More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4041 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4041  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 254 aa  513  1.0000000000000001e-145  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31208  normal  0.408277 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  73.58 
 
 		 246 aa  374  1e-102  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2893  tRNA pseudouridine synthase A  67.47 
 
 		 254 aa  348  5e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  58.96 
 
 		 260 aa  291  6e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  59.68 
 
 		 268 aa  290  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  58.37 
 
 		 248 aa  287  1e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  57.66 
 
 		 272 aa  283  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  56.33 
 
 		 246 aa  276  2e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  56.73 
 
 		 245 aa  276  3e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  53.25 
 
 		 249 aa  276  3e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  55.92 
 
 		 255 aa  271  6e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  55.87 
 
 		 247 aa  271  6e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  53.6 
 
 		 259 aa  268  5.9999999999999995e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  53.54 
 
 		 278 aa  265  7e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0807  tRNA pseudouridine synthase A  56.33 
 
 		 245 aa  258  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  57.49 
 
 		 247 aa  257  1e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0675  tRNA pseudouridine synthase A  56.33 
 
 		 245 aa  256  3e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7335  tRNA pseudouridine synthase A  56.33 
 
 		 245 aa  254  7e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.326558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0627  tRNA pseudouridine synthase A  57.14 
 
 		 245 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.801846  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0079  tRNA pseudouridine synthase A  56.73 
 
 		 245 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.594696  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  53.85 
 
 		 251 aa  252  4.0000000000000004e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  53.85 
 
 		 251 aa  252  4.0000000000000004e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  51.84 
 
 		 245 aa  251  9.000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  54 
 
 		 259 aa  250  2e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  52.23 
 
 		 247 aa  247  1e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  53.04 
 
 		 251 aa  246  3e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  52.02 
 
 		 249 aa  238  5e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3462  tRNA pseudouridine synthase A  50.6 
 
 		 261 aa  236  2e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  51 
 
 		 253 aa  231  8.000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1938  tRNA pseudouridine synthase A  53.17 
 
 		 257 aa  231  9e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.615148  hitchhiker  0.0000799616 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0534  tRNA pseudouridine synthase A  55.56 
 
 		 261 aa  231  1e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.893451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  51.59 
 
 		 255 aa  230  2e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  51.59 
 
 		 255 aa  229  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  50.8 
 
 		 250 aa  229  3e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0348  tRNA pseudouridine synthase A  52.02 
 
 		 258 aa  228  1e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0489458  normal  0.0429336 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  50.41 
 
 		 250 aa  226  3e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  50.2 
 
 		 252 aa  224  7e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1916  tRNA pseudouridine synthase A  49.8 
 
 		 250 aa  224  1e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0411  tRNA pseudouridine synthase A  49.6 
 
 		 255 aa  221  9e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.451787  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0502  tRNA pseudouridine synthase A  51.19 
 
 		 257 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  0.200286 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  38.93 
 
 		 245 aa  219  3e-56  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 245 aa  217  1e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  49.59 
 
 		 254 aa  211  7e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 245 aa  210  1e-53  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  41.83 
 
 		 270 aa  204  1e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 243 aa  191  1e-47  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  43.32 
 
 		 269 aa  183  3e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  43.37 
 
 		 271 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  43.37 
 
 		 271 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  42 
 
 		 274 aa  178  8e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 274 aa  177  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  41.6 
 
 		 267 aa  177  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 261 aa  177  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 		 264 aa  176  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 244 aa  177  2e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 244 aa  176  2e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 271 aa  176  2e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  42.35 
 
 		 266 aa  175  7e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  41.2 
 
 		 274 aa  175  7e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 		 264 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  39.29 
 
 		 289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 252 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 261 aa  172  2.9999999999999996e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 274 aa  172  3.9999999999999995e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 		 264 aa  172  3.9999999999999995e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  41.94 
 
 		 265 aa  172  5e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 261 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  38.11 
 
 		 263 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 261 aa  171  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 		 261 aa  171  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 259 aa  170  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  40.4 
 
 		 271 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  40.4 
 
 		 271 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 270 aa  169  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 261 aa  169  3e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 244 aa  169  3e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 259 aa  169  4e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  38.8 
 
 		 270 aa  168  8e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 270 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 270 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 270 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2308  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 273 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.742773  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 270 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 270 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3851  tRNA pseudouridine synthase A  42.74 
 
 		 270 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.845811 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 261 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3346  tRNA pseudouridine synthase A  43.15 
 
 		 270 aa  166  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.291019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  37.86 
 
 		 302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01267  tRNA pseudouridine synthase A  43.37 
 
 		 257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  38.62 
 
 		 269 aa  166  4e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  39.29 
 
 		 264 aa  165  5e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 261 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 261 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  41.37 
 
 		 259 aa  165  8e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 261 aa  165  8e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 261 aa  164  9e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  38.4 
 
 		 278 aa  164  9e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 262 aa  164  1.0000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 262 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 247 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>