21.89 
 
 		 691 aa  76.6  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  40.7 
 
 		 382 aa  74.3  0.000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  34.41 
 
 		 712 aa  72.8  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  40.24 
 
 		 512 aa  72.4  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  40.24 
 
 		 512 aa  72.4  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  40.24 
 
 		 512 aa  72.4  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  40.24 
 
 		 512 aa  72.4  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  40.24 
 
 		 512 aa  72.4  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  40.24 
 
 		 512 aa  72.4  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  40.24 
 
 		 512 aa  72.4  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  30.94 
 
 		 756 aa  71.6  0.00000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  39.02 
 
 		 512 aa  70.9  0.00000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  23.49 
 
 		 772 aa  69.3  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  26.18 
 
 		 714 aa  68.6  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0554  putative transcriptional regulator, CadC  21.49 
 
 		 702 aa  67.8  0.0000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0164253 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  35.53 
 
 		 1102 aa  67  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  26.15 
 
 		 715 aa  67  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5390  two component transcriptional regulator, winged helix family  31 
 
 		 243 aa  66.6  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  37.21 
 
 		 518 aa  66.6  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  39.53 
 
 		 294 aa  66.6  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4558  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  37.89 
 
 		 323 aa  65.5  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0557135 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  22.37 
 
 		 774 aa  65.5  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1871  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.7 
 
 		 226 aa  64.3  0.000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.105791  normal  0.266081 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1101  transcriptional regulator domain-containing protein  30.23 
 
 		 713 aa  63.9  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000631181  hitchhiker  0.00725129 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0652  transcriptional regulator  33.02 
 
 		 348 aa  63.5  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2903  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.63 
 
 		 234 aa  63.2  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  25.16 
 
 		 522 aa  62.8  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08380  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  36.26 
 
 		 244 aa  63.2  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0276649  normal  0.165598 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  27.08 
 
 		 711 aa  62.8  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  39.51 
 
 		 514 aa  62.4  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  39.51 
 
 		 395 aa  62.4  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0214  transcriptional regulator  33.02 
 
 		 348 aa  62.4  0.00000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.634876 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  39.51 
 
 		 514 aa  62.4  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  39.51 
 
 		 514 aa  62.4  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 591 aa  62  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  39.51 
 
 		 514 aa  62.4  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.88 
 
 		 542 aa  62  0.00000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 658 aa  61.6  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  30.1 
 
 		 521 aa  61.2  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.18 
 
 		 412 aa  61.6  0.00000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3544  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  35.4 
 
 		 945 aa  61.2  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0810782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  34.94 
 
 		 290 aa  61.2  0.00000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0794  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  36.19 
 
 		 724 aa  60.8  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4234  transcriptional regulatory protein-like  22.94 
 
 		 469 aa  60.8  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02660  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  27.62 
 
 		 253 aa  60.1  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.646611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  27.59 
 
 		 409 aa  60.1  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3729  two component transcriptional regulator  35.87 
 
 		 231 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  39.44 
 
 		 292 aa  60.5  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1394  two component transcriptional regulator  32.38 
 
 		 236 aa  60.1  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000024965  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7033  transcriptional regulator  36.78 
 
 		 601 aa  60.1  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00572019  normal  0.346224 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1848  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.02 
 
 		 236 aa  60.1  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0065624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  32.53 
 
 		 1092 aa  59.3  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  36.36 
 
 		 1131 aa  59.7  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1462  transcriptional regulator  36.78 
 
 		 601 aa  60.1  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2656  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.69 
 
 		 541 aa  59.7  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0725  putative transcriptional regulator, CadC  31.43 
 
 		 305 aa  59.7  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6366  transcriptional regulator  36.78 
 
 		 601 aa  60.1  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0231  two component LuxR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 330 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523638  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6380  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.21 
 
 		 223 aa  59.3  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.654273  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1487  two component transcriptional regulator, winged helix family  33 
 
 		 232 aa  58.9  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.487145  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1222  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 235 aa  59.3  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43340  two-component response regulator KdpE  31 
 
 		 230 aa  58.9  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807414  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4873  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.99 
 
 		 228 aa  58.9  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0727597  normal  0.414949 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1734  ATPase-like protein  28.04 
 
 		 977 aa  58.9  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4972  transcriptional regulator  39.29 
 
 		 877 aa  58.5  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.311827 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0937  transcriptional regulator, CadC  26.83 
 
 		 696 aa  58.5  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0901523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1269  two component transcriptional regulator  32.99 
 
 		 228 aa  58.2  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0908  two component transcriptional regulator  35.92 
 
 		 395 aa  58.2  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.446668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  27.87 
 
 		 618 aa  58.2  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1539  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.59 
 
 		 222 aa  57.8  0.0000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000287281  normal  0.103291 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  33.93 
 
 		 591 aa  58.2  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1815  two component heavy metal response transcriptional regulator  31.63 
 
 		 224 aa  57.8  0.0000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.275759  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  39.19 
 
 		 479 aa  58.2  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3778  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.53 
 
 		 232 aa  58.2  0.0000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0820994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5021  DNA-binding response regulator  27.96 
 
 		 233 aa  58.2  0.0000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0330449  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5241  LuxR family DNA-binding response regulator  28.95 
 
 		 330 aa  57.8  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0256  DNA-binding response regulator  27.96 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0242  response regulator  27.96 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0245  response regulator  27.96 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0296  DNA-binding response regulator  27.96 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0322  DNA-binding response regulator  27.96 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000418869  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0271  DNA-binding response regulator  27.96 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.439326  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0819  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.91 
 
 		 246 aa  57.8  0.0000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6123  transcriptional regulator, winged helix family  30.85 
 
 		 1010 aa  57.8  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  36.62 
 
 		 762 aa  57.8  0.0000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2084  DNA-binding heavy metal response regulator  35.05 
 
 		 230 aa  57.8  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000771382  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0303  DNA-binding response regulator  27.96 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0610099  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2192  two component heavy metal response transcriptional regulator  35.05 
 
 		 230 aa  57.8  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3363  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.91 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00866984  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0294  DNA-binding response regulator  26.47 
 
 		 233 aa  57.4  0.0000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2051  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  30.3 
 
 		 230 aa  57.8  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191031  normal  0.53595 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2146  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.3 
 
 		 228 aa  57.4  0.0000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2480  DNA-binding heavy metal response regulator  35.05 
 
 		 230 aa  57.8  0.0000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000187636  normal  0.518539 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0847  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  28.28 
 
 		 700 aa  57.4  0.0000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.704427  normal  0.802494 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>