90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4356 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4356  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 210 aa  418  1e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.855391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3257  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 207 aa  147  9e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255027  decreased coverage  0.000226088 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2249  TetR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 214 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.672555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4616  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 216 aa  138  7e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0368196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0267  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 211 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.700682  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0242  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 210 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0183309 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5409  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 208 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.394363  hitchhiker  0.00700115 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0257  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 210 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0562904  normal  0.0230468 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5311  transcriptional regulator, TetR family  32.2 
 
 		 210 aa  104  9e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4869  regulatory protein, TetR  32.04 
 
 		 224 aa  104  9e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3239  TetR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 234 aa  104  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.727709  normal  0.0945396 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0385  transcriptional regulator AguR  33.33 
 
 		 211 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03840  transcriptional regulator AguR  33.33 
 
 		 221 aa  102  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0339  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 213 aa  100  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.736532 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1652  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 228 aa  94  1e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4626  TetR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 219 aa  91.3  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.468932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4970  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 208 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0217357 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0249  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 238 aa  84  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1329  TetR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 246 aa  74.3  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000000704239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1044  TetR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 230 aa  72.4  0.000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000181846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2342  regulatory protein, TetR  27.14 
 
 		 216 aa  58.9  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.391158 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2836  transcriptional regulator, TetR family  26.24 
 
 		 207 aa  57.8  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00562159  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3999  regulatory protein, TetR  27.94 
 
 		 258 aa  53.1  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163281  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4772  transcriptional regulator, TetR family  26.56 
 
 		 184 aa  52  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2751  putative transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 229 aa  51.6  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0359606 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3914  putative transcriptional regulator  27.86 
 
 		 234 aa  50.8  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.201642  normal  0.600336 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  30.09 
 
 		 251 aa  50.8  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5412  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 212 aa  49.7  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00435132  normal  0.234222 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1996  regulatory protein TetR  27.27 
 
 		 215 aa  48.9  0.00006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4804  transcriptional regulator, TetR family  36.62 
 
 		 201 aa  48.1  0.00008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.120851  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1637  transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 		 227 aa  48.1  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0178246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4635  regulatory protein, TetR  30.07 
 
 		 226 aa  47.4  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1790  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 211 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.305772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1856  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 211 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.337362 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1809  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 211 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.300582  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3613  regulatory protein, TetR  35.37 
 
 		 243 aa  46.6  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 		 194 aa  46.2  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1275  transcriptional regulator, TetR family  40.62 
 
 		 214 aa  46.2  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4467  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 206 aa  45.8  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0963408 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1035  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 227 aa  45.4  0.0006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.168916  normal  0.097412 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0966  transcriptional regulator, TetR family  25.48 
 
 		 218 aa  45.4  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00645846  normal  0.836206 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1086  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 239 aa  45.4  0.0006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.566372  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0137  transcriptional regulator, TetR family  22.76 
 
 		 217 aa  45.4  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0882  transcriptional regulator, TetR family  31.52 
 
 		 233 aa  45.1  0.0008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0119  TetR family transcriptional regulator  23.42 
 
 		 201 aa  45.1  0.0008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.00000000566826  decreased coverage  0.00000000000241144 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0265  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 194 aa  45.1  0.0008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.250901  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1290  AcrR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 199 aa  44.7  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5773  transcriptional regulator TetR family  23.94 
 
 		 208 aa  44.7  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1044  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 180 aa  44.7  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0206033 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5693  transcriptional regulator, TetR family  31.09 
 
 		 211 aa  44.3  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0563608  normal  0.866587 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1159  regulatory protein, TetR  26.27 
 
 		 231 aa  43.5  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2032  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 213 aa  43.9  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.44645  normal  0.684987 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3449  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 209 aa  43.1  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.772262  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1480  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 235 aa  43.5  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1502  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 235 aa  43.5  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1636  TetR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 200 aa  43.1  0.003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5271  transcriptional regulator, TetR family  31.73 
 
 		 223 aa  42.7  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1477  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 238 aa  43.1  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4433  putative transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 199 aa  43.1  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.304497  hitchhiker  0.00999637 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3170  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 202 aa  43.1  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.148676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4314  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 212 aa  42.7  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.316546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0515  transcriptional regulator, TetR family  27.56 
 
 		 211 aa  42.7  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0908  transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 		 207 aa  42.7  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.469028  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0364  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 192 aa  42.7  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.233701  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0992  TetR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 226 aa  42.7  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000245295 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0265  TetR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 200 aa  42.7  0.004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00630944 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3481  transcriptional regulator, TetR family  39.68 
 
 		 189 aa  42.4  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.148181  normal  0.311825 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3071  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 210 aa  42.4  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0361  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 189 aa  42.4  0.005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1694  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 219 aa  42.4  0.005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0960426 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2043  TetR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 212 aa  42.4  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.632575 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0133  transcriptional regulator, TetR family  23.93 
 
 		 218 aa  42  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 256 aa  42.4  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0161  transcriptional regulator, TetR family  36.51 
 
 		 206 aa  42  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0919  TetR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 215 aa  42  0.006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.563199 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47240  putative transcriptional regulator  34.33 
 
 		 204 aa  42  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0571  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 200 aa  42  0.006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.530829  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1320  transcriptional regulator, TetR family  39.62 
 
 		 224 aa  42  0.007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0960  TetR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 206 aa  42  0.007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.462033  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4112  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 183 aa  42  0.007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0592835  normal  0.670519 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0228  TetR family transcriptional regulator  22.97 
 
 		 205 aa  42  0.007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.728602  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8998  putative transcriptional regulator, TetR family  35.94 
 
 		 229 aa  41.6  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.115445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0412  TetR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 216 aa  41.6  0.008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.742667  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3833  transcriptional regulator, TetR family  35.14 
 
 		 212 aa  41.6  0.009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1893  TetR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 206 aa  41.6  0.009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3806  TetR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 238 aa  41.6  0.009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.65239  normal  0.316965 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13360  transcriptional regulator, TetR family  31.19 
 
 		 215 aa  41.6  0.009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0417905  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6871  TetR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 224 aa  41.2  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.0580493 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3014  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 258 aa  41.2  0.01  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00422654  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3960  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 201 aa  41.6  0.01  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110455  normal  0.471806 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>